Лири забрал документы из Уэст-Пойнта в августе 1941 года и поступил в университет Алабамы, где начал изучать психологию. Его выгнали оттуда год спустя, осенью 1942 года, за то, что он провел ночь в женс-ком общежитии5. Он потерял отсрочку от призыва в армию, был призван в 1943-м и провел почти два года на курсах подготовки офицеров, где встретил свою первую жену Марианну. Он стал капралом, после чего продолжил изучать психологию. Служба в армии во время войны позволила ему завершить образование за счет Министерства обороны и получить диплом по психологии в университете штата Вашингтон. Его темой был статистический анализ показателей интеллекта. Потом он поступил в университет Калифорнии в Беркли, где стал готовиться к защите докторской диссертации.

Лири стал психологом и признанным клиническим исследователем. С воодушевлением он принялся работать в Беркли, в лютеранской семинарии «Старр Кинг», где оценивал кандидатов на должности священников, а также в больнице фонда Кайзера, где он начал заниматься групповой терапией и техникой межличностной диагностики. Материалы его исследований широко публиковались в профессиональных научных изданиях. Его первая книга, «Интерперсональный диагноз личности», была признана книгой года Американской психологической ассоциацией в 1959 году. Тридцать пять лет спустя его трансперсональная модель по-прежнему вдохновляла новые исследования. Лири чествовали на симпозиуме Американской психологической ассоциации в 1994 году.

У Тимоти и Марианны было двое детей, но он не был образцовым отцом и мужем. «Все испортила наша продолжительная алкогольная зависимость», — сказал он однажды. Марианна покончила жизнь самоубийством в гараже их дома в Беркли, наутро после его дня рождения, когда ему исполнилось 35 лет. На следующий год Тимоти поехал с детьми в отпуск в Европу. Он всерьез задумался над своим профессиональным будущим, которое, как он чувствовал, было бесперспективным. Там, в Италии, во Флоренции, в одном квартале от того места, где Галилей четырьмя веками раньше создал свой телескоп, его навестил Фрэнк Бэррон, друг и коллега, который уже успел заявить о себе в качестве исследователя психологии творчества. Бэррон рассказал ему о своем опыте со священными грибами в Мексике. Информацию об этих грибах принес на Запад банкир с Уоллстрит Роберт Гордон Уоссон двумя годами раньше. По теории Уоссона, именно они были предтечей религии. Тим слушал с некоторым любопытством, но в целом почти равнодушно, как Бэррон расписывал ему их значение в исследовании сознания. «Я был несколько обеспокоен увлечением моего друга и постарался предостеречь его от риска потерять научную репутацию, если начнет высказываться в подобном духе среди наших коллег», — писал Лири позже в автобиографии.

Во Флоренции Лири повстречался и с Дэвидом Макклелландом, впоследствии деканом факультета социальных отношений в Гарварде, который был впечатлен его работами и искал кого-нибудь, кто смог бы возглавить клиническую программу. «Вне всяких сомнений, то, что вы отстаиваете, станет будущим американской психологии», — сказал ему Макклелланд. Таким образом, доктор Лири подписал договор на чтение лекций и исследования новых методов психотерапии — сроком на три года. После восьми месяцев Гарварда, летом 1960 года Лири провел отпуск в Мексике и сам попробовал там грибы. Он описал этот эксперимент в работе «Религиозный опыт: его реализация и интерпретация», представленной группе лютеранских пасторальных советников в Американской психологической ассоциации. «Солнечным летним днем, в саду виллы в Куэрнаваке, я съел семь так называемых священных грибов… В течение следующих пяти часов я был втянут в вихрь ощущений, которые можно было бы описать при помощи множества экстравагантных метафор, но, несомненно, то, что я испытал, было глубочайшим религиозным опытом в моей жизни».

Лири вернулся в Гарвард полный воодушевления и немедленно вместе с Бэрроном начал Псилоцибиновый проект, имевший цель «понять скрытые возможности человеческой нервной системы и сделать эти открытия доступными для других». Проект быстро разросся, и к нему присоединились многие сотни людей. Их экстраординарные открытия и визионерские откровения были опубликованы в ведущих медицинских, психологических, лингвистических, религиозных и философских журналах, а затем и в популярных журналах, подняв по всему миру волну интереса к целительному, религиозному и эвристическому потенциалу того, что было впоследствии названо «психоделическими наркотиками».

К Лири присоединились ассистент Ричард Алперт, группа энтузиастов-дипломников, а также постоянный поток ведущих интеллектуалов и художников того времени. Лири и его группа использовали новый метод в психологических исследованиях, заключавшийся в том, что испытуемые принимали псилоцибин и рассказывали о своих переживаниях. Иногда наркотик принимали вместе и испытуемый и исследователь. Это было нечто неслыханное и антинаучное, с точки зрения ортодоксальной психологии, но Лири и его коллеги считали, что это было необходимо в плане этического измерения в их исследованиях.

Эксперимент «Страстная Пятница», проведенный Уолтером Панке, доктором медицины из Гарварда, под руководством Лири, при участии группы студентов-теологов, принимавших псилоцибин, вызвал у них религиозные озарения, по сути не отличимые оттех, что имели место у самых известных мистиков и святых.

«Тюремный проект и эксперимент "Страстная Пятница" доказали опытным путем, что псилоцибин, принимаемый по нашей методике, безопасен для здоровья и приводит к результатам, способным изменить жизнь человека к лучшему; мы надеялись, что коллеги-ученые и администраторы, оценив силу этих медикаментов и их способность изменять поведение, поддержат нашу работу. Однако произошло обратное». Лири писал в книге «Флэшбеки»: «После того как наши эксперименты доказали, что обстановка и установка определяют направление эксперимента по изменению сознания, мы последовательно передавали сигналы позитивной настройки интеллекта: "Доверяй своей нервной системе, плыви по течению, вселенная, по сути, это прекрасное и безопасное место". Мы были потрясены, столкнувшись с тем, что интеллектуальные и открытые люди делали все, что могли, чтобы впасть в панику, кричать об опасности, настроить мозг в негативном ключе». [5] Поняв, что словарь современной психологической науки не имеет терминов, пригодных для того, чтобы описать психоделический мистический опыт, Лири и его коллеги обратились к религии. Они основали «Международную федерацию внутренней свободы», призванную противостоять духовной бедности и безразличию современного общества.