Особенно знаменательными и плодотворными в творческой деятельности ученого были 90-е годы. В 1893 г. по инициативе и под руководством Лесгафта создается С. – Петербургская Биологическая лаборатория, история возникновения которой весьма примечательна. В 1893 г. ученик Лесгафта И. М. Сибиряков, видя, в каких условиях жил и трудился Петр Францевич, передал в его распоряжение 200 тыс. рублей и особняк стоимостью в 150 тыс. рублей. Спустя годы Лесгафт говорил, что из той баснословной суммы для своей квартиры он не прибавил ни одного лишнего стула. На эти средства и была создана С. – Петербургская Биологическая лаборатория – любимое его детище.

В сентябре 1896 г. в помещении Биологической лаборатории после многолетних настойчивых усилий ученого были открыты «Курсы для приготовления руководительниц и воспитательниц физических упражнений и игр», положившие начало знаменитым «Курсам Лесгафта». С 1898 г. они именовались «Курсы руководительниц и воспитательниц физического образования», с 1905 г. – «Педагогическое отделение Вольной Высшей Школы». Это было первое в России высшее учебное заведение по физическому воспитанию. «Курсы Лесгафта» были женскими. Горячий поборник женского образования, Лесгафт сделал много для приобщения женщин к образованию. «Степень совершенствования общества, – считал ученый, – всегда вернее определяется степенью сознательного участия в заботах о детях и их благе, а это достигается только образованием и связанным с ним развитием женщины».

Лесгафт отдал много сил, творческой энергии организации деятельности вышеупомянутых курсов. Им были разработаны учебные планы, включавшие широкий комплекс дисциплин: математику, механику, физику, химию, анатомию, физиологию, гигиену, ботанику, биологию, зоологию, эмбриологию, психологию, педагогику, историю педагогики и физического образования, теорию движений, общую моторику и др.

П. Ф. Лесгафт первым поставил вопросы физического воспитания на научную основу, заложил фундамент теоретической анатомии, биомеханики, разработал научные основы семейного воспитания, стал основателем оригинальной научно обоснованной системы физического образования для детей школьного возраста, которая базировалась на анатомо-физиологических, гигиенических, психологических, возрастных особенностях занимающихся.

Основополагающие принципы своей системы Лесгафт изложил в фундаментальном труде «Руководство по физическому образованию детей школьного возраста» (ч. 1, 1888; ч. II, 1901). Здесь он последовательно, глубоко, аргументировано проводит мысль о единстве всех сторон воспитания, о неразрывности воспитания и образования. Лесгафт утверждал, что определяющую роль в формировании личности ребенка играет окружающая его социальная среда – семья и школа. При этом решающим фактором выступает обучение и воспитание. Он рассматривал обучение как фактор гармонического развития ребенка. Главная задача воспитания, по Лесгафту, «поставить ребенка в условия, при которых он мог бы свободно и гармонически развиваться, как физически, так и умственно». При этом Лесгафт особо подчеркивал, что «умственный рост и развитие требуют соответствующего развития физического». Он научно доказал теснейшую связь физического и умственного воспитания. Вместе с тем он показал неразрывную связь физического воспитания с нравственным. Считая, что задача школы – «выяснение значения личности человека и ограничение произвола в его действиях» [55] , Лесгафт отмечал, что в решении этой задачи нравственного воспитания особенно велика роль физического воспитания. Взаимосвязь и взаимовлияние физического, умственного и нравственного воспитания – основная идея теории физического образования П. Ф. Лесгафта, характеризующая его оригинальный подход к физическому воспитанию как равноправной с другими сторонами образования и воспитания составной части формирования человека.

Целью образования, считал Лесгафт, является формирование гармонически развитых людей, обладающих «идеально-нормальной» личностью. Задачу физического образования Лесгафт видел в том, чтобы обучить ребенка умению «с наименьшим трудом в возможно меньший промежуток времени сознательно производить наибольшую физическую работу или действовать изящно и энергично». Лесгафт подчеркивал, что школа не может существовать без физического образования. «Физические упражнения должны быть в школе непременно ежедневными», «по возможности, между отдельными уроками и при одинаковом с ними значении».

Лесгафт предлагал использовать сравнительно небольшой набор естественных движений: ходьбу, бег, прыжки, метания, борьбу, упражнения в сопротивлении, простые гимнастические упражнения, игры, экскурсии. Эти средства физического воспитания применяются в различных условиях и в разнообразной форме, в постепенно усложняющихся условиях в зависимости от педагогических задач. Система физического образования, считал Лесгафт, должна быть строго выдержана в смысле постепенности и последовательности применения упражнений.

Все рекомендуемые упражнения в зависимости от педагогических задач Лесгафт свел в четыре группы: I группа (для младшего школьного возраста, от 7–8 до 12 лет) – простые упражнения; II группа (для детей среднего школьного возраста, 12—15 лет) – упражнения с увеличивающимися напряжениями; III группа (для среднего возраста, 15—18 лет) – упражнения, способствующие изучению пространственных соотношений, упражнения в распределении работы по времени; IV группа упражнений (для всех возрастов) применялась параллельно с первыми тремя в сложных условиях (игры, туристические походы, экскурсии и др.).

Одно из требований Лесгафта – добиваться сознательности в выполнении упражнений, заставлять человека думать над движением. Лесгафт требовал, чтобы учитель, знакомя учащихся с упражнением, предварительно объяснял, для какой цели и как его выполнить. Он считал чрезвычайно важным, чтобы занятия проходили на основе краткого и точного объяснения преподавателя. Показ упражнения преподавателем играл вспомогательную роль. В этих требованиях П. Ф. Лесгафта находит отражение его идея о связи физического воспитания с умственным, о роли физических упражнений для умственной деятельности.