Кроме этой научной поездки в Париж, Пирогов во время своего профессорства в Дерпте каждые каникулы предпринимал хирургические экскурсии в Ригу, Ревель, а также и в другие города балтийского края. Один из его приятелей называл эти экскурсии по множеству проливавшейся в них крови Чингисхановыминашествиями. Мысль об этих хирургических набегах возникла у Пирогова в 1837 году, когда слава о нем стала распространяться по Лифляндии и соседним губерниям, и в клинику не только стали являться больные из ближнего соседства, а начали поступать просьбы о принятии больных в хирургическую клинику из разных городов. Маленькая дерптская клиника (22 кровати) не могла, разумеется, удовлетворить предъявляемым требованиям. Ввиду такого увеличивающегося спроса на хирургическую помощь Пирогов и стал производить свои “Чингисхановы нашествия”, беря с собою нескольких ассистентов. По инициативе местных врачей в маленьких городах пасторы соседних деревень объявляли в церквах всенародно о прибытии дерптского хирурга. К нему стекались все слепые, хромые, страдающие наростами – одним словом, разнообразнейшие хирургические больные. Пирогов и его ассистенты оказывали каждому всю возможную оперативную помощь.

Пирогов занимал профессуру в Дерпте в течение пяти лет, с 1836 по 1841 год. За этот период Пирогов издал 2 тома клинических анналов (1837–1839), свою “Хирургическую анатомию артериальных стволов и фасций”, сразу завоевавшую ему имя в науке, и монографию о перерезке ахиллесова сухожилия. Клинические анналы, о характере и цели которых мы уже говорили выше, свидетельствуют живо о том, как содержательны, остроумны и блестящи были лекции Пирогова.

Хирургическая анатомия артериальных стволов и фасций представляет собой атлас рисунков, литографированных с препаратов, специально сделанных Пироговым, с латинским и немецким текстом. Позднее были выпущены русские издания этого классического труда, частью самим Пироговым, частью другими хирургами (издания Шимановского, Коломнина).

Наконец, монография его о перерезке ахиллесова сухожилия имеет своим предметом процесс заживления перерезанного сухожилия. Монография эта представляет собой образец того, как Пирогов ставил работы по экспериментальной хирургии, и доказывает, какие прекрасные результаты, какие важные и поучительные выводы могут давать такие работы. Пирогов посвятил также много времени и труда экспериментальному решению вопроса относительно радикального излечения грыж. Результаты этих опытов изложены им в его клинических анналах на страницах, посвященных лечению грыж. Вообще, при решении многих вопросов клиники Пирогов обращался к вивисекции. Он требовал всегда такую массу животных, что в самом Дерпте не хватало уже кошек, собак и кроликов, и его ассистенты часто принуждены были объезжать соседние деревни для покупки этих животных.

Желая распространить в публике более здравые взгляды на хирургию, поднять доверие к ней и поколебать страх публики перед ножом хирурга, молодой профессор вскоре после своего появления в Дерпте прочел в университете публичную лекцию “О предубеждении публики против хирургии”.

Когда Пирогов покидал Дерптский университет, слушатели его при прощании с ним выразили единодушное желание поставить его портрет в операционной зале.

Довольно удачный портрет, писанный масляными красками русским художником Хрипковым, жившим тогда в Дерпте, украшает и поныне операционный зал, по крайней мере находился там до половины 80-х годов.

Хлопоты о переводе в Петербург. – Проект учреждения кафедры госпитальной хирургии. – Перевод в Санкт-Петербургскую медико-хирургическую академию. – Буцефалова глупость. – Медицинская комиссия при министерстве народного просвещения. – Устройство анатомического института. – Музей патологической анатомии. – Исследования об анестезировании. – Командировка на Кавказ. – Первая аудиенция у Великой княгини Елены Павловны. – Холера в Петербурге. – Ученые труды петербургского периода

Монотонная жизнь маленького провинциального городка и скромное положение профессора маленькой клиники провинциального университета не могли, разумеется, удовлетворить ту жажду кипучей и широкой деятельности, которую должен был испытывать Пирогов. Будучи первым в “деревне”, пользовавшийся уже тогда европейской известностью, он имел все права и данные на то, чтобы сделаться первым в Риме. В скором времени ему представилась возможность к этому благодаря преобразованию Санкт-Петербургской медико-хирургической академии.

Медико-хирургическая академия, находившаяся до 1838 года в ведении министерства внутренних дел, перешла в декабре 1838 года в управление военного министерства и поступила в ближайшее распоряжение графа П. А. Клейнмихеля. Президентом (начальником) ее был назначен И. Б. Шлегель, бывший главным доктором военного госпиталя в Риге; занимавший же место вице-президента академии профессор хирургии Буш вышел в отставку. Таким образом, в академии оказалась вакантною кафедра хирургии. На эту-то кафедру и стали приглашать Пирогова. Но профессор Буш, занимая кафедру хирургии, не заведовал клиникой, хирургическая же клиника находилась в заведовании профессора Саломона. Пирогов, считая хирургическую профессуру без клиники за nonsens, не соглашался занять эту кафедру, но вместе с тем предложил такую комбинацию, с помощью которой он мог бы иметь отвечающую его желаниям кафедру в академии.

Новая комбинация Пирогова была ни более ни менее, как учреждение в академии новой кафедры госпитальной хирургии. Проект об учреждении этой кафедры был представлен Пироговым самому Клейнмихелю.

“Молодые врачи, – говорит он в своем проекте, – выходящие из наших учебных учреждений, почти совсем не имеют практического медицинского образования, так как наши клиники обязаны давать им только главные основные понятия о распознавании, ходе и лечении болезней. Поэтому наши молодые врачи, вступая на службу и делаясь самостоятельными при постели больных, в больницах, военных лазаретах и частной практике приходят в весьма затруднительное положение, не приносят ожидаемой от них пользы и не достигают цели своего назначения”.