При том что Брандт чувствовал себя своим человеком среди команды, он выполнял возложенные на него обязанности с абсолютной серьезностью. Первый помощник руководил вахтами на мостике, содержал торпеды в заряженном и боеспособном состоянии, руководил торпедными атаками в надводном положении субмарины. Если командир погибал или выбывал из строя, первый помощник принимал на себя командование подлодкой. Хороший первый помощник зачастую получал под свое начало собственную субмарину. В службе Брандт был безупречен и личным примером, а не понуканиями, требовал того же от команды. Нойербург ценил такую преданность и профессионализм. Составляя планы или общаясь, оба офицера, похоже, действовали синхронно и имели единый разум. Хотя Нойербург не совсем одобрял тесные отношения своего первого помощника с командой, он это никогда не высказывал, так что по прошествии нескольких недель многие члены экипажа привязались к Брандту, а многие задумывались о жизни этого еще совсем молодого человека, который готов был взять на себя страхи стольких людей. Никто не мог себе представить, что Брандт, с его легкой улыбкой и готовностью поддержать соратника в любой момент, считал, что руководит подготовкой команды к плаванию в железном гробу.

Еще до поступления на военный флот молодой Зигфрид Брандт из Зинтена (Восточная Пруссия) был известен в городе как «aufrechter Mensch», т. е. порядочный человек. Зигги, как его все называли, рос добропорядочным протестантом и безупречным бюргером. Он был старшим среди троих сыновей у родителей, сердца которых были открыты перед миром новых идей и людьми иной веры. Несмотря на это, семья свято придерживалась своей религии, которая жестко отвергала нацистскую веру в тысячелетний рейх. Когда Брандты шли в церковь, нацисты осмеивали их веру и напоминали отцу Зигфрида, Отто, что по воскресеньям Зигги должен был посещать совещания руководства «Гитлерюгенда». Отто говорил сыну: «Ты можешь ходить на встречи своего руководства трижды в месяц, но в последнее воскресенье ты должен ходить только в церковь». Такое наставление бесило членов местной ячейки нацистской партии, которые могли бы бросить Отто в тюрьму за подобную дерзость, если бы он не послужил так геройски Германии в Первую мировую войну. Сражаясь за Германию, Отто потерял левую ногу, и у него никак не заживала рана в груди.

В средней школе Зигги и двое его лучших друзей принесли клятву — странный и даже рискованный акт во времена усиления власти нацистов. Они поклялись, что будут вести себя согласно истинно прусским принципам: дисциплина, порядок, честь, терпимость, надежность и преданность. Этими понятиями, а не какой-то другой идеологией, они будут руководствоваться всю оставшуюся жизнь. Ближе к окончанию Зигги средней школы (и во время приготовления Германии к войне) нацисты становились все менее терпимыми к Брандтам. Семья продолжала исправно посещать свою церковь. Отто отказался от членства в партии. А теперь еще мать Зигги, Элиза, говорила нацистам из местной ячейки, чтобы они оставили в покое Норберта, ее среднего сына. Норберт, в отличие от Зигфрида, не блистал успехами в учебе, видимо, страдая синдромом необучаемости. Нацисты такой урон для арийского генофонда считали неприемлемым, они сказали Элизе, что собираются стерилизовать Норберта. Она много раз посылала их к черту, но они угрожали отправить ее в концентрационный лагерь, несмотря на то, что она была замужем за героем войны, а ее старший сын готовился поступить добровольцем на военный флот. Напряженность между нацистами и Брандтами росла.

После средней школы Зигги пошел добровольцем на военный флот. В 1941 году он начал подготовку к должности морского офицера. Когда он приезжал домой на побывку, его младший брат Ганс-Георг, подслушивая, узнал, что Зигги отпускает шутки в адрес Адольфика — саркастические замечания по поводу того, какой Гитлер «величайший», и как Гитлер «знает все», и как Гитлер «знает о военном флоте больше, чем все адмиралы». Даже в свои одиннадцать лет Ганс-Георг понимал, что его брат не симпатизировал и не доверял Гитлеру.

Какое-то время Зигги служил на борту минного тральщика. Дважды он был участником боевых действий, а во время второго похода корабль был потоплен, и ему пришлось бороться за жизнь в открытом море. Позже, когда руководство флота искало добровольцев для службы на субмаринах, Брандт поднял руку.

В феврале 1943 года подлодка «U-108», на которой служил Брандт, подверглась бомбардировке атаковавших ее британских самолетов и обстрелу с эсминцев в Атлантике, к западу от Гибралтара. Боевая рубка была серьезно повреждена, и субмарина потеряла способность к погружению. Подбитая лодка, будучи беззащитной мишенью для вражеских самолетов и кораблей, которые могли появиться в этом районе, тащилась по поверхности к своей базе в Лориен, Франция. Ей удалось добраться до места, однако этот опыт оставил глубокий след в душе Брандта. Во время атаки он умолял командира осуществить погружение, но тот выбрал позицию ожидания. Когда на них пикировали самолеты противника, Брандт видел, как командир рассматривал фотографии детей: пример того, как сражение на борту подлодки может сковать нервы самого выдержанного офицера.

Во время отпусков домой Брандт и его друг Фритц слушали джаз и свинг, беседуя о безнадежности войны. Они по-прежнему отпускали остроты по поводу Гитлера, сомневаясь в его лидерстве и способности принимать решения. Помимо прочего, став офицером, Брандт еще больше презирал Гитлера и с негодованием думал о том, что он сам и многие другие военные были всего лишь винтиками колоссальной машины.

Брандт провел значительную часть уходящего 1943 года, готовясь к службе на подлодке. Примерно в это время его брат Норберт, которого нацисты грозились стерилизовать, вступил в армию. Члены местной нацистской партии в Зинтене продолжали изводить Отто и Элизу в связи с их верой и отказом вступить в партию, игнорируя тот факт, что Зигги был офицером подводного флота. Угроза депортации в концентрационный лагерь постоянно нависала над семьей Брандтов.

Ближе к октябрю 1943 года Брандта назначили первым помощником подводной лодки новейшего типа IX «U-869», строившейся на верфи Дешимаг в Бремене. Он познакомился с командиром лодки Гельмутом Нойербургом и старшим механиком — несколько меланхоличным человеком по имени Людвиг Кесслер. Во время боевой подготовки Брандт проявил себя как превосходный профессионал, верный долгу и готовый умереть за Германию. Во время поездок домой он упоминал о «U-869» как о «нацистской подводной лодке», произнося слово «нацистская» с сарказмом и презрением. Иногда брат Ганс-Георг, уже тринадцатилетний, слышал, как его брат называл свою подлодку «железным гробом».

Команда «U-869» продолжила подготовку до весны 1944 года, волнуясь накануне первых инспекторских проверок, которые называли «Argu-Front» (фронтовыми испытаниями) и которые должны были пройти возле польского рыбацкого полуострова Хела. В море первый помощник Брандт руководил одной из трех вахт, в то время как капитан Нойербург мог принять участие в любой вахте. Оба казались команде сильными и опытными людьми, хотя Нойербург по-прежнему с трудом протискивал свое длинное тело и широкие плечи сквозь узкий палубный люк, ведущий в центральный пост.