В то же время между гуманистами и Церковью произошло всего лишь одно открытое столкновение. Причиной его послужила проблема свободы академической мысли, а разыгрался конфликт в Германии. Здесь фанатичный обращенный из иудеев по имени Пфефферкорн попытался добиться разрешения уничтожить все еврейские книги. Против него выступил великий германский гебраист Рейхлин - двоюродный дедушка Меланхтона. Мракобесы заручились поддержкой инквизитора Якоба фон Хохстратена, который на карикатуре распростерт у ног Лютера, и прокурора Сильвестра Приериаса. Стычка завершилась компромиссом. Рейхлину было разрешено продолжить преподавание, хотя и возложили на него оплату судебных издержек. В конечном счете выиграл он.

В решении некоторых проблем между гуманизмом и Реформацией был возможен союз. Представители обоих течений отстаивали право свободного исследования Священного Писания. Гуманисты включили Библию и библейские языки в свою программу возрождения античности, и битва, которую вел Лютер за верное понимание Павла, представлялась как им, так и самому Лютеру продолжением дела Рейхлина. Те же были противники - Хохстратен и Приериас, та же была цель - снятие всех ограничений для исследования. Нюрнбергский гуманист Виллибальд Пиркгеймер высмеял Экка в своем памфлете. Согласно нарисованной им картине, Экк оказался неспособен защитить докторскую степень в известных своими гуманистическими позициями Аугебурге и Нюрнберге, и вынужден был обратиться к Лейпцигу, месту своего недавнего "триумфа" над Лютером. Сообщение доставила ведьма, которая, для того чтобы заставить своего козла взлететь в воздух, произнесла магические слова: "TartshohNerokreffefp". Если читать их в обратном порядке, то получались фамилии двух главных фигур в деле Рейхлина: Пфефферкорна и Хохстратена.

Проведенное Лютером исследование, выявившее подложность папских документов, как ему самому, так и гуманистам представлялось равноценным работе Лоренсо Баллы, который продемонстрировал, что "Жертвование Константина" является подделкой. Как гуманисты, так и реформаторы обрушились на индульгенции, хотя и из различных побуждений. То, что одни называли богохульством, другие высмеивали как глупое суеверие.

Наибольшая близость между этими двумя движениями появлялась, как только человек Возрождения терял уверенность в себе, одолеваемый раздумьями о том, не мешает ли его доблестным подвигам богиня Фортуна и не предопределена ли его судьба звездами. Это была некогда вставшая перед Лютером проблема Бога капризного и Бога враждебного. Столкнувшись с этой тайной и не имея собственных глубоких религиозных убеждений, человек Ренессанса склонен был обретать успокоение в оглушающих иррациональностях Лютера, нежели в окруженном почтением авторитете Церкви.

Но и здесь все было неоднозначно. Многие из прежних поклонников Лютера, вроде Пиркгеймера, покинули его, примирившись с Римом. Три примера наглядно демонстрируют различие жизненных путей, избиравшихся людьми: Эразм от безраздельной поддержки Лютера перешел к раздражительной критике; Меланхтон стал ближайшим и наиболее преданным из его сторонников; Дюрер мог бы стать художником Реформации, если бы не умер вскоре после своего духовного кризиса.

В силу своих глубоких христианских убеждений Эразм был ближе к Лютеру, чем любая иная фигура Ренессанса. Основная часть его литературных трудов связана не с античной классикой, но с Новым Заветом и трудами отцов Церкви. Подобно Лютеру, он мечтал пробудить христианское сознание в Европе распространением Священного Писания. Ради достижения этой цели Эразм первым подготовил к изданию Новый Завет в греческом оригинале. В 1516 году во Фробенской типографии началось печатание прекрасно оформленного фолианта, напоминавшего своим видом греческие рукописи. Текст сопровождался подстрочным переводом и разъяснениями. Эта книга попала в Виттенберг в то время, когда Лютер читал лекции по девятой главе Послания к Римлянам, и стала впоследствии одним из его основных рабочих инструментов. Из подстрочного перевода Лютер узнал о неточности перевода Вульгаты, в котором слово "каяться" переводилось как "совершать покаяние". В течение всей своей жизни Эразм продолжал совершенствовать способы библейского исследования. Лютер высоко ценил его труды. В 1519 году в своих лекциях о Послании к Галатам Лютер прямо заявил, что был бы более счастлив, имей он возможность дождаться комментария из-под пера Эразма. Первое письмо Лютера к Эразму было хвалебно-подобострастным. Он так обращался к вождю гуманистов: "Наш восторг и надежда. Кто не черпал познания от него?" В 1517-1519 годах Лютер проникся такой любовью к гуманистам, что даже принял их обыкновение эллинизировать национальные имена. Себя он называл Элеутериусом, "человеком свободным".

Лютера и Эразма действительно объединяло много общего. Оба утверждали, что современная им Церковь впала в сурово осужденное апостолом Павлом иудаистическое законничество. По словам Эразма, теперь суть христианства заключалась не в том, чтобы любить ближнего своего, но в воздержании от масла и сыра в великий пост. Что есть паломничества, настаивал он, как не внешние подвиги, совершаемые зачастую ценой пренебрежения своими семейными обязанностями? Какое благо несут индульгенции людям, не желающим изменять пути свои? Приносимые по обету щедрые пожертвования, которые украшают гробницу св. Фомы в Кентербери, лучше было бы направить на столь ценимую святыми благотворительность. Никогда не пытавшиеся подражать своей жизнью примеру св. Франциска желают умереть в его сутане. Эразм презрительно отзывался о тех, кто для изгнания бесов полагался на облачение, неспособное убить даже вошь.

Оба они были в ссоре с папой. Лютер - из-за того, что тот подвергал опасности спасение душ, а Эразм - из-за того, что папы увлеклись внешними церемониями и иногда препятствовали свободному исследованию. Эразм даже позволил себе включить в новые издания своих работ высказывания, которые можно было рассматривать как подстрекательство Лютера. В издании "Комментариев к Новому Завету" 1519 года мы читаем следующие строки:

"Сколь многочисленны установления, коими человек чинил препятствия таинству епитимьи и исповеди? Всегда наготове молния отлучения от Церкви. Священный авторитет папы римского до такой степени осквернен отпущениями грехов, освобождениями от обетов и подобными же деяниями, что люди истинно благочестивые не могут взирать на все это без вздоха. Аристотель в таком почете, что церкви едва ли находят время для истолкования Евангелия".

И вновь в издание "Ratio Theologiae" 1520 года он включил следующие слова:

"Кое-кто, не довольствуясь соблюдением исповеди как ритуала Церкви, распространяет учение, будто она была введена не просто апостолами, но Самим Христом; равным же образом не допускают они и того, чтобы хоть одно таинство было прибавлено к имеющимся семи либо убавлено от этого числа, выражая тем не менее совершеннейшую готовность наделить одного человека властью отменить чистилище. Некоторые полагают, будто вселенское тело Церкви сжалось до одного лишь папы римского, который не способен заблуждаться в вопросах веры и нравственности. Таким образом, папа наделяется достоинствами большими, нежели сам он готов признать за собой, хотя эти люди не медлят оспорить его суждение, коль оно затрагивает их кошелек или надежды. Разве это не раскрытая дверь к тирании, если подобная власть попадет в руки человека нечестивого и вредоносного? То же можно сказать и относительно обетов, десятин, реституций, отпущения грехов и исповедей, посредством которых обманывают людей простых и суеверных".

На протяжении тех лет, которые последовали за выступлением против индульгенций и предшествовали критике таинств, современники были настолько уверены, что Лютер и Эразм проповедуют одно и то же Евангелие, что автор первой изданной на немецком языке и выпущенной в 1519 году апологии Лютера, глава нюрнбергских гуманистов Лазарь Спенглер превозносил его как человека, освободившего христиан от четок, псалтири, паломничеств, святой воды, исповеди, ограничений, связанных с питанием и постом, от злоупотреблений отлучением от Церкви и от помпезности индульгенций. Эразм мог бы подписаться под каждым словом этого утверждения.