Когда ему стала известна подоплека затеянной японцами и белой контрразведкой против него провокации, он без колебаний дал согласие на сотрудничество с советской разведкой и поклялся честью офицера до конца служить ей. Воспользовавшись легендой об удачном побеге из окружения и обратном переходе границы, Филиппов вскоре вернулся в Харбин. Теперь у него была еще и слава "боевого партизана".

Вскоре, выполняя задание чекистов, С. М. Филиппов подготовил хорошо продуманную и обоснованную докладную записку на имя руководства Военного отдела. В ней, ссылаясь на многочисленные провалы и поражения белогвардейских отрядов, вызванные отсутствием своевременной информации, единого плана действий и должной координации работы, он предлагал создать информационный центр и выделить сравнительно небольшую сумму для его успешной работы. План одобрили и дали деньги.

Военный отдел выделил в распоряжение Филиппова несколько связных, которые систематически пробирались через границу, встречались с руководителями отрядов в Приморье, получали от них информацию и доставляли ее в Харбин. Филиппов ее обрабатывал и препровождал в штаб, но и резидентура во Владивостоке также стала получать и сообщать в Центр важные и своевременные данные о бандах, готовящихся к переброске, о времени и маршрутах, о лазутчиках и эмиссарах противника.

Однажды от Филиппова поступила серьезная информация о том, что, по указанию японской разведки, готовится восстание в Спасском, Никольск-Уссурийском, Яковлевском и Анучинском уездах Приморья… Расчет был на то, что оно послужит детонатором повстанческого движения в других районах.

Через Филиппова стало также известно, что для координации повстанческой деятельности в "Таежный штаб" направляется жестокий и беспощадный поручик Ковалев. Это сообщение было одним из последних. В резидентуру поступили данные, что обеспокоенная многочисленными провалами контрразведка белых и японской миссии заподозрила Филиппова в предательстве. Кольцо вокруг него сжималось. Было решено вывести агента из Военного отдела и использовать ситуацию дли его проникновения в "Таежный штаб" с целью разгрома.

Операция прошла успешно. Удалось инсценировать похищение Филиппова и его "убийство чекистами". По "невинно убиенному рабу Божию Сергею" в штабе отслужили панихиду. Подозрения с него были сняты, и все операции, задуманные и спланированные с его участием, продолжались без каких-либо изменений.

Поручика Ковалева чекисты захватили после перехода границы, и по его удостоверению (на вымышленное лицо) в "Таежный штаб" направился Филиппов. Это было рискованно — весть о его «гибели» могли дойти до «таежников». Но игра стоила свеч.

В помощь Филиппову выделили группу пограничников и бывших партизан в составе двенадцати человек, комиссаром которой стал владивостокский чекист И. М. Афанасьев. Подготовку группы осуществлял будущий известный советский разведчик Д. Г. Федичкин. Этот человек заслуживает того, чтобы о нем сказать особо.

В его биографии — партизанская и подпольная работа в тылу у белых и японцев, разведывательная работа в предвоенные годы в Латвии и Польше, арест и заключение в польскую тюрьму. Затем, в годы Второй мировой войны, — работа на территории Болгарии, после войны — руководство резидентурой в Риме и долгие годы, посвященные воспитанию новых поколений разведчиков…

Но вернемся к событиям вокруг "Таежного штаба". Отряд Филиппова — Афанасьева успешно добрался до него. Вскоре разведчики были в курсе всех вопросов подготовки восстания. Под предлогом "сохранения сил" удалось уговорить руководство «штаба» сократить текущие операции, проще говоря — бандитские налеты. Однако это вызвало подозрение у некоторых руководителей. Существовало также опасение, что в «штабе» появится кто-либо из белогвардейцев, знавших о миссии Ковалева и об «убийстве» Филиппова. Расправа над агентом и его товарищами могла произойти в любой момент. Эти обстоятельства заставили ускорить ликвидацию «штаба». Операция, которую провели с этой целью Филиппов и Афанасьев, вряд ли имеет аналоги в истории разведки.

Филиппов, страстный фотограф-любитель, всегда носил с собой фотоаппарат. По его предложению руководители "Таежного штаба" расположились для группового фотографирования. Рядовые, в том числе члены его отряда, стояли в стороне; их очередь была следующей. Отряд Филиппова замер в ожидании условного сигнала командира. И вот вспыхнул магний. В тот же момент раздались выстрелы, и главари «штаба» были уничтожены. Остальные, растерявшись, сдались без сопротивления. Лишь одному бандиту удалось скрыться и добраться до Харбина, где он и доложил о происшедшем.

Оказавшись единственным «представителем» "Таежного штаба", Филиппов принял срочные меры для предотвращения восстания и для ликвидации оставшихся отрядов. Положение в Приморье стабилизировалось.

В 1925 году во Владивостоке состоялся судебный процесс по делу эмиссара Ковалева и выявленных с помощью группы Афанасьева — Филиппова руководителей белогвардейского подполья, которые должны были возглавить намечавшееся восстание. На нем была полностью разоблачена подрывная деятельность белогвардейских организаций и «центров» в Приморье.