Судебное заседание открылось 8 января 1873 года в 12 часов дня и продолжалось до пяти часов вечера. Оно окончилось бы и раньше, если бы не инциденты, связанные с дерзким поведением Нечаева. Поздно вечером на имя министра юстиции Палена был отправлен следующий отчет о происшедшем в стенах подведомственного ему учреждения:

«Краткий отчет о судебном заседании по делу мешанина Сергея Нечаева.

Введенный в зал заседаний, Нечаев на первый вопрос Председателя об его имени, отчестве и т. п. ответил: «Прежде чем ответить на предлагаемые мне вопросы, считаю нужным объяснить, что я не признаю за русским судом права судить меня: я эмигрант и перестал быть подданным Российской Империи».

В публике раздался общий крик: «вон!» и одновременно с этим Председатель приказывает вывести подсудимого, а затем объявляет публике, что она обязана воздерживаться от всякого рода заявлений, иначе он поставлен будет в необходимость удалить ее из зала заседания, так как закон требует суда не от публики, а от особо избранных для сего органов судебной власти.

После того Прокурор на вопрос Председателя заявил, что ввиду находящихся в деле документов, подписанных самим подсудимым и не отвергнутых им, он не видит повода сомневаться в личности обвиняемого.

Перед составлением списка присяжных заседателей Нечаев вновь был введен в зал заседания и на вопрос Председателя: не желает ли он воспользоваться правом отвода присяжных? ответил: «Я уже заявил, что не признаю формальностей русского суда; я уже давно перестал быть рабом вашего деспота!»

По распоряжению Председателя его снова увели и слова его, по требованию Прокурора, заносят в протокол.

Состав присяжных: 5 купцов, 1 потомственный почетный гражданин, 2 цеховых, 2 мешанина, 1 крестьянин, 1 чиновник VIII класса, 1 доктор медицины Мартинберг, 1 провизор Гофман, который и избран старшиной.

Объясняя присяжным их права и обязанности, Председатель между прочим упомянул, что суд должен быть спокоен и беспристрастен, что по сему они должны отрешиться от того тяжкого впечатления, которое произвели на всех безумные выходки подсудимого, внимательно слушать все то, что будет происходить на суде, и постановить приговор по внутреннему убеждению, основанному на обстоятельствах дела, и тем самим лишить подсудимого возможности говорить, что приговор над ним произведен под влиянием минутного впечатления.

По прочтении обвинительного акта Нечаев на вопрос Председателя: признает ли он себя виновным в том преступлении, в котором его обвиняют — ответил: «факт убийства Иванова есть факт чисто политического характера» и другого ответа не дал.

Из числа вызванных обвинительной властью свидетелей явился один студент Петровской Академии Мухартов (остальные сосланы в каторжные работы или же не разысканы), который удостоверил, что Иванов за четыре дня перед тем, как найден был убитым, ушел с квартиры, взяв принадлежащий Мухартову башлык, которым и связаны были ноги Иванова.

На вопрос Председателя; не имеет ли подсудимый возразить что-либо против показания свидетеля? Нечаев ответил, что он не признает себя подсудимым. По поводу показаний не явившихся свидетелей и других прочитанных в суде документов Нечаев никаких возражений не сделал.

Прокурор в краткой, но сильной речи объяснил тяжесть преступления как предумышленного, совершенного в засаде и сопровождавшегося присвоением вещей убитого; выяснил силу и значение свидетельских показаний, вполне согласных между собой и подтвержденных другими обстоятельствами дела, а также и то, что убийство Иванова было совершено не из политических видов, а из личной ненависти к нему Нечаева, вследствие несогласия в их образе мыслей, и затем, перечислив увеличивающие вину подсудимого обстоятельства, выразил убеждение, что Нечаев должен быть признан зачинщиком убийства.

На речь Прокурора Нечаев ответил: «я считаю унизительным защищаться против клеветы, я повторяю слова, сказанные мною в крепости Графу Левашеву: правительство может отнять у меня жизнь, но не честь!» (Рисуясь, ударяет себя в грудь. В публике слышен смех!)

Председатель начал свою речь с того, что в настоящее время не может быть речи о неподсудности дела как русскому суду вообще, так и в частности Московскому Окружному Суду, потому что, во-первых, Нечаев предан суду установленным порядком за простое убийство, по факту совершения преступления, во-вторых, что дело это не имеет никакой связи с каким-либо политическим делом, в чем положительно убедилось и Швейцарское правительство, выдавшее Нечаева, и в-третьих, что всякое самостоятельное государство имеет право судить даже иностранных подданных за преступления, совершенные в его пределах. По сим соображениям заявления Нечаева должны быть признаны неосновательными. Затем, определив силу и значение находящихся в деле доказательств виновности Нечаева, как зачинщика в убийстве Иванова, и указав на обстоятельства, увеличивающие вину его, Председатель сказал присяжным, что в Высочайшем Манифесте, изданном пред введением в России судебной реформы, выражено желание законодателя, чтобы в «судах царствовала милость», что милостью действительно проникнуты судебные уставы, предоставляющие подсудимому все средства к оправданию, дозволяющие суду смягчить определенные в законе наказания, а в известных случаях и ходатайствовать за подсудимого перед Императорским Величеством, что в этих только пределах милость и мыслима как законная, что вне этих пределов милость будет уже не справедливая, не удовлетворяющая другому требованию законодателя «да царствует в судах правда» и что таким образом присяжные должны признать и могут признать подсудимого заслуживающим снисхождения лишь в том исключительном случае, когда выведут из обстоятельства дела полное и глубокое в том убеждение; в противном случае снисхождение, как незаслуженное подсудимым, должно лечь тяжестью на совести присяжных.

Присяжные через несколько минут совещания вынесли обвинительный вердикт, по объявлении которого Нечаев с дерзостью закричал: «это Шемякин суд!», вследствие чего и был удален из зала заседания.

Введенный затем вновь, Нечаев, по объявлении резолюции и приговора суда (в окончательной форме), которым он, согласно заключения Прокурора, приговорен к лишению всех прав состояния и ссылке в каторжные работы в рудниках на двадцать лет, воскликнул: «Да здравствует Земский собор! Долой деспотию!»