Троцкий решительно поддержал Мартова. Еще не веря в столь резкое изменение в позиции Троцкого, Ленин пытался переубедить его, сначала беседуя с ним лично, потом через брата Дмитрия и других делегатов, но все было напрасно.

Вскоре Троцкий не менее решительно выступил против Ленина в вопросе о составе редакции «Искры». Учитывая, что наибольший вклад в выпущенных 45 номерах «Искры» внесли три редактора – Ленин (32 статьи), Плеханов (24 статьи) и Мартов (39 статей), а вклад остальных трех был значительно меньше (Потресов написал 8статей, Засулич– 6, а Аксельрод– 4), Ленин внес предложение оставить в редколлегии реально работающих людей (Плеханова, Ленина и Мартова). В ответ Троцкий внес предложение сохранить редакцию «Искры» в прежнем составе, хотя он ранее заявлял на собраниях делегатов перед съездом о своем одобрении реорганизации редколлегии.

Объяснения Троцким в своих воспоминаниях причин, почему он резко поменял свои взгляды, были туманны и противоречивы. Он писал: «Мой разрыв с Лениным произошел, таким образом, как бы на «моральной» и даже на личной почве. Но это была лишь видимость. По существу почва расхождений имела политический характер, который лишь прорвался наружу в организационной области».

Дейчер объяснял действия Троцкого тем, что тот решил вступиться за Аксельрода и Засулич. Он утверждал, что для Троцкого устранение этих лиц из редакции «Искры» было для него «святотатством», а позиция Ленина являлась проявлением «черствости». Однако Дейчер не точно излагал ход дискуссии по этим вопросам, не упоминая о том, что в ходе предварительных собраний Троцкий не считал это предложение «святотатственным». В угоду своей версии о благородном возмущении Троцкого Дейчер даже переставил порядок обсуждения вопросов на съезде и рассказал о дискуссии по составу редколлегии до начала обсуждения первого пункта Устава.

Волкогонов же назвал поведение Троцкого на II съезде РСДРП «парадоксальным». Он считал, что поскольку Троцкий выступал за централизованную партию с внутренней дисциплиной, он должен был поддержать Ленина в голосовании по первому пункту устава. По мнению Волкогонова, Троцкий проголосовал против своих убеждений исключительно потому, что не разобрался в сути разногласий между Лениным и Мартовым. В последующем же Троцкий осознал свою ошибку, но «инерция борьбы еще долго будет цепко держать его в оппозиции Ленину».

В этих аргументах есть доля истины. Личный момент несомненно играл немалую роль в действиях Троцкого. Ко времени съезда Троцкий был уже достаточно близок к Мартову, Засулич и Аксельроду, поддержавших его в споре с Плехановым, чтобы отказать им в поддержке. Не исключено, что характерная любовь Троцкого к красивой фразе могла заставить его пойти дальше в его оппозиции к ленинской формулировке первого пункта, чем это отвечало его собственным убеждениям о строгой дисциплине внутри партии. В то же время вряд ли можно согласиться с доводами о том, что Троцкий допустил идейно-политический просчет или что он исходил из высокоморальных соображений, протестуя против «черствости» Ленина.

Выступая за создание партии с жесткой дисциплиной и централизованной организацией, Троцкий не был склонен считать, что строгое подчинение порядку этой организации будет распространяться и на него. Он не привык к такой дисциплине. Его пребывание в «Южно-русском рабочем союзе» длилось несколько месяцев, и эта организация не считалась руководством РСДРП достаточно дисциплинированной. До своего прибытия в Лондон Троцкий не состоял в РСДРП. В Лондоне же он сразу оказался на особом положении в партии. Роль гастролирующего по Европе пропагандиста лишь усилила его привычку к независимому положению. Скорее всего, Троцкий сознательно поддержал сопротивление Мартова, Аксельрода, Засулич и других попыткам Ленина распространить железную партийную дисциплину на всех без исключения.

Что же касается персонального состава редколлегии «Искры», то Троцкий, видимо, не желал поддерживать ленинского предложения, так как в этом случае за бортом редакции оказались бы многие из тех, кто поддерживал его включение в состав руководства «Искры». После того как Троцкий активно выступил против ленинской формулировки первого пункта устава, скорее всего Ленин не стал бы поддерживать его кандидатуру. В этом случае в редколлегии остался бы лишь один союзник Троцкого – Мартов.

На первых порах казалось, что Троцкий вместе с теми, с кем он голосовал, потерпел поражение. На II съезде партии Ленин и его сторонники одержали победу на съезде, добившись одобрения ленинского проекта программы партии, основных резолюций относительно тактики партии. В состав ЦК и редакции центрального органа партии были избраны те, за кого выступал Ленин. Несмотря на принятие съездом первого пункта устава партии, в редакции Мартова большинство положений устава отвечали требованиям ленинцев. Именно по этой причине после этого съезда сторонников Ленина стали именовать большевиками, а сторонников Мартова – меньшевиками. Однако события после съезда РСДРП привели к тому, что вскоре большевики оказались отстраненными от руководства партии.

Сразу же после завершения съезда партии меньшевики стали предпринимать усилия для организационного оформления своих центров в противовес тем, что были только что выбраны. В сентябре 1903 года на совещании 17 меньшевиков в Женеве было создано бюро меньшинства. В его состав вошли Ю.О. Мартов, Ф.И. Дан, А.Н. Потресов, П.Б. Аксельрод и Л.Д. Троцкий. Совещание выдвинуло программу действий, предусматривающую захват в свои руки центральных партийных учреждений и местных комитетов. Бюро приняло решение об издании своей газеты «Крамола».

Не прошло и года с тех пор, как беглый ссыльный из Верхоленска, имевший псевдоним «Перо», был вызван Лениным из российского подполья в Лондон. Теперь же он входил в состав бюро из пяти человек, пытавшегося овладеть всей социал-демократической партией и вырвать власть из рук Плеханова и Ленина. Но вскоре огонь меньшевиков оказался направлен главным образом на Ленина. Дело в том, что Плеханов, затерроризированный угрозой раскола партии, предложил пойти на примирение и единоличным решением ввел бывших редакторов в состав редколлегии. Ленин покинул «Искру».