Недоброжелательность японских властей по отношению к иностранцам, в том числе и к россиянам, обернулась неизбежными при этом вооруженными столкновениями. Япония упорно отказывалась от контактов с Европой, в том числе и с Российской империей, которая становилась ее соседом. Так, неудачей закончились переговоры, которые вел зимой 1804—1805 годов Н. Резанов.

Осенью 1806 года в заливе Анива, на южной оконечности Сахалина, происходило первое вооруженное столкновение сторон. С русской стороны в нем участвовал экипаж небольшого фрегата «Юнона» под командованием лейтенанта Н.А. Хвостова. Весной следующего года Хвостов вновь появился у сахалинских берегов вместе с мичманом Г.И. Давыдовым, командиром шлюпа (тендера) «Авось». Дело вновь доходит до перестрелки с японцами, и русские моряки в бою «истребили» два японских селения.

По возвращении в порт Охотск командиры кораблей за свои своевольные действия против японских поселений были арестованы. Давыдов бежит из-под ареста в Якутск. Вскоре обоих морских офицеров доставляют в Санкт-Петербург, где суд оправдал их действия. Они отличились в Русско-шведской войне 1808—1809 годов и были представлены к награждению боевыми орденами. Но представления были отклонены «в наказание за своевольства против японцев». Два флотских товарища утонули в Неве в результате несчастного случая. Памятью о них осталось «Двукратное путешествие в Америку морских офицеров Хвостова и Давыдова» в 2 томах.

Второе по времени вооруженное столкновение русских с японцами произошло летом 1811 года, когда в плен на острове Кунашир был захвачен со своими спутниками капитан-лейтенант В.М. Головнин, выдающийся русский мореплаватель. Он возглавлял исследовательскую экспедицию, которая на шлюпе «Диана» отправилась из Русской Америки (Аляски) для более точного географического описания берегов южной части Курильской гряды и Шантарских островов.

Шлюп «Диана», построенный на отечественных верфях, был средним между фрегатом и корветом. «Диана» несла 14 медных пушек, 4 карронады для стрельбы с короткой дистанции и 4 небольших чугунных фальконета. Экипаж составлял 60 человек. В далекое, почти кругосветное плавание «Диана» уходила из Кронштадта в июле 1807 года на восток вокруг южной оконечности Американского континента, через пролив Дрейка. Главная цель экспедиции была исследовательская:

«Опись малоизвестных земель, лежащих на Восточном (Тихом. — А.Ш.) океане и сопредельных российским владениям в восточном крае Азии и на северо-западном берегу Америки».

В мае 1811 года Головнин, только что произведенный в капитан-лейтенанты и награжденный за исследовательские труды орденом святого Владимира 4-й степени, решил начать географическое описание берегов Курильских островов. Вскоре шлюп «Диана» подошел к острову Кунашир, название которого в переводе с айнского означает «Черный остров». Действительно, черный вулканический пепел покрывал здесь всю землю даже в лесах.

В одной из кунаширских бухт оказались селение и небольшая крепость с японским гарнизоном и чиновником. Японцы избегали пришельцев, хотя меновая торговля началась между ними сразу же. Экипаж близ крепости набрал в бочки питьевую воду. Вскоре было получено приглашение посетить «главного начальника». На берег со шлюпа сошли Головнин, штурман Хлебников, мичман Мур, матросы Семенов, Макаров, Шкаев, Васильев и переводчик Алексей, свободно владевший айнским языком. Офицеры по такому случаю были при шпагах.

В крепости состоялась чайная церемония. Японский чиновник в шелковом халате и с железным жезлом в руках вел неторопливую беседу, расспрашивая о назначении экспедиции и обо всем, что с ней было связано. Аудиенция заканчивалась в «обстановке взаимопонимания». Далее кунаширские события разворачивались так, как их описал в своих сочинениях В.М. Головнин:

«…Начальник, говоривший дотоле тихо и приятно, вдруг переменил тон: стал говорить громко и с жаром, упоминая часто Резано (Резанов. — А.Ш.), Николая Сандреич (Николай Александрович, так звали лейтенанта Хвостова. — А.Ш, и брался несколько раз за саблю. Таким образом сказал он предлинную речь. Из всей речи побледневший Алексей пересказал нам только следующее: «Начальник говорит, что если хоть одного из нас он выпустит из крепости, то ему самому брюхо разрежут». Ответ был короток и ясен: мы в ту же секунду бросились бежать из крепости, а японцы с чрезвычайным криком вскочили с своих мест, но напасть на нас не смели, а бросали нам под ноги весла и поленья, чтоб мы упали. Когда оке мы вбежали в ворота, они выпалили по нас из нескольких ружей, но никого не убили и не ранили, хотя пули просвистели подле самой головы Хлебникова. Между тем японцы успели схватить Мура, матроса Макарова и Алексея в самой крепости, а мы, выскочив из ворот, побежали к шлюпке.

Тут с ужасом увидел я, что во время наших разговоров в крепости, продолжавшихся почти три часа, морской отлив оставил шлюпку совсем на суше, саженях в пяти от воды. А японцы, приметив, что мы стащить ее на воду не в силах, и высмотрев прежде, что в ней нет никакого оружия, сделались смелы и, выскочив с большими обнаженными саблями, которыми они действуют, держа в обеих руках, с ружьями и копьями, окружили нас у шлюпки…»

Когда на русском шлюпе услышали выстрелы и крики, корабль снялся с якоря и подошел ближе к берегу. Ворота японской крепостицы затворились, и из нее началась пушечная пальба. Оставшийся после В. Головнина старшим на «Диане» лейтенант П.И. Рикорд попытался силой оружия освободить своих товарищей, неожиданно ставших пленниками самурайского военачальника. Однако предпринятая им бомбардировка с моря должного успеха не имела, хотя после 170-го выстрела с «Дианы» пушки японцев замолчали. Шлюпу пришлось уйти через штормовое море в порт Охотск на зимовку.

Капитан-лейтенант Головнин со спутниками был доставлен на остров Хоккайдо, в город Хакодате. С пленными обращались довольно хорошо, но постоянно шли допросы, больше напоминавшие расспросы. У японцев была бумага, подписанная «Российского флота лейтенантом Хвостовым». Документ был выдан командиром «Юноны» старшине одного сахалинского селения как письменное свидетельство принятия его в российское подданство.

Такой шаг русского военного моряка беспокоил японскую сторону больше всего, и они старались на допросах выяснить суть дела.