Все права наиболее благоприятствуемой нации распространялись на Россию. Русские в Японии и японцы в России, в случае совершения ими преступлений, судились по законам своей страны. Подданные двух договаривающихся соседних государств пользовались в их владениях полной защитой. Она выражалась «как относительно их личной безопасности, так и неприкосновенности их собственности». Русский дипломат в звании вице-адмирала Российского флота добился решения главной задачи своей миссии — заключения со Страной восходящего солнца трактата о дружбе и торговле.

Симодский договор оставлял остров Сахалин в общем владении между двумя государствами. Известный исследователь русско-японских отношений Н.Д. Богуславский писал по этому поводу в 1904 году:

«Такое положение создалось в силу того, что остров, хотя посещался как японскими, так иногда и русскими промышленниками, не имел никаких административных органов, которые доказывали бы принадлежность его той или иной стране. Практической настоятельной необходимости в разграничении еще не было».

О миролюбивой позиции России при заключении с Японией Симодского договора свидетельствует хотя бы такой факт. Чтобы доказать дружественность своего отношения к соседней стране, был снят русский военный пост на юге Сахалина, основанный там Г.И. Невельским, что было воспринято японской стороной с пониманием.

Симодский договор получил свое закрепление и дальнейшее развитие в Иеддской (Эдоской) конвенции 11 декабря 1867 года. Она была заключена в городе Эдо, который в 1869 году получил Новое название — Токио. По ней Россия получала в Японии права по консульскому пребыванию и торговле наравне с другими европейскими державами. Но Иеддская конвенция по своему содержанию оказалась намного шире Симодского договора. Российской торговле открывались новые порты, и во всех из них могли пребывать русские консулы.

Все договоры, которые были заключены Японией с европейскими странами и США в начале второй половины XIX столетия, носили неравноправный характер. Только договор с Россией распространял все льготы, предоставляемые русским в Японии, и на японцев в России. По этому поводу японский историк X. Вала писал:

«Другого такого примера обоюдного предоставления наибольшего благоприятствования и установления равенства сторон не имеется».

В новом договоре предусматривалась возможность взаимовыгодного обмена половины Курильской гряды на весь остров Сахалин договаривающимися сторонами. Этот пункт Иеддской конвенции имел для России немаловажное значение. Суть его состояла в открытии на Сахалине месторождений каменного угля, которые можно было разрабатывать без больших капиталовложений. Сахалинский уголь намечалось использовать в качестве местного топлива для морского парового флота. В 1856 году на Сахалине были учреждены русские военные посты, и началась эксплуатация угольных копей. Такое обстоятельство делало для России обмен территориями с Японией крайне желательным.

Остров Сахалин продолжал оставаться неразделенным. В соответствии с положением Симодского договора генерал-губернатор Восточной Сибири Н.Н. Муравьев (Муравьев-Амурский) в начале августа 1859 года прибыл во главе эскадры в Эдо для переговоров о разграничении государственной границы в районе Сахалина. Муравьев заявил японской стороне, что Сахалин с давних пор принадлежит России и имеет большое значение для обороны ее дальневосточных земель, и предложил установить русско-японскую границу по проливу Лаперуза, оставив рыболовные промыслы японцев в неприкосновенности.

Делая такие предложения, восточносибирский генерал-губернатор руководствовался прежде всего геополитическими интересами Российского государства. Муравьев писал по этому поводу в Санкт-Петербург канцлеру A.M. Горчакову:

«Принимая в соображение, что права японцев на Сахалин столь же неопределенны, как и наши, что остров этот по обоим названиям своим — Сахалин и Карафуто — ничего японского в себе не заключает (по-японски Карафуто означает буквально «Остров китайских людей». — А.Ш.), я не мог согласиться ни на какое разделение его между Япониею и нами, и особенно в тех видах, что по слабости Японии всякое иностранное государство легко может овладеть той частью, которая признана будет японскою, утвердиться в ней и нанести нам с тем существенный вред на все будущие времена, особенно в отношении Лаперузова пролива, который составляет ближайший и единственный выход для наших судов из Татарского пролива в Восточный (Тихий) океан».

В ходе переговоров Муравьев напомнил японской стороне, что до появления японских рыбаков на Сахалине он считался «китайским островом» (Карафуто — Остров китайских людей), принадлежащим к району реки Амур (по-китайски Сахалян-ула), отошедшему к России по русско-китайскому Айгуньскому договору 1858 года. При этом было сказано, что на самом юге Сахалина, в заливе Анива, в местечке Кусюнкотан, еще в 1853 году был основан русский сторожевой пост Муравьевский.

Японская сторона не согласилась с доводами посла Российской империи. Генерал-губернатор Восточной Сибири Н.Н. Муравьев имел в своей эскадре девять боевых кораблей и мог, как это делали американцы и европейские державы, применить военную силу. Однако он имел строжайшие инструкции решить вопрос мирными средствами. Переговоры о Сахалине были на время прерваны.

В эти же годы решался вопрос о Цусиме — островах в Корейском проливе. На обладание этими островами претендовала Великобритания, которая в крайнем случае желала иметь в цусимском порту Имосаки свое военное присутствие. В таком случае враждебно настроенная к России «владычица морей» закрывала русским кораблям проход через Корейский пролив.

Россия, со своей стороны, была заинтересована в том, чтобы иметь на Цусиме незамерзающий порт. В 1861 году была предпринята попытка к созданию в Корейском проливе собственной флотской базы. Она была связана с личной инициативой командующего русской эскадрой в Тихом океане капитана 1-го ранга И.В. Лихачева, который хотел иметь для своих боевых кораблей незамерзающую стоянку. Такое предложение он направил главе морского ведомства России великому князю Константину Николаевичу.