Фидонисийское морское сражение примечательно тем, что Ушаков первым на Российском флоте пренебрег канонами господствовавшей тогда линейной тактики в войнах на море. Именно во многом благодаря новаторскому маневру русского авангарда начался разгром турецкого флота.

В 1790 году светлейший князь Г.А. Потемкин-Таврический вверил Ушакову весь Черноморский флот. Федор Федорович начал с обучения корабельных экипажей. Вскоре он совершил рейд к берегам Анатолии, бомбардировал Синоп и истребил почти три десятка неприятельских судов.

Действия русской эскадры у анатолийских берегов заставили турецкий флот выйти в море. Контр-адмирал Ушаков, предвидя это, заблаговременно вывел эскадру из Севастополя (10 линейных кораблей, 6 фрегатов, 17 вспомогательных судов, 860 орудий) в море и стал на якорь у мыса Такиль, близ Керченского пролива, чтобы не допустить прорыва турецкого флота в Азовское море и высадки неприятельского десанта на крымском побережье.

Обнаружив турецкий флот в составе 10 линейных кораблей, 8 фрегатов, 36 вспомогательных судов, имевших на борту 1100 орудий и десантные войска, русская эскадра снялась с якоря и направилась навстречу противнику. Тот следовал от турецкой крепости Анапа к южному берегу Крыма. Султанский флотоводец – капудан-паша Хуссейн (Гуссейн) решил, воспользовавшись выгодным наветренным положением, обойти корабли русского авангарда и уничтожить их.

Ушаков разгадал замысел турецкого адмирала и, выделив из общего линейного строя эскадры в резерв 6 фрегатов, направил их на поддержку авангарда. Одновременно русские корабли сократили интервалы между собой и своевременно пришли на помощь атакованному турками авангарду. В 3 часа дня ветер изменился, и русская эскадра получила возможность сблизиться с неприятельскими кораблями на дальность картечного выстрела. Русские пушкари оказались на голову выше орудийных расчетов османов. Турецкие корабли один за другим выходили из боя с большими разрушениями в корпусе и парусной оснастке.

Керченское морское сражение 8 июля 1790 года закончилось полной победой русской эскадры. Хотя турецкий флот и не потерял ни одного корабля, но он получил большие разрушения от артиллерийского огня русских. Значительными оказались потери среди турецких экипажей и десантников, которые так и не высадились на берега Крымского полуострова. На русских кораблях убиты и ранены были всего 29 человек.

28 августа 1790 года произошло морское сражение у острова Тендра, где русская эскадра, вышедшая из Севастополя, обнаружила турецкий флот, стоявший на якоре. Русские корабли двигались в походном порядке в три колонны. Контр-адмирал Ушаков приказал начать атаку противника без промедления, выстраиваясь в линию баталии на полном ходу. Он вновь создал резерв из фрегатов. Флагманский корабль Ушакова «Рождество Христово» вел бой одновременно с тремя линейными турецкими кораблями. Когда вражеский флот обратился в бегство, русские преследовали его до наступления темноты и после этого встали на якорь.

Утром 29 августа выяснилось, что турецкая эскадра стоит на якорях поблизости. Морское сражение возобновилось. В итоге турецкие корабли вновь обратились в спасительное бегство, используя свое преимущество в скорости. 66-пушечный линейный корабль «Мелеки Бахри» спустил свой флаг и сдался, а 74-пушечный «Капудание» – флагманский корабль Сеид-бея загорелся и взорвался. За победу при Тендре императрица Екатерина II пожаловала Ушакову орден Святого Георгия сразу 2-й степени и 500 душ крепостных крестьян в Могилевской губернии.

После сражения у Тендры севастопольская эскадра прикрывала устье Дуная от возможных действий турецкого флота – русские войска под командованием генерал-аншефа А.В. Суворова готовились к штурму Измаила.

Проигрывая России войну на суше, Турция решила взять реванш на море. Со всех концов Оттоманской империи к Стамбулу были стянуты военные корабли. Для командования флотом был приглашен алжирский паша Саид-Али. Вскоре мощный турецкий флот – 18 линейных кораблей, 17 фрегатов и 43 малых судна – появился у румелийских (болгарских) берегов и бросил якорь у мыса Калиакрия. В связи с празднованием мусульманского праздника Рамазан часть турецких экипажей была отпущена на берег.

31 июля 1791 года русская эскадра в составе 16 линейных кораблей, 2 фрегатов, 2 бомбардирских кораблей и 19 вспомогательных судов обнаружила неприятельский флот у мыса Калиакрия. Стремясь выиграть время, занять выгодное наветренное положение и захватить турок врасплох, Ушаков не стал перестраивать эскадру в принятый тогда боевой порядок – кильватерную колонну. Русские корабли под огнем неприятельских береговых батарей в походном строю из трех колонн прошли между берегом и стоявшим на якоре турецким флотом.

Турецкие корабли, обрубая якоря, стали в беспорядке выстраиваться под огнем русской эскадры в боевую линию. Русский флагманский корабль «Рождество Христово» атаковал флагманский корабль паши Саид-Али и заставил его выйти из боя. Вскоре после этого турецкий флот обратился в бегство. Победа у румелийских берегов ускорила заключение Ясского мирного договора 1791 года.

После победного завершения русско-турецкой войны Ушаков продолжает командовать Черноморским флотом, много времени и сил отдавая его боевой подготовке. В 1793 году ему присвоили звание вице-адмирала.