Когда Россия вступила в антифранцузскую коалицию совместно с Оттоманской Портой, которая теперь стала ее союзницей, вице-адмиралу Ушакову было поручено возглавить Средиземноморскую экспедицию 1798–1800 годов. В середине августа Ушаков, имея под своим флагом 6 линейных кораблей, 7 фрегатов и 3 авизо – судов для разведки и посылок, взял курс из Севастополя на Стамбул. На кораблях в качестве морского десанта находились 1700 солдат черноморских гарнизонов и 35 гардемарин Николаевского флотского училища.

В Стамбуле султан передал под командование русского флотоводца турецкую эскадру адмирала Кадыр-бея: 4 линейных корабля, 6 фрегатов, 4 корвета и 14 канонерских лодок. С этими силами Ушаков начал боевые действия против французских морских и сухопутных сил у греческих берегов, имея целью освобождение семи Ионических островов – Цериго, Занте, Кефалония, Итака, Святого Мавры, Паксо и Корфу. Русскому адмиралу, кроме того, было поручено установить контакты с командующим английской эскадрой в Средиземном море вице-адмиралом Горацио Нельсоном для совместных действий против французского флота.

Русский морской десант за шесть недель занял острова Цериго, Занте, Кефалония и Святого Мавры. Греческое население островов приветствовало своих освободителей. После этого Ушаков приступил к самой крупной операции Средиземноморской экспедиции – овладению островом Корфу и одноименной крепости.

Остров Корфу считался ключом к Адриатике. Венецианцы возвели здесь мощную крепость. Французы, захватившие Корфу, укрепили его артиллерией из 650 орудий и 3-тысячным гарнизоном. На Корфу располагалось и главное командование французских войск: генеральный комиссар Республики Дюбуа и губернатор Ионических островов дивизионный генерал Шабо. С моря главную крепость прикрывало два острова – Лазаретто и Видо. На последнем в укреплениях находились пять больших батарей и 500 солдат. Под стенами крепости стояла французская эскадра: 1 линейный корабль, 1 фрегат, 1 бомбардирский корабль и несколько других судов.

Первоначально Ушаков блокировал крепость Корфу с моря. Для штурма мощной крепости русских морских пехотинцев явно не хватало. Командующий эскадрой приказал провести учения с корабельными экипажами, чтобы они могли воевать на суше. В сражении согласились участвовать 2 тысячи вооруженных повстанцев – жителей острова. После настойчивых переговоров с союзниками – турками удалось добиться, чтобы они прислали 4250 воинов-албанцев (треть обещанных в Стамбуле десантных войск).

Штурм Корфу начался 18 февраля 1799 года в 7 часов утра. К этому времени корабельная артиллерия подавила огонь двух французских батарей, и на острове Видо высадился 2-тысячный десант. На Видо в плен сдались его комендант бригадный генерал Пиврон и 422 солдата и офицера островного гарнизона.

Одновременно со штурмом острова Видо начался приступ крепости Корфу. Десантные войска при огневой поддержке корабельной артиллерии успешно овладели передовыми фортами Новой крепости, а в нескольких местах – самой крепостной стеной.

20 августа французская крепость Корфу капитулировала. В плен сдались 2931 человек. В качестве трофеев были взяты 16 различных кораблей и судов, около 630 орудий, различное военное имущество. Потери союзников составили около 300 убитых и раненых.

Штурм Корфу вошел в историю как образец взаимодействия флота и морского десанта.

За штурм Корфу Федор Федорович Ушаков был произведен в адмиралы. Турецкий султан наградил его бриллиантовым челенгом (пером) и собольей шубой.

После освобождения Ионических островов эскадра Ушакова помогала русским войскам генерал-фельдмаршала А.В. Суворова, сражавшимся с французскими войсками в Северной Италии. На Средиземном море были нарушены коммуникации противника, блокированы порты Генуя и Анкона. Русские десантные войска участвовали в освобождении от французов Неаполя и Рима.

Во время Средиземноморской экспедиции адмирал Ф.Ф. Ушаков проявил себя как искусный политик и дипломат. При его участии была образована греческая Республика Семи Островов, избран «Большой Совет», или «Греческий Сенат». На каждом из Ионических островов были учреждены свои советы, магистраты, полиция, казначейство и суд. Введение нового правления было одобрено большинством островитян. «Республиканские» нововведения русского флотоводца прославили его в Европе и вызвали неудовольствие российского императора Александра I.

В 1807 году адмирал Ф.Ф. Ушаков увольняется в отставку по болезни. Во время Отечественной войны 1812 года он был избран начальником ополчения Тамбовской губернии, но по состоянию здоровья принять участие в боевых действиях не смог. Федор Федорович Ушаков скончался в 1817 году и был похоронен в Санаксарском монастыре.

Английский флотоводец, вице-адмирал. Виконт.