Аналогичное представление было сделано 16 июня эстонскому посланнику Рею для передачи правительству Эстонии, которое вскоре подало в отставку. Президент К. Пятс поручил формирование нового правительства генералу И. Лайдонеру. Создавалось впечатление, что Пятс и Лайдонер собирались усидеть в правительственных креслах по крайней мере до осени 1940 года, когда, по их расчетам, в Прибалтику должны были прийти немцы. Подобные же усилия предпринимали в Риге К. Ульманис и его окружение.

Требования обеспечить безопасность на территории республики в период ввода советских войск были удовлетворены эстонским правительством. Одновременно Лайдонер решил воспользоваться этими мерами для укрепления репрессивного аппарата и предотвращения выступлений против правительства. 17 июня И. Лайдонер опубликовал постановление, которое запрещало до 1 июля 1940 года “любые публичные и закрытые собрания, скопления народа, сходки, шествия и манифестации, а также обсуждение и принятие на них различных решений и резолюций”. Запрещалась и подготовка к подобным собраниям, шествиям и манифестациям.

Такие же меры приняли и латвийские власти. 17 июня по распоряжению правительства Латвии было введено осадное положение в Риге. Было запрещено покидать квартиры с 10 часов вечера до 4 часов утра. Собрания были запрещены. 19 июня осадное положение было распространено на всю Латвию.

Хотя советские войска были восторженно встречены в Прибалтике, советское представительство в Таллине сообщало: “Страшно нервно и внутренне злобно реагировали на совершающиеся события торговопромышленники и коммерческие круги, а также члены различного рода реакционных организаций: вапсовцы, кайцелитовцы”.

В Риге полиция открыла стрельбу по демонстрантам, приветствовавшим советские войска. При разгоне демонстрации в Риге было ранено 29 человек, из них двое скончались.

Аналогичные действия предпринимали и эстонские власти. Под видом помощи вступающим советским войскам по приказу Лайдонера полиция разгоняла митинги и арестовывала ораторов, выступавших с приветствиями в адрес Красной Армии. В этой связи А. А. Жданов, прибывший в Эстонию для переговоров по формированию правительства, запрашивал Москву: “Не следует ли вмешаться в это дело или оставить до нового правительства?”.

Только после получения сообщений из Риги о жертвах полицейских расправ и о разгонах демонстраций в Эстонии Советское правительство решило пресечь эти действия полиции Пятса и Ульманиса. В ответной телеграмме В. М. Молотов 20 июня писал: “Надо твердо сказать эстонцам, чтобы они не мешали населению демонстрировать свои хорошие чувства к СССР и Красной Армии. При этом намекнуть, что в случае стрельбы в демонстрантов советские войска возьмут демонстрантов под свою защиту”.

Тем временем антиправительственные демонстрации и митинги приняли массовый характер во всех трёх республиках и приобретали революционный характер. 21 июня Компартия Латвии организовала 70-тысячную демонстрацию в Риге. 21-22 июня шествия прошли в Лиепае, Резекне, Даугавпилсе. Демонстранты добились освобождения из тюрем коммунистов, в том числе секретаря ЦК Компартии Латвии Я. Калнберзина, членов ЦК компартии. Массовые митинги с требованиями ликвидации айзсаргов, введения контроля над производством и банками, другими демократическими лозунгами состоялись также в Лиепае, Резекне, Даугавпилсе и других городах Латвии.

Аналогичным образом развивались события в Эстонии. Как вспоминал очевидец июньских событий X. Аллик, “на фабриках происходили стихийные забастовки, на улицах и площадях — митинги. На каждом углу, на улицах — собирались люди, шли обсуждения и споры. “Тишина” пятсского режима враз была сметена. Правительство еще пыталось что-то сделать, чтобы помешать свершению неизбежного. Полиция арестовала некоторых наиболее активных профсоюзных деятелей. На углах были расклеены приказы главнокомандующего Лайдонера, в которых запрещались массовые сборища и собрания. Но на них никто не обращал внимании. Вечером 20 июня в Рабочем спортзале на Пярнуском шоссе состоялось собрание представителей рабочих организаций, на котором была дана информация о событиях последних дней и выдвинуто требование ухода правительства Пятса. По всем выступлениям было видно, что настало время решительных действий”.

В соответствии с решением руководства Компартии Эстонии 21 июня на таллинской площади Свободы состоялся массовый митинг, участники которого требовали “убрать правительство, провоцирующее войну против Советского Союза” и “создать правительство, способное неуклонно провести в жизнь пакт о взаимопомощи”. Демонстрация рабочих проходила с пением революционных и советских песен. Остановившись у дворца, демонстранты требовали отставки правительства Юримаа, освобождения политических заключенных, предоставления свободы профсоюзам. Появившийся на балконе дворца Пятс заявил, что не может выполнить требования рабочих. Тогда по призыву одного из ораторов демонстрация двинулась на захват арсенала, полицейского управления и тюрьмы.

В это время к президенту К. Пятсу прибыли А. А. Жданов и К. Н. Никитин, предложившие эстонскому президенту кандидатуру Иоганеса Вареса-Барбаруса в премьер-министры. Пятс, по словам К. Н. Никитина, “едва успел прийти в себя после митинга” и “растерянно повторял: “Чудной наш народ, неорганизованный”. Предложенную нами кандидатуру… принял без возражений и испуганно повторял: “Только, пожалуйста, поскорее организуйте правительство и приведите всё в порядок”. Визит наш окончился не более чем в 8 минут”.

Тем временем, подойдя к тюрьме, манифестанты добились освобождения политзаключенных. Некоторые из них сидели по 10-15 лет.

Демонстрация продолжила свое шествие по городу. По дороге проходили краткие митинги. Как отмечал в отчете Никитин, “примерно часам к трем или четырем дня народное движение вышло из рамок демонстрации. Были захвачены оружейные склады, роздано на руки оружие, полиция в страхе разбежалась и попряталась куда попало. Город очутился во власти вооруженных рабочих и других граждан”.