Тем временем бывшие диктаторы Латвии и Эстонии, всё еще занимавшие свои посты, не оставляли попыток спасти себя. Позже в газете “Линна тетая” от 21 октября 1941 года видный деятель германской оккупационной администрации Я. Мяэ писал: “26 июня прошлого года меня вызвал к себе Константин Пятс и сделал предложение поехать в Германию и просить у правительства германского государства помощи, чтобы спасти то, что ещё возможно. Но было уже поздно, и поэтому я не смог ничего сделать”. Советское правительство могло знать об этих и подобных им действиях властей в Эстонии и Латвии, а поэтому оно желало положить им конец.

Необходимость пересмотра прежней политики в Прибалтике могла возникнуть у советского руководства и под влиянием других внутриполитических событий в трех республиках. Коммунисты Эстонии, Латвии и Литвы энергично выражали свое неудовлетворение тем, что они были отстранены от участия в формировании правительств, а их представительство в новых кабинетах было ограниченным. Они ссылались на свою способность руководить широкими массами политически активного населения, что проявилось в ходе бурных июньских событий, и утверждали, что эти события явились началом глубоких революционных изменений, которые неизбежно увенчаются победой советской социалистической революции.

Как отмечалось в “Истории Литовской ССР”, после 25 июня лозунги “Да здравствует Советская Социалистическая Литва!”, “Да здравствует Литва — 13-я Советская Социалистическая Республика” печатались во всех воззваниях ЦК Компартии Литвы.

Вероятно, эти события привели к отказу советского руководства от осуждения лозунгов “советской Прибалтики” и поддержке требований компартий Эстонии, Латвии, Литвы. Очевидно, что Советскому правительству было гораздо легче договариваться со своими идейными единомышленниками, чем с представителями других партий. В этом советское руководство могло убедиться в ходе своих переговоров с новыми министрами Прибалтики.

После беседы с В. М. Молотовым 30 июня министр иностранных дел Литвы В. Креве-Мицкевичус жаловался, что нарком убеждал его, чтобы Литва вступила в СССР. Если Креве-Мицкевичус верно воспроизвел содержание беседы, то такое заявление Молотова означало резкий поворот в политике, которую еще несколько дней назад проводил Наркомат иностранных дел СССР в Прибалтике (как это следовало из письма полпреда в Эстонии К. П. Никитина от 26 июня) под контролем А. А. Жданова и А. Я. Вышинского. Однако так как официальных записей этой беседы Креве-Мицкевичуса с Молотовым не обнародовано, то неоспоримо по крайней мере одно: полного взаимопонимания между главами двух внешнеполитических ведомств не было достигнуто, ибо по возвращении в Вильнюс литовский министр подал в отставку (правда, её не приняли). Вскоре подал в отставку и бежал в Германию последний член бывшего сметоновского правительства — министр финансов Э. Галванаускас.

В это время в Прибалтике начались многочисленные увольнения людей прежних администраций с государственных постов. К 19 июля в Литве были отстранены от работы 11 из 12 мэров городов, 19 из 23 мэров поселков городского типа, 175 из 261 члена уездной администрации. Была ликвидирована организация шаулисов.

Одновременно осуществлялись широкие социальные преобразования. Латвийское правительство А. Кирхенштейна ввело 8-часовой рабочий день. На 15-20 процентов была увеличена зарплата для рабочих и служащих, восстановлены профсоюзы. 5 июля в Риге состоялся 100-тысячный митинг в поддержку решений правительства. В этой обстановке в республиках началась подготовка к выборам в верховные органы власти.

Коммунисты Прибалтики выдвигали своих кандидатов в союзе с представителями левых сил. Такими коалициями на выборах в Народные сеймы Латвии и Литвы, Государственную думу Эстонии стали Союзы или Блоки трудового народа. В предвыборных лозунгах Союза трудового народа Эстонии говорилось: “Высшая власть в Эстонии должна принадлежать народу и только народу”. Многие призывы подчеркивали важность дружбы и тесного союза Эстонии и Советского Союза. Кандидаты в депутаты, не входившие в эти предвыборные блоки, были поставлены в трудное положение. Как утверждается в докладе Комиссии Верховного Совета ЭССР 1989 года, “были аннулированы письма о выдвижении 57 кандидатов, 20 кандидатов… сняли свои кандидатуры”.

В то же время оценивать выборы, проходившие в военное время, без учета реалий полувековой давности было бы нелепым. Реальная обстановка выборов 1940 года в Прибалтике характеризовалась сочетанием разных и противоречивых факторов. С одной стороны, население трех стран впервые освободилось от постоянного террора полиции, айзсаргов, шаулисов, кайцелита. После многих лет можно было проводить свободно митинги, собрания, демонстрации. От участия в выборах были отстранены коррумпированные политиканы, державшиеся у власти с помощью подкупа и террора.

С другой стороны, нет сомнения в том, что определенная часть населения прибалтийских стран негативно относилась к внешнеполитической переориентации на СССР и к осуществленным и намечаемым преобразованиям внутри трёх республик. Резидент НКВД докладывал в Москву в начале июля 1940 года: “Внешне в Таллине все спокойно… Бывшие члены кайцелита, не отваживаясь на резкие выступления, ходят по улицам с трехцветными национальными эстонскими значками, женщины носят белые цветы, подчеркивая этим, что они белые, а не красные. Но таких лиц немного”. Вероятно, в условиях более высокоразвитой демократии и в мирной международной обстановке силы оппозиции активнее выступили бы против монопольного положения Союзов трудового народа на выборах.