Массовые казни совершались и в Литве. В первые же дня после оккупации Каунаса немцы вместе с литовскими коллаборационистами стали сгонять советских военнопленных и мирных жителей в городской форт N 9. В материалах Нюрнбергского процесса говорилось: “Все, кто попадал в форт N 9, в живых не остались. Колоннами в несколько тысяч человек гитлеровцы гнали сюда женщин, детей, подростков, мужчин и стариков на расстрел и сжигание”. Лагеря смерти и места массового уничтожения существовали также в районе Алитуса, Паневежиса, Укмерге, Ново-Вильни и других местах. Только на окраине Вильнюса фашисты уничтожили около 100 тысяч человек.

В “Истории Латвийской ССР” сказано: “В целях устрашения населения гитлеровцы прибегали к таким зверским актам террора, как сожжение населенных пунктов и полное истребление их населения. Такая судьба постигла деревню Аудрини Резекненского уезда, население которой прятало красноармейцев. Узнав об этом, гитлеровцы в начале 1942 года сожгли деревню, 30 ее жителей расстреляли на рыночной площади в Резекне, остальных 179 - у Анчупанских холмов. То же произошло в январе того же года с деревней Барсуки Лудзинского уезда и позднее, осенью 1944 года, с пятью хуторами в Злекасской волости Вентспилсcкого уезда”.

В “Истории Литовской ССР” отмечалось: “За акты сопротивления и помощь советским партизанам гитлеровские оккупанты полностью сожгли деревни Ферма, Лазденай, Друшиляй, Шаркишес, Милюнай, Пирчюпяй. Жители одних деревень были расстреляны или сожжены, других - угнаны в фашистское рабство”.

Уже в первые месяцы после начала оккупации поголовному уничтожению было подвергнуто еврейское население Прибалтики. Отчитываясь перед своим берлинским начальством, бригаденфюрер СС Шталкер писал: “Мы заставляли местные антисемитские элементы организовывать погромы через несколько часов после захвата города”. В Литве вооруженные банды националистов во главе с Климантисом в ночь с 25-го на 26 июня 1941 года расправились с более чем 1500 евреями, подожгли и уничтожили несколько синагог и сожгли еврейский квартал, состоявший из более чем 60 домов. Шталкер писал: “В течение следующих ночей около 2300 евреев было обезврежено подобным же образом. Подобные же действия, только в меньшем масштабе, имели место по примеру Каунаса и в других районах Литвы, причем они также распространились на оставшихся в этих местах коммунистов”.

Преследования евреев развернулись и в Латвии. Еврейка, бежавшая в 1944 году в Швецию, вспоминала: “После вступления немецких войск в Ригу, когда еще велись бои между немцами и русскими на латвийской земле, в большинстве провинциальных городов евреи были убиты латышами… Во всех городах Латвии, где евреи были убиты, на подъездных дорогах был установлен щит с надписью: “Свободен от евреев”. Особенно прославилась своими злодеяниями против евреев “команда безопасности” под руководством рижского студента Арайса.

В Эстонии уничтожение евреев осуществлялось силами созданной оккупантами организации “Омокайтсе” (“Самооборона”) из местного населения. Правда, как сообщал Шталкер, “в Эстонии благодаря сравнительно небольшому числу евреев не представлялось возможности провоцировать погромы. Большая часть тех 4500 евреев, которые жили в Эстонии, в начале наступления на Востоке бежали вместе с отступающими войсками Красной Армии. Осталось около 2000 человек”. Вскоре, как замечал Шталкер, “арест всех евреев в возрасте старше 16 лет был закончен. Все они были казнены частями “Самообороны”.

Когда 20 января 1942 года в Берлине состоялось совещание по “окончательному решению” еврейского вопроса, то в списке стран, против каждого названия которой было указано число проживавших там евреев, после названия Эстонии стоял прочерк. Как констатировал Э. Я. Мартинсон, “выполнение плана “Котбус” - плана уничтожения евреев в “Остланде” - в части Эстонии к тому времени было уже закончено”.

В Латвии и Литве уничтожение евреев также близилось к завершению. В рапорте эйнзацгруппы “А” полиции безопасности и СД за период с 16 октября 1941 года по 31 января 1942 года сообщалось: “Систематическая работа по очищению Востока согласно приказам имела своей целью возможно полную ликвидацию евреев. Эта цель в основном достигнута. Исключая Белоруссию, экзекуции подвергнуто 229052 еврея. Оставшиеся в прибалтийских провинциях евреи мобилизуются в срочном порядке на работы и размещаются в гетто”. По оценке Р. Мисиунаса и Р. Таагепера, в Прибалтике из общего числа 250 тысяч евреев уцелело лишь 10 тысяч. В то же время на территории Прибалтики гитлеровцы уничтожили десятки тысяч евреев, привезенных из других стран Европы.

Только на территории Эстонии гитлеровцы и их пособники убили 61 тысячу мирных граждан (в их числе было немало тех, кого фашистские палачи привезли для уничтожения из других оккупированных районов Советского Союза, а также из порабощенных фашистской Германией государств Западной Европы) и 64 тысячи советских военнопленных - всего 125 тысяч людей. В Латвии было уничтожено более 600 тысяч мирных жителей и советских военнопленных, в том числе более 100 тысяч граждан Латвийской ССР. В Литве было убито около 700 тысяч человек, в том числе 229 тысяч советских военнопленных, более 370 тысяч жителей Литовской ССР и около 100 тысяч граждан, привезенных из других районов Советского Союза и оккупированных государств Европы. Республики, общее население которых составляло в 1940 году 5,7 миллиона человек, стали в 1941-1944 годах местом уничтожения 1425 тысяч человек.

По мере приближения к прибалтийским землям Красной Армии оккупанты и их пособники постарались угнать за собой мирное население Прибалтики. Из Латвии было вывезено в 1944 году 279615 человек. Около 70 тысяч - из Эстонии. Организованный фашистами вывоз жителей Прибалтики со своей родной земли также сопровождался новыми потерями, главным образом из-за тягот эвакуации и невыносимых условий жизни в Германии. По оценке Р. Мисиунаса и Р. Таагепера, в 1944-1945 годах погибло около 20 тысяч эмигрантов из Прибалтики.