Тогда князь Щербатов стал вести подкоп под Троицкую башню со стороны Александровского сада и через месяц, наконец, обнаружил большую и высокую подземную палату с отлично сохранившимися белокаменными сводами. Посередине этого тайника лежала каменная плита. Под ней оказался вход во второй тайник, тоже пустой. В стене первого тайника был узкий проход, в котором можно было передвигаться лишь согнувшись, ведший в третий просторный тайник с разрушенным люком посередине. Спустившись в этот люк, землекопы нашли под ним четвертую подземную палату, почти доверху заваленную землей и мусором. Каменный свод над этой палатой был настолько сильно поврежден, что наблюдавший за работами инженер запретил дальнейшие раскопки, и вопрос о том, сообщаются ли эти пустые палаты посредством подземного хода с каким-нибудь другим тайником, остался невыясненным.

Просторная подземная палата была найдена и при раскопках под Боровицкими воротами, но она была на четыре аршина засыпана землей и не имела выхода в другое помещение.

Предполагая, что таинственный ход, которым шел дьяк Василий Макарьев, а после него пономарь Конон Осипов, находится в фундаменте кремлевской стены, князь Щербатов в двух местах обнажил ее до основания, но и там не обнаружил прохода в тайник. Внутри некоторых зубцов этой стены зияли подозрительные отверстия — «продухи». «Не для вентиляции ли тайника они устроены?» — всполошились исследователи, но оказалось, что их пробили для просушки стен.

Последней была тщательно осмотрена круглая Арсенальная башня, построенная в XVI веке прибывшим в Москву из Италии искусным зодчим Пьетро Антонио Солари. В первом ее надземном этаже землекопы нашли замурованную дверь, возможно служившую когда-то выходом из тайника. За ней действительно оказался подземный ход, круто уходивший вниз на глубину восьми аршин и разветвлявшийся в двух направлениях. Едва сделав по этому ходу несколько шагов, рабочие наткнулись, однако, на серьезное препятствие — огромный белокаменный столб, составлявший, по-видимому, часть фундамента построенного в начале XVIII века кремлевского арсенала. Такой же столб мешал продвижению и по уходившему вправо второму проходу.

На этом раскопки прекратились. Ломать столбы князь Щербатов не стал, надеясь потом перехватить тайник за пределами арсенала. Но отпущенные на раскопки средства иссякли, и осуществление этого плана было отложено на неопределенное время.

Неутешительные итоги подземных работ подтверждали мнение Белокурова о бесполезности дальнейших поисков. Но он знал, что противники его на этом не успокоятся и будут говорить, что князь Щербатов искал библиотеку не там, где следует, что она спрятана в другом месте. Поэтому он решил, не дожидаясь возобновления работ, доказать их бесполезность специальным научным исследованием, посвященным вопросу: «А существовало ли вообще когда-нибудь книгохранилище Ивапа Грозного?»

«…Входя в присутственную залу архива, всегда можно было застать его за письменным столом, наклонившимся над какими-нибудь старыми рукописями, которые он просматривал или перебирал. Не было, вероятно, в этом собрании ни одного картона, книги или связки, о которой он не имел бы более или менее подробного представления».

Эти строки были написаны в связи со смертью С. А. Белокурова — последнего управляющего Московским главным архивом министерства иностранных дел, прослужившего в нем более тридцати лет и умершего в 1918 году, в разгар захватившей его работы по созданию нового, уже советского архивного управления.

В некрологе подчеркивалось, что Белокурова увлекал самый процесс розыска, независимо от достигаемого им при этом результата. Ради краткой справки, состоящей иногда из одной строчки, он был способен просмотреть сотни книг и рукописей. Чем запутаннее и сложнее была проблема, тем с большей энергией брался он за исследование, не страшась никаких преград.

Именно такое неистощимое упорство проявил этот опытный архивный следопыт, изучая вопрос о происхождении библиотеки Ивана Грозного. Задетый за живое разгоревшимися спорами, Белокуров решил во что бы то ни стало доказать правоту своей точки зрения. Он приступил к проверке самых древних источников, в которых впервые упоминалась библиотека московских царей. Поскольку было известно, что книгохранилище Ивана Грозного досталось ему от его предков, Белокуров перечитал тексты всех древних летописей. Ни в одной из них не было ни слова о том, что кто-либо из московских великих князей или царей владел большим собранием иноязычных книг.

«Если эти книги погибли в огне войн и пожаров, — рассуждал Белокуров, — летописцы обязательно об этом упомянули бы. С другой стороны, они могли и не знать о существовании библиотеки, потому что она была запрятана глубоко под землей и местонахождение ее тщательно скрывалось». Во всяком случае, Белокуров счел своим долгом подчеркнуть, что первое свидетельство о библиотеке Ивана Грозного появилось не в древних летописях, а в таком второстепенном документе, как неизвестно кем сочиненное жизнеописание выдающегося мыслителя XVI века Максима Грека.

Изучая же собственные сочинения ученого грека, пытливый источниковед с удивлением обнаружил, что в них не было ни слова о царской библиотеке.

Белокуров стал собирать дополнительные сведения о Максиме Греке. Он послал запросы в архивы старинных русских городов — во Владимир, Тверь, Ярославль, Кострому, Казань, Суздаль. В результате он собрал более двухсот пятидесяти новых документов, содержавших сведения об ученом старце или выдержки из его сочинений. Но ни один из этих документов не давал ответа на законный вопрос: почему свидетельство о знаменитой царской библиотеке отсутствует в собственных сочинениях Максима Грека?