Узнав о Соборном Уложении 1649 года, Никон сделал первый серьёзный политический шаг, назвав по сути выдающийся документ «бесовским». Друг царя не мог так называть дело, в котором Алексей Михайлович принимал активное участие. Монарх, однако, внешне не отреагировал на «грубость» митрополита.

Уже в тот год в Новгороде, да и в Москве у Никона появились серьезные враги: потомственные, связанные местническими обычаями бояре, которым не нравилось возвышение кожеозерского монаха, его тяга заниматься, помимо церковных, делами мирскими, давать царю советы. Власть не знает границ. Она стремится к бесконечности, не желая понимать, что возможности человека, которого она влюбляет в себя, весьма ограничены.

Уже в Новгороде стало ясно, что Никона не любят подчиненные. Слишком строг был митрополит. Нищих-то привечал, и они, благодарные, разносили по Русскому государству вести добрые о нём. Вести нищих. Подчиненных не миловал, заставляя исполнять богослужение со всей строгостью. У него были замечательные певчие, он возил их в Москву, к Алексею Михайловичу, и слезы умиления согревали душу царя.

В 1650 году в Новгороде взбунтовался люд. Такое часто случалось в этом краю и раньше. По-разному гасились взрывы недовольства. Никон, слишком уверенный в себе, наложил проклятие на всех горожан, проявив полную политическую беспощадность. Ни один бунт, ни одно, даже самое массовое, восстание не втягивает в свои водовороты народ, но лишь часть его. Это Никону нужно было учитывать. Он учитывал только желание своего искреннего разума, холодного, упрямого. Узнав о незаслуженном проклятии, взбунтовался весь город.

Бунтовщики избрали себе в главари некоего Жеглова, которого Никон отправил из своих приказных людей в опалу. Новгородцы наотрез отказали в доверии царскому любимцу.

В Москву прибыли письма от противоборствующих сторон. Бунтовщики обвиняли Никона в жестокости, мздоимстве, пытках. Тот писал о том, что мятежники избили его, он харкает кровью, лежит и в ожидании смерти даже соборовался. Царь принял сторону митрополита. Бунт не затихал. И, наконец, Никон, получив великолепный политический урок, посоветовал Алексею Михайловичу простить новгородцев.

Бой с жителями великого города Никон проиграл, но это обстоятельство не повлияло на отношение всего русского народа к нищелюбивому митрополиту. И авторитет его в глазах царя продолжал расти.

В 1651 году Никон посоветовал монарху перенести мощи митрополита Филиппа из Соловецкого монастыря в столицу. Это дело могло внушить народу «мысль о первенстве церкви и о правоте ее, а вместе с тем обличить неправду светской власти, произвольно посягнувшую на власть церковную». Царь не испугался этого, Никон отправился в Соловецкий монастырь.

В это время в Москве скончался патриарх Иосиф. Алексей Михайлович попросил своего друга возглавить патриаршую кафедру. Тот долго отказывался. Царь в Успенском соборе при народе низко кланялся Никону, умолял со слезами принять патриарший сан. Никон был строг. Он уже поверил в правдивость предсказания сельского гадателя в далеком детстве. Он хотел стать «российским царем». Алексей Михайлович лил горькие слезы, просил его.

«Будут ли меня почитать как архипастыря и отца верховнейшего и дадут ли мне устроить церковь?» — грозно спросил молодого царя пожилой митрополит.

Все в Успенском соборе низко поклонились ему: все-то мы сделаем, как ты хочешь, только не откажи, друг царя добрый, стань патриархом! Никон совершил грубейшую, неисправляемую временем ошибку: он вынудил самодержца прилюдно лить слёзы и унижаться перед ним. Цари не прощают тех, кто вынуждает их унижаться перед ними.

Никон строго смотрел на людей. Царь, бояре, духовенство дали клятву. Он поверил в нее, в ее искренность и непорочность, запамятовав о том, как мало на Руси было выполненных клятв. 25 июля 1652 года Никон стал патриархом всея Руси.

По старому обычаю он первым делом занялся строительством своего монастыря, расположенного неподалеку от Валдайского озера и названного Иверским в честь Иверской иконы Божией матери, скопированной по заказу патриарха с одноименной иконы на Афоне. С этим делом Никон справился быстро.

Второе дело было сложнее. Ещё во времена Максима Грека священнослужители обратили внимание на разночтения в русских церковных книгах, на отличие их от греческих оригиналов. И обряды русской церкви отличались от обрядов византийской церкви.

«1. В тексте церковных книг была масса описок и опечаток, мелких недосмотров и разногласий в переводах одних и тех же молитв. Так, в одной и той же книге одна и та же молитва читается разно: то „смертию смерть наступил“, то „смертию смерть поправ“. Из этой массы несущественных погрешностей более вызывали споров и более значительными считались следующие: 1) лишнее слово в VIII числе Символа Веры — „и в Духа Св. Господа истиннаго и животворящаго…“ и т. д.

2. Наиболее выдающиеся отступления нашей церкви от Восточной в обрядах были таковы: 1) проскомидия совершалась на 7 просфорах вместо 5; 2) пели сугубую аллилуйя, т. е. два раза вместо трех, вместо трегубой; 3) совершали хождение по-солон, вместо того, чтобы ходить против солнца; 4) отпуск после часов священник говорил из царских врат, что теперь не делается; 5) крестились двумя перстами, а не тремя, как крестились на Востоке, и т. д.» (Платонов С. Ф. Лекции по русской истории. СПб., 1987, стр. 423–424).