Согласно п. 7 ст. 89 НК РФ в рамках выездной налоговой проверки налоговый орган вправе проверять деятельность филиалов и представительств налогоплательщика.

Обратите внимание, что налоговое законодательство, в частности НК РФ, не предусматривает возможность налоговых органов проводить самостоятельную выездную налоговую проверку обособленных подразделений организации, не являющихся филиалами и представительствами (смотрите Письмо Минфина России от 31 июля 2008 г. N 03-02-07/1-327).

Налоговый орган вправе проводить самостоятельную выездную налоговую проверку филиалов и представительств по вопросам правильности исчисления и своевременности уплаты региональных и (или) местных налогов.

Из сформулированного законодателем текста следует, что данная норма предоставляет налоговым органам право проводить самостоятельную выездную налоговую проверку филиалов и представительств по вопросам правильности исчисления и своевременности уплаты региональных и (или) местных налогов.

Однако такое нормативное изложение не позволяет сделать однозначный вывод о невозможности проведения самостоятельной выездной налоговой проверки филиалов и представительств по вопросам правильности исчисления и своевременности уплаты федеральных налогов и сборов.

Поэтому налоговый орган вправе проверять деятельность филиалов и представительств налогоплательщика в рамках выездной налоговой проверки только в составе проверки головной организации. Исключение составляет проверка правильности исчисления и уплаты филиалом региональных и/или местных налогов. В этом случае налоговый орган вправе проводить самостоятельную выездную налоговую проверку филиала.

Таким образом, если ранее организация в целом проверялась, налоговые органы вправе назначить самостоятельную выездную налоговую проверку филиала (представительства), но только в отношении региональных (местных) налогов (смотрите Постановление ФАС Северо-Западного округа от 27 апреля 2009 г. по делу N А56-27517/2008).

Налоговый орган, проводящий самостоятельную выездную проверку филиалов и представительств, не вправе проводить в отношении филиала или представительства две и более выездные налоговые проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период.

А также налоговый орган не вправе проводить в отношении одного филиала или представительства налогоплательщика более двух выездных налоговых проверок в течение одного календарного года.

При проведении самостоятельной выездной налоговой проверки филиалов и представительств налогоплательщика срок проверки не может превышать один месяц.

Обратите внимание, что МНС России в своем Письме от 24 февраля 2004 г. N 09-3-02/755 "О постановке на учет организации в налоговом органе по месту нахождения обособленных подразделений" разъяснило, что проведение выездной налоговой проверки структурных подразделений налогоплательщика, не являющихся филиалами и представительствами, независимо от проведения выездной налоговой проверки налогоплательщика НК РФ не предусмотрено.

Статья 100 НК РФ регламентирует, что по результатам выездной налоговой проверки в течение двух месяцев со дня составления справки о проведенной выездной налоговой проверке (форму справки смотрите в Приложении N 2 к Приказу ФНС России от 31.05.2007 N ММ-3-06/338@) уполномоченными должностными лицами налоговых органов должен быть составлен в установленной форме акт налоговой проверки (Требования к составлению данного акта смотрите в Приложении N 6 к Приказу ФНС России от 25 декабря 2006 г. N САЭ-3-06/892@).

В случае выявления нарушений законодательства о налогах и сборах в ходе проведения камеральной налоговой проверки должностными лицами налогового органа, проводящими указанную проверку, должен быть составлен акт налоговой проверки по установленной форме в течение 10 дней после окончания камеральной налоговой проверки.

В акте налоговой проверки указываются:

— дата акта налоговой проверки. Под указанной датой понимается дата подписания акта лицами, проводившими эту проверку;

— полное и сокращенное наименования организации, а также полное и сокращенное наименования проверяемого обособленного подразделения и место его нахождения;

— фамилии, имена, отчества лиц, проводивших проверку, их должности с указанием наименования налогового органа, который они представляют;

— дата и номер решения руководителя (заместителя руководителя) налогового органа о проведении выездной налоговой проверки (для выездной налоговой проверки);

— дата представления в налоговый орган налоговой декларации и иных документов (для камеральной налоговой проверки);

— перечень документов, представленных проверяемым лицом в ходе налоговой проверки;