Пороховой взрыв крюйт-камеры «Пластуна» произошел в 5 часов 8 минут пополудни 18 августа во время следования под парусами в точке с координатами: широта 57 градусов 45 минут, долгота 20 градусов 5 минут. После взрыва клипер продержался на воде не более трех минут и пошел ко дну. При взрыве погибли: командир клипера барон Дистерло, старший офицер лейтенант Розенберг, лейтенант Гаврилов, мичман Леман, прапорщики корпуса флотских штурманов Евдокимов и Кочетов, вольный механик Гельм и 68 нижних чинов. Для оказания помощи погибавшим немедленно были спущены три катера, вельбот и шлюпка-четверка, которыми были спасены: лейтенант Литке, мичманы Кноринг и Березин, младший врач Иогансон и 30 человек матросов. Пятеро спасенных имели серьезные ожоги и ушибы, вследствие чего один из матросов вскоре умер.

Исходя из указания великого князя Константина Николаевича вице-адмирал Панфилов первым делом допросил командира отряда капитана 1-го ранга Попова. Допрашивающего и допрашиваемого связывала недавняя общая служба в осажденном Севастополе, где Панфилов командовал отрядом пароходо-фрегатов, а Попов — одним из пароходо-фрегатов в его отряде. Неоднократно оба участвовали в боевых вылазках против англо-французского флота, бомбардировках неприятельских позиций. Кроме этого обоих связывали и весьма дружеские личные отношения. Однако, несмотря на все это, дознание вице-адмирал Панфилов провел по всей форме.

В своих ответах на задаваемые председателем комиссии вопросы командир отряда кораблей показал следующее: во время встречи с «Пластуном» в Шербуре он осмотрел клипер, найдя его в состоянии, «способном удовлетворить самое взыскательное самолюбие». После осмотра Попов приказал лейтенанту Дистерло передать на другие корветы большую часть пороха, который там был на исходе. После передачи, по докладу командира «Пластуна», на клипере осталось лишь шесть пудов пороха. Во время стоянки в Копенгагене Попов произвел «Пластуну» артиллерийский смотр, пригласив на него для учебы всех офицеров с обоих корветов. Этот двухчасовой смотр также показал хорошее содержание материальной части на «Пластуне» и высокую выучку команды. Однако ряд замечаний командира отряда был довольно серьезным. В крюйт-камере отсутствовали пампуши (специальные тапки, которые положено надевать, находясь в крюйт-камере, во избежание высекания искры). По докладу командира клипера, старые пампуши износились. В углу крюйт-камеры была обнаружена связка боевых ракет, которые должны были храниться в специальных чемоданных ящиках далеко от пороха. Кроме этого на полу в крюйт-камере была обнаружена пороховая пыль. Пампуши Попов велел пошить, ракеты убрать, а пол в крюйт-камере вымыть. Самого командира «Пластуна» лейтенанта Дистерло Попов охарактеризовал как службиста и педанта, у которого понятия об уставе были таковы, что он требовал исполнения не только его смысла, но и буквы. «Я никогда не желал бы иметь лучшего товарища!» — заявил Попов. Впрочем, все понимали, что ничего другого сказать о командире клипера он в данной ситуации просто не мог, ибо самолично выдвинул его на командирскую должность в ходе плавания, а потому все претензии к покойному командиру клипера автоматически обращались претензиями к живому командиру отряда.

По выходе клипера в море в крюйт-камере началась работа по устранению замечаний. Первыми были уложены в чемоданные ящики ракеты. Затем во время вахты мичмана Кноринга с часу ночи до семи утра 18 августа было дано приказание перенести из крюйт-камеры в кают-компанию ящики с гранатами. На время переноски в целях безопасности на клипере погасили огни и на баке обрезали фитиль (место для курения). Старший офицер передал вахтенному начальнику ключи от крюйт-камеры, а тот в свою очередь передал их кондуктору Савельеву. При вскрытии крюйт-камеры, помимо Савельева, присутствовали старший офицер, ревизор и пять матросов. В три часа утра начались работы по переноске ящиков с гранатами и картечью. К четырем часам все ящики были перенесены. В начале пятого старший офицер, находившийся в это время в кают-компании, получил доклад, что работа завершена. После этого старший офицер приказал ревизору возглавить работу по помывке крюйт-камеры. До взрыва оставалось каких-то полчаса…

Оставшийся в живых лейтенант Литке показал, что он сменил барона Кноринга в четыре часа утра, менее чем за десять минут до взрыва. По заступлении он получил доклад, что старший офицер находится в крюйт-камере и наблюдает за проводимыми там работами.

Артиллерийский кондуктор Федоров, которого тоже удалось спасти, рассказал, что он участвовал вместе с другими матросами в переноске ящиков из крюйт-камеры в кают-компанию. Закончив работать, он пошел спросить, не нужно ли еще чего-нибудь перенести, и на входе в крюйт-камеру встретил содержателя крюйт-камеры кондуктора Савельева. Тот сказал Федорову, что больше ничего не нужно и что он сам идет доложить ревизору о наведенном в крюйт-камере порядке. Едва Федоров спустился в машинное отделение, как раздался взрыв. Поэтому Федоров полагает, что в момент взрыва в крюйт-камере мог находиться только один Савельев.

По показанию нескольких матросов, незадолго до взрыва лейтенант Дистерло спросил старшего офицера: «Закончена ли работа в крюйт-камере?» И когда тот ответил отрицательно, мрачно заметил «Пора бы кончить!» После чего старший офицер спустился вниз, и почти сразу последовал взрыв. Однако другие утверждали, что старший офицер лейтенант Розенберг к этому времени находился уже на шканцах с командиром. Единства в этих показаниях не было. В одном все — и офицеры, и матросы — были единодушны: в течение всего кругосветного плавания в крюйт-камере поддерживался должный порядок, и никто не нарушал правил пребывания в ней: соблюдались переодевание в парусные сапоги, или пампуши, исправность фонаря и отсутствие открытого огня.

Внезапно особое внимание следователей привлекла фраза унтер-офицера Федорова о давнем конфликте между кондуктором Савельевым и бывшим в ту пору еще старшим офицером лейтенантом Дистерло. Дело было еще во время стоянки клипера в Хакодате. Тогда Дистерло распорядился положить ракеты и гранаты в крюйт-камеру, Савельев воспротивился этому, сказав, что там хранить боеприпасы неположено. На что Дистерло топнул ногой и крикнул: «Пошел прочь!» При этом Федоров добавил, что так, впрочем, Дистерло поступал всегда, когда выслушивал доклады своих матросов.

Кроме этого в ходе дальнейшего опроса было выявлено, что на борту «Пластуна» находилось гораздо больше пороха, чем те шесть пудов, о которых доложил командиру отряда лейтенант Дистерло. По свидетельству матроса Килека, во время пребывания в Николаевске на борт клипера дополнительно доставили четыре бочонка пороха, которые так и остались стоять в проходе крюйт-камеры. Это же подтвердили и другие матросы из числа спасенных.

Характер взрыва и матросы, и офицеры описывали по-разному, Одним он показался как очень сильный выстрел, другим же — как протяжный шум, третьим — просто оглушительный треск. Матрос Алексеев, кого взрыв застал подле фок-мачты, вообще охарактеризовал его как некий пронзительный визг. Юнга Миртов рассказал, что ему показалось, будто перед самым выстрелом начали лопаться ударные трубки. Такую же мысль высказал и лейтенант Литке, который выдвинул версию, что в процессе передвижения ящиков в крюйт-камере матросы могли случайно надавить ящиком на одну из трубок, а та могла лопнуть и воспламенить рассыпанный по палубе порох, затем последовали детонация и взрыв.