Основная масса экспертиз выполняется негосударственными судебно-экспертными учреждениями для гражданского и арбитражного процесса, поскольку государственные экспертные учреждения сильно загружены экспертизами по уголовным делам. Как правило, экспертизы в этих учреждениях производятся куда оперативней, чем в государственных, поскольку загруженность экспертов значительно ниже и очереди отсутствуют, а при большом наплыве экспертиз привлекаются дополнительные эксперты. Негосударственные экспертные учреждения производят не только судебные экспертизы, но и другие экспертизы и исследования по поручению любой организации или частного лица, используя при этом судебно-экспертные методики, дают консультации коммерческим структурам и гражданам.

Согласно ст. 17 Федерального закона "О лицензировании отдельных видов деятельности" на осуществление юридическим лицом или индивидуальным предпринимателем судебно-экспертной деятельности лицензии не требуется. Однако негосударственные судебно-экспертные учреждения отличаются от неэкспертных учреждений прежде всего тем, что судебно-экспертная деятельность является для них основной и они прекрасно осведомлены о ее процессуальных, организационных и методических особенностях. В принципе в негосударственном судебно-экспертном учреждении может быть организован контроль над качеством экспертиз (во многих учреждениях это уже делается). Хотя законодатель не говорит о правах и обязанностях руководителя негосударственного экспертного учреждения, но на этого руководителя могут быть распространены многие права и обязанности руководителя государственного судебно-экспертного учреждения, например, руководитель обязан, если принято решение о производстве судебной экспертизы в данном негосударственном экспертном учреждении:

1) поручить производство судебной экспертизы тому эксперту или комиссии экспертов, которые обладают специальными знаниями в объеме, требуемом для ответов на поставленные вопросы; разъяснить эксперту или комиссии экспертов их обязанности и права;

2) по поручению органа или лица, назначивших судебную экспертизу, предупредить эксперта об уголовной ответственности за дачу заведомо ложного заключения, взять у него соответствующую подписку и направить ее вместе с заключением эксперта в орган или лицу, которые назначили судебную экспертизу;

3) обеспечить контроль над соблюдением сроков производства судебных экспертиз, полнотой и качеством проведенных исследований, не нарушая принцип независимости эксперта;

4) по окончании исследований направить заключение эксперта, объекты исследований и материалы дела в орган или лицу, которые назначили судебную экспертизу;

5) обеспечить условия, необходимые для сохранения конфиденциальности исследований и их результатов;

6) не разглашать сведения, которые стали ему известны в связи с организацией и производством судебной экспертизы, в том числе сведения, которые могут ограничить конституционные права граждан, а также сведения, составляющие государственную, коммерческую или иную охраняемую законом тайну.

С другой стороны, руководитель негосударственного экспертного учреждения вправе требовать от органа или лица, назначивших судебную экспертизу, возмещения расходов, связанных с:

1) компенсацией за хранение транспортной организацией поступивших на судебную экспертизу объектов исследований, за исключением штрафов за несвоевременное их получение данным учреждением;

2) транспортировкой объектов после их исследования, за исключением почтовых расходов;

3) хранением объектов исследований в государственном судебно-экспертном учреждении после окончания производства судебной экспертизы сверх сроков, установленных нормативными правовыми актами соответствующих федеральных органов исполнительной власти;

4) ликвидацией последствий взрывов, пожаров и других экстремальных ситуаций, явившихся результатом поступления в данное учреждение объектов повышенной опасности, если орган или лицо, назначившие судебную экспертизу, не сообщили руководителю об известных им специальных правилах обращения с указанными объектами или они были ненадлежаще упакованы.

Другие права и обязанности, конечно, должны быть откорректированы в соответствии с негосударственным статусом учреждения. Что касается ответственности по ст. 307 УК за дачу заведомо ложного заключения, то, если эксперт был о ней официально предупрежден, он несет ее персонально, вне зависимости от того, является ли сотрудником судебно-экспертного учреждения или частным экспертом.

Руководитель негосударственного судебно-экспертного учреждения согласно договору, заключаемому на производство судебной экспертизы, обычно несет имущественную ответственность за некачественное экспертное заключение, поскольку он подписывает сопроводительные документы на экспертизу и при этом знакомится с содержанием заключения эксперта. В случае если он считает выводы эксперта неверными или необоснованными, возникает коллизия, описанная нами выше для руководителя государственного экспертного учреждения.

Если судебная экспертиза производилась в негосударственном экспертном учреждении, то подписи эксперта или комиссии экспертов удостоверяются печатью этого учреждения, а в заключении необходимо указать сведения об учреждении. Документы, фиксирующие ход, условия и результаты исследований, по согласованию с субъектом, назначившим экспертизу, либо хранятся в судебно-экспертном учреждении, либо предоставляются для приобщения к делу.

По существующим правилам профилактические предложения эксперта излагаются им в заключении и направляются органу, назначившему экспертизу. Однако поскольку в ходе экспертного исследования может быть установлена возможность чрезвычайных событий, наступление которых предвидит эксперт, например возможность повторного взрыва на предприятии, воспламенения тех или иных веществ, аварии транспортного средства, где установлены бракованные детали, отравления воды, почвы и т.п., как нам представляется, руководителю и государственного экспертного учреждения, и негосударственного должно быть вменено в обязанность в экстренных случаях непосредственное срочное обращение к тем органам или должностным лицам, во власти которых принятие немедленных предупредительных мер.