Возможно, летописцы, описывая события Угорщины, пристрастны к Софье так же, как и к великому князю. Но факт остается фактом: в то время как сам Иван III, его братья, Иван Молодой находились на разных участках борьбы с Ахматом, в Москве оставался весь двор и бояре, митрополит Геронтий, епископ Вассиан Рыло, мать государя инокиня Марфа, его дядя, правитель Белозерского уезда Михаил Андреевич Верейский.

Странное исключение было сделано только для Деспины, рванувшей со своими спутниками верст за пятьсот на север от стольного града. Как бы ни были предубеждены против Софьи позднейшие авторы, вряд ли в 1480 году москвичи, и без того настроенные против Софьи, оставили ее отъезд без язвительных комментариев. Возмущались не только простые горожане. Побег Софьи вызвал неудовольствие у части московской знати.

Мы с сомнением относимся к якобы имевшей место склонности великого князя слушать советы сторонников замирения с ордынцами, но это не означает, что таких советников не существовало вовсе: «Тогда же быша многа размышлениа во многих человецех: овии тщахуся до крове и до смерти с поганными братися; овии же на бегство умышляху, своего живота щадяще, Землей же Русстей предателей хотяху явитися, а безсерменом норовники», — сообщает летопись.

Такими норовниками предстают лица, составившие Софье компанию во время вояжа на Белоозеро — представители старомосковских боярских фамилий Василий Борисович Тучков и Андрей Михайлович Плещеев. Братья Василий и Иван Тучко еще с 60-х годов занимали ключевые позиции и в думе и при дворце. В Боярской думе образца 1475 года было трое Морозовых. Третий «думец» из морозовского рода — Григорий Васильевич — оставался у великой княгини осенью 1485 года, когда Иван III во главе войска выступил в поход на Тверь.

После умирения удельных смутьянов, разгрома новгородской оппозиции настало время навести порядок в Кремле. Великий князь решил расправиться с наиболее влиятельными сторонниками Деспины, и пусть не сразу, а постепенно задуманное воплотил. Около 1483 года Иван III повелел распустить дворы братьев Тучко-Морозовых, еще одного Морозова — Михаила Яковлевича Русалки и других старомосковских родов. В 1485 году братья Тучко-Морозовы были «поиманы». Клан Морозовых потерпел сокрушительное поражение. Следующее поколение рода начало свою думскую карьеру не с боярства, а с чина окольничих.

А. А. Зимин полагает, что опала Морозовых связана с укреплением позиций Ивана Молодого и ухудшением положения при великокняжеском дворе Софьи. Несомненно, отношение великого князя к Деспине переменилось к худшему. А вот невестка Елена Стефановна, или Елена Волошанка, явно пришлась по душе государю. Трудно судить, испытывал ли Иван Васильевич «комплекс» перед честолюбивой, энергичной и образованной Софьей Палеолог.

Но вот в его семью вошла женщина, как и Деспина, столь непохожая на московских боярынь — умная, развитая, общительная. Вокруг нее собрался кружок московских интеллектуалов, да и сама Елена обладала несомненным талантом. Выполненная ею пелена считается замечательным памятником древнерусского художественного шитья и одной из первых светских картин Московской Руси. К невестке Иван Васильевич имел право относиться покровительственно, чего он, разумеется, не мог позволить по отношению к суровой нравом супруге и что должно было льстить самолюбию государя.

Со всей очевидностью симпатии и антипатии великого князя проявились в 1483 году после того, как у Елены Волошанки и Ивана Молодого родился сын Димитрий. В свое время Софье было разрешено носить украшения первой жены великого князя Марии Тверской — «саженья» с каменьями и жемчугом. Теперь великий князь потребовал от Деспины вернуть драгоценности, дабы передать их невестке. Софья, безусловно, по достоинству оценила издевательский подтекст и символическое значение этой передачи. Три года спустя послем рождения сына Василия великий князь демонстративно выразил предпочтение появившемуся на свет внуку и его матери.

Унижением эпизод с драгоценностями не ограничился. Выяснилось, что отдавать Софье Фоминичне нечего, «понеже бо много истеряла». Великокняжеские «саженья» Деспина передала своей племяннице Марии Палеолог, бывшей замужем за князем Василием Верейским. Итальянский банкир, способствовавший передаче, был арестован, Мария и Василий Верейские бежали в Литву.

Похоже, что Софья и ее приближенные пострадали не от спонтанно возникшего пожелания Ивана Васильевича, а стали жертвами хитроумной интриги, воскрешающей в памяти хрестоматийную историю с алмазными подвесками из «Трех мушкетеров». Недруги великой княгини, узнав о том, что Софья своевольно распорядилась драгоценностями, надоумили государя потребовать их у жены, прекрасно представляя возможные последствия. А у Деспины не оказалось в распоряжении верных мушкетеров, чтобы избежать неприятностей.

По мнению Л. В. Черепнина, эпизод с саженьями отразил реальное взаимоотношение политических сил в Москве: намечался блок с Литвой Твери и московских удельных князей, и эти оппозиционные элементы завязали какие-то отношения с Софьей Палеолог. Недаром после побега Василия Михайловича Верейского Иван велел арестовать каких-то иноземцев, возможно, близких к Софье Палеолог. Передача «сажений» Марии Тверской Елене Волошанке кроме прочего означало признание прав Ивана Молодого на тверское княжение. Эти замыслы вызвали протест Софьи Палеолог, которой ничего не оставалось сделать, как перейти в оппозицию к венценосному супругу: закрепление за линией Ивана Молодого великого княжения лишало соответствующих прав ее сына Василия.