Немалые трудности были и при формировании состава сторон на суде. Центральные комитеты партий эсеров и меньшевиков добивались участия своих представителей в процессе, надеясь превратить его в трибуну для антисоветских демонстраций. Заграничная группа членов ЦК партии эсеров выдвинула в качестве защитников эсеров-эмигрантов, потребовала разрешения на въезд их в Советскую Россию и гарантий их неприкосновенности. Верховный трибунал, руководствуясь ст. 17 Положения о революционных трибуналах, отклонил незаконные домогательства эсеров и меньшевиков. Вместе с тем на основании специального постановления Наркомюста трибунал допустил к защите представителей реформистских Интернационалов и решил, что в судебном процессе должны участвовать также представители Коминтерна. В результате состав сторон был определен так: защиту первой группы подсудимых (членов ЦК партии эсеров) представляли допущенные в порядке изъятия из правил ст. 17 Положения о революционных трибуналах делегаты II и II 1/2 Интернационалов — деятели реформистского социалистического движения — Эмиль Вандервельде, Теодор Либкнехт, Курт Розенфельд и небезызвестные дореволюционные адвокаты Н. К. Муравьев, А. С. Тагер, а также ряд правозаступников. Защиту второй группы подсудимых (эсеров, отошедших от партии) вели общественные деятели — профессор С. Б. Членов, Рубен Катанян, а также представители Коминтерна Феликс Кон, Жак Садуль, Антонио Грамши и другие. Обвинителями были назначены Н. В. Крыленко, А. В. Луначарский, М. Н. Покровский и деятельница Коминтерна Клара Цеткин.

Дело слушалось специальным присутствием Верховного революционного трибунала при ВЦИК.

Начало судебного процесса ознаменовалось политической демонстрацией. Гендельман от имени первой группы подсудимых заявил отвод всему составу суда на том основании, что судьи, являющиеся членами Коммунистической партии, будто бы не могут быть беспристрастными в этом процессе. По «логике» отвода выходило, что члены Коммунистической партии вообще не могут быть судьями по делам о контрреволюционных преступлениях.

Абсурдность такого отвода понимали и сами подсудимые. Член ЦК партии эсеров подсудимый Тимофеев заявил, что подсудимые не отказываются от данного суда. Трибунал отклонил явно провокационный отвод. Но подсудимые продолжали наскоки на суд: заявили отвод обвинителю Н. В. Крыленко, возбудили ходатайства о допущении защитниками меньшевиков, о вызове новых свидетелей и т. п. Трибунал отклонил отвод Крыленко, подтвердил прежнее решение о недопущении защитников-меньшевиков, ходатайство же о вызове дополнительных свидетелей в основном удовлетворил.

Особенно вызывающе вели себя иностранные защитники. Вандервельде, Розенфельд и Либкнехт, не считаясь с процессуальными нормами советского трибунала, требовали особых привилегий для себя и, когда получали обоснованный отказ, демагогически заявляли, будто советская сторона нарушает берлинское соглашение трех Интернационалов. Трибунал предоставлял подсудимым и их защитникам все возможности в рамках советского процессуального права. Не кто иной, как Розенфельд, в одном из судебных заседаний признал это, заявив: «Я был очень рад, что обвиняемым и защите была дана возможность защищать те интересы, которые здесь должны быть защищены. Я надеюсь, что мне удастся вернуться в Германию, и я сумею там сказать, что действительно обвиняемым дается возможность защищаться». Лишены были оснований и ссылки иностранных защитников на нарушения берлинского соглашения: требуя привилегий на основании этого соглашения, иностранные защитники умалчивали о том, что оно, в сущности, уже разорвано реформистами, отказавшимися созвать всемирный конгресс, ради чего оно и заключалось.

13 июня иностранные защитники спровоцировали очередной инцидент. Они потребовали на основании берлинского соглашения разрешить им вести свою отдельную стенограмму судебного процесса. Конечно, защитники имели право вести свои записи, на что и не требовалось разрешения трибунала, но частная стенограмма, не предусмотренная процессуальными нормами, не могла иметь юридического значения. Защитникам были даны соответствующие разъяснения, но они продолжили незаконные домогательства. На следующий день иностранные защитники не явились в суд. Они передали через подсудимых заявление об отказе исполнять свои обязанности ввиду нарушения судом берлинского соглашения. Гендельман и Тимофеев, передавая заявление, демонстративно подтвердили, что подсудимые первой группы солидарны с иностранными защитниками и освобождают их от защиты. Трибунал так оценил поведение защитников: «Иностранная защита, с самого начала усвоившая себе неправильный тон по отношению к трибуналу, пытавшаяся заподозрить его объективизм и беспристрастие, осмелившаяся сопоставлять его с антипролетарскими буржуазными судами капиталистических государств, убедившаяся на деле в том, что процесс ведется со всеми гарантиями действительной защиты подсудимых и действительного выяснения индивидуальной виновности каждого… что перед лицом фактов политической манифестации остается все меньше и меньше места, — эта защита искала только предлога, чтобы покинуть процесс, участие на котором для нее становилось явно политически невыгодным». Так иностранные «защитники» ушли с процесса.

Вскоре произошел новый инцидент. Вечером 20 июня в суд явились представители московских и петроградских рабочих и попросили разрешения огласить резолюции, принятые на фабриках и заводах в связи с проходившим процессом. Трибунал, принимая во внимание, что он «является органом Рабоче-Крестьянской Республики и мнение трудящихся масс имеет чрезвычайно существенное значение, хотя в своих суждениях Верховный трибунал и независим от мнения какой бы то ни было группы товарищей», разрешил рабочим огласить резолюции. Делегаты заклеймили преступления эсеров и потребовали строгого их наказания.

Подсудимые и их буржуазные адвокаты не преминули воспользоваться этим фактом для очередной демонстрации. Адвокат Муравьев усмотрел в нем некое «ниспровержение основ судебного процесса» и потребовал прекращения дальнейшего разбирательства дела и назначения нового суда. Конечно, такое требование не могло быть удовлетворено. Тогда подсудимые первой группы демонстративно заявили, что отказываются вообще от услуг защитников и будут защищаться сами. 26 июня защитники Муравьев, Тагер и другие подали ходатайство об освобождении от участия в процессе ввиду отказа подсудимых от их услуг. Трибунал вынужден был удовлетворить это ходатайство, и в дальнейшем суд проходил без них. Но среди подсудимых было немало юристов и бывших адвокатов; это были опытные политические дельцы, и они в полной мере использовали предоставленные им права на защиту. Поистине трудно найти в истории еще один подобный политический судебный процесс, на котором подсудимые пользовались бы большей свободой слова и большими правами на защиту!

Суд полностью подтвердил разоблачения, сделанные Семеновым и Коноплевой. Партия эсеров и ее Центральный комитет, как выяснилось, систематически организовывали вооруженные восстания против рабоче-крестьянской власти, вели шпионаж в пользу воюющих с Красной Армией белогвардейцев и интервентов, совершали диверсионные акты. Подсудимые и не отрицали этих фактов, заявляя, что в 1917–1918 гг. вели вооруженную борьбу против Советской власти. Однако они утверждали, что прекратили вооруженную борьбу в феврале 1919 г. и с тех пор занимались лишь политической организацией масс, от чего не отказываются и сейчас.