С 1290 по 1320 г. в Дели правила династия Хилджи. Выдающимся представителем этой династии стал Ала-ад-дин Хилджи (правил 1296–1316). Еще до того, как стать султаном в 1293–1294 гг., он предпринимал завоевательные походы в Декан, значительно расширив владения Делийского султаната. В 1294 г. Ала-ад-дин Хилджи захватил столицу Ядавов Девагири, разбив гораздо более сильного индусского правителя. Амбиции молодого полководца привели к тому, что он коварно убил своего дядю, султана Дели Джалал-ад-дина Хилджи и в 1296 г. провозгласил себя султаном. Правление Ала-ад-дина Хилджи ознаменовалось серьезными военными достижениями. В 1306 г. состоялся первый поход на юг его армии, завершившийся взятием Девагири. Походом руководил талантливый полководец Малик Кафур, эфиопский раб-евнух, некогда купленный Хилджи на базаре в Камбее. Из второго похода в Варангал, столицу Какатьев, в 1308–1310 гг. Малик Кафур привез в Дели знаменитый алмаз Кох-и-нор, который оставался в сокровищнице правителей Дели до его захвата в 1739 г. правителем Персии Надир-шах (затем, после смерти Надира, камень оказался у Ахмад-шаха, основателя афганского государства, потом попал к махарадже Пенджаба Ранджит Сингху. Англичане, оккупировав Пенджаб в 1849 г., захватили этот алмаз, Восточно-Индийская компания преподнесла его в дар королеве Виктории).

В 1310–1311 гг. состоялся третий поход Малик Кафура на юг Индии – в царства Хойсалов и Пандиев. Кафур дошел до Рамешварама. Теперь почти вся Индия принадлежала султану Дели.

Третья династия Делийского султаната – династия Туглаков – правила с 1320 по 1413 г. Первый султан этой династии, Гийяс-ад-дин (правил 1320–1325), рядом со старым Дели возвел собственную крепость, назвав ее Туглакабад. В 1324 г. он предпринял успешный поход в Бенгалию, но по дороге домой был коварно убит своим сыном Джауна-ханом. Для приема султана был сооружен специальный павильон, устроенный так, что из-за прикосновения к одному из столбов он разрушался. Усадив отца в павильон, сын устроил шествие слонов вокруг. Один из слонов задел столб павильона, и тот обрушился, завалив султана. Новым правителем стал Джауна-хан под именем Мухаммад Туглак (правил 1325–1351).

Правление Мухаммада Туглака изобиловало нетрадиционными решениями и значительными свершениями. Подавив восстания в начале своего правления, он решил перенести столицу в географический центр своих владений – Девагири, переименовав его в Доулатабад. В 1326 г. жителям Дели было приказано переехать в новую столицу, но через несколько лет Дели вернул себе статус столицы султаната. Проблему бедности Туглак пытался решить оригинальным способом: стал выпускать медные и бронзовые монеты, по номиналу равные серебряным и золотым. Качество государственных монет было таково, что при наличии металла любой мог начеканить сколько угодно монет. По словам хрониста, каждый дом превратился в монетный двор. Люди стремились расплачиваться медными монетами, а золото и серебро припрятывать. Торговля была полностью парализована. Султану пришлось выкупать у населения медные монеты за золотые и серебряные.

После смерти Мухаммада Туглака в 1351 г. султаном стал его двоюродный брат Фироз шах Туглак, правивший до 1388 г.

В декабре 1398 г. Тамерлан (Тимур) разгромил армию султана Насир-ад-дина Махмуда Туглака и занял Дели. Он обещал не трогать жителей, но его воины стали грабить и издеваться над ними. Жители восстали, но восстание было подавлено так жестоко, что из голов погибших складывали пирамиды. В марте 1399 г. Тимур ушел из Северной Индии, оставив ее полностью разоренной. Махмуд не смог восстановить империю.

После смерти Махмуда (1413) династия Туглаков пресеклась. Власть захватил Хизр-хан, который претендовал на статус сайидов, то есть на происхождение от пророка Мухаммада. Он не принял титул султана, а считал себя наместником Шахруха, сына и преемника Тимура. Династия Сайидов правила в Дели с 1414 по 1451 г.

В 1451 г. делийский престол захватил пуштун Бахлул Лоди. Афганские вожди из его окружения считали себя не ниже султана по знатности. Приемы при дворе стали напоминать племенные советы. Султан никогда не сидел на троне и не позволял своим вельможам стоять. Такая тактика обеспечивала единство афганской знати, что позволило Бахлулу удержаться у власти и передать ее своему сыну, принявшему имя Сикандара-шаха. Династия Лоди правила в Дели с 1451 по 1526 г. Сикандар Лоди (правил 1489–1517) стал одним из выдающихся правителей этой династии. Именно он в 1504 г. основал Агру, ставшую впоследствии одной из столиц Индии.

Весной 1526 г. армия Захир-ад-дина Бабура (1483–1530), правителя соседнего государства со столицей в Кабуле и потомка Тимура, вторглась в Пенджаб, а затем двинулась на Дели. Этот поход Бабур предпринял фактически по приглашению делийской знати, недовольной султаном Ибрахимом Лоди. По крайней мере, так он говорил своим военачальникам, убеждая их, что в Дели он не задержится. Но у Бабура были далеко идущие планы. Внук Бахлала Лоди уже не делал различия между сановниками своего и чужих племен и не выказывал должного уважения к афганским эмирам. Более того, он покусился на владения вассалов, полученные ими по наследству. 21 апреля 1526 г. состоялось решающее сражение при Панипате. Армия султана Дели Ибрахима Лоди была полностью уничтожена, а Бабур занял Дели и Агру. Победа Бабура позволила основать в Индии династию, которая в документах получила название Великих Моголов.

После смерти Бабура в 1530 г. с ролью правителя справлялся его сын и преемник Хумаюн. Возможно, ему удалось бы удержать власть в Дели, если бы не энергичный и амбициозный враг – вассальный правитель Бихара Фарид-хан из пуштунского рода Сур. 27 июня 1539 г. сражение близ Буксара закончилось полным поражением Хумаюна. Фарид короновался как правитель Восточной Индии и принял титул Шер-хана. Династия Сур правила в Дели с 1539 по 1555 г. В 1555 г. Хумаюн вернул себе власть в Дели, но через год, по трагической случайности, скончался.

После смерти Хумаюна его сын Акбар (правил 1556–1605) и внук Джахангир (правил 1605–1627) правили империей из Агры. Дели в это время превратился во второстепенный город.

В 1628 г. к власти пришел император Шах Джахан. В 1638 г. он перенес столицу из Агры в Дели и заложил фундамент нового города – Шахджаханабада, обосновав свои действия изнуряющей агрской жарой. Любопытный факт: в свое время султан Сикандер Лоди посчитал, что в Дели слишком жарко, и перенес на некоторое время свою столицу в Агру.