В России было известно, что Клингер — писатель «бурных стремлений», и уже одного этого было достаточно, чтобы вызвать недоверие к нему со стороны представителей реакционной общественности. Его независимое поведение и активный протест против крепостничества и власти церкви, содержавшиеся в его произведениях, создали ему много врагов среди русских реакционеров.

Интересен разговор, характеризующий отношение к Клингеру в кругах придворного общества, который приводит в своей книге о России немецкая писательница Фанни Тарнов, два года прожившая в Петербурге. Тарнов пишет: «Одна светская петербургская дама с благонравным ужасом заявила мне, что она не прочла ни одной строчки, написанной Клингером. Его произведения считаются богохульными и пользуются слишком дурной славой, чтобы она отважилась их прочитать».

Не удивительно, что Клингеру приходилось постоянно сталкиваться с сопротивлением и происками врагов, не останавливавшихся в ряде случаев перед прямыми доносами царю. Так, в 1811 году министр просвещения граф Разумовский получил от попечителя Московского учебного округа П. И. Голенищева-Кутузова донесение о том, что лифляндские дворяне очень недовольны Дерптским университетом, потому что попечитель его — «человек дурных правил, злобный и безбожный», по указанию которого профессора стремятся «религию, яко предрассудок, истребить».

Клингер отлично понимал, какая обстановка его окружает, и был полон решимости ни в чем не отступать От своих принципов. Об этом свидетельствуют его «Наблюдения и размышления над различными явлениями жизни и литературы» («Betrachtungen und Gedanken "uber verschiedene Gegenst"ande der Welt und Literatur»). «Слуге государства, стоящему на ответственном посту и строго выполняющему свой долг, надобно больше мужества, чем великим героям древности и современности, — пишет он. — Стоя во главе войска, они воочию видели (или видят) своих врагов, — он же борется против армии, которая нападает из темноты, пользуясь хитростью и происками. Каждая победа, которую одерживает такой человек, умножает число его врагов, в то время как каждая победа героя уменьшает их число».

В архиве министерства просвещения хранится несколько дел, в которых Клингеру указывалось на неуместность его ходатайства об издании той или иной книги. Так, например, одно из них содержит документы, касающиеся жалобы Дерптского университета на запрещение Лифлялдским губернским правлением книги «О положении крестьян в Лифляндии и Эстляндии» («Yon dem Zustande der Bauern in Liv-und Estland»). Автор этой книги Густав Эверс, описывая бедственное положение крепостного крестьянства в Прибалтике, резко обличал крепостное право и требовал его отмены. Совершенно понятно поэтому, что министр просвещения Завадовский ответил Клингеру, что «губернское правление благоразумно поступило», поскольку «университетская цензура сама должна была бы не выпускать в печать такого сочинения, в коем ощутительно кинуты семена к народному вознегодованию о своем состоянии». Министр указал Клингеру на «неуместность его ходатайства об издании, противном уставу цензуры».

Итак, александровский вельможа, генерал-майор (а с 1811 года — генерал-лейтенант) Федор Иванович Клингер в своей служебной деятельности продолжал руководствоваться принципами безбожного, вольнодумного писателя Фридриха Максимилиана Клингера, прозванного у себя на родине «немецким Вольтером».

В 1798 году вышел последний законченный Клингером роман «Светский человек и поэт» («Der Weltmann und der Dichter»). В 1803, 1804 и 1805 годах были опубликованы три тома его «Наблюдений и размышлений». После этого Клипгер умолкает.

Сейчас уже не представляется возможным выяснить, продолжал ли Клингер писать и в последующие двадцать семь лет своей жизни. Трудно предположить, чтобы писатель, для которого художественное творчество так много значило, находясь в зените своей творческой зрелости, отложил в сторону перо. Но Клингер никогда уже больше ничего не печатал. В письмах к друзьям он говорил, что навсегда порвал с читающей публикой.

Он принял меры к тому, чтобы этот разрыв был окончательным. Выполняя последнюю волю писателя, его вдова Елизавета Александровна Алексеева-Клингер предала огню весь личный архив мужа, в том числе и всю его обширную переписку.

Все более настойчивыми становились сомнения Клингера в искренности политики Александра. Уже в «Наблюдениях и размышлениях» есть запись, свидетельствующая о том, что к писателю пришло ясное понимание политической обстановки:

«Все для глаза, все для уха! Для первого — роскошные церемонии, для второго — звучные слова без политического смысла. А для языка — решетка, для ума — грозный, страшный надсмотрщик».

С годами реакционная сущность политики Александра, которую он в начале своего царствования прикрывал либеральными жестами, становилась все более явной. В 1814–1815 годах Александр перешел к открытой реакции и провел ряд мероприятий, одним из которых было слияние в 1816 году двух министерств: министерства духовных дел и министерства просвещения, что, по существу, означало полное подчинение второго первому. Во главе объединенного министерства был поставлен мистик и пиетист князь Голицын, личный друг Александра. Клингер был отстранен от должности. По этому поводу Карамзин писал И. И. Дмитриеву:

«Объединение двух министерств последовало с тем намерением, чтобы мирское просвещение сделать христианским. Отныне кураторами будут люди известного благочестия. Клингер уволен, мне сказывали, что он считается вольномыслящим».

За отстранением от кураторства последовало освобождение Клингера и от всех остальных должностей. В 1820 году он был окончательно уволен в отставку.

С этих пор писатель уже нигде не бывает и долгие годы живет очень замкнуто, встречаясь лишь с немногими друзьями. Ближайшим из них был скромный пастор Муральт, оставивший интересные воспоминания о Клингере, в которых он с глубоким уважением отзывается о высоких нравственных достоинствах писателя, хотя и сетует на свободомыслие своего друга в вопросах веры и религии.