Если Иоанн принял под свою защиту «долгих братьев», этих проклятых еретиков, последователей осужденного церковью Оригена, значит, он и сам оригенист и как последователь еретика недостоин занимать престола столицы! И вот этот интриган, «умевший хитро составляти лжу», начал действовать в этом направлении с изумительной ловкостью. Посредством своих агентов усиливая ряды врагов Иоанна в столице, он сумел даже восстановить против него такого знаменитого и всеми уважаемого святителя, как св. Епифаний Кипрский.

Зная всю православную ревность этого святителя, который неутомимо боролся с заблуждениями Оригена, Феофил коварно внушил ему, что православию грозит страшная опасность, так как зловредная ересь Оригена проникла в самое сердце церкви и воссела на константинопольском престоле — в лице архиепископа Иоанна! Простосердечный старец-святитель пришел в ужас и, несмотря на свой глубоко преклонный возраст, счел своей обязанностью отправиться в Константинополь, чтобы искоренить ересь. К несчастью, он даже не счел нужным подвергнуть дело обстоятельному расследованию чрез братское собеседование с Иоанном, а прямо считав его зараженным ересью, хоть и не вступил в обычное с ним общение, отслужил литургию в одной из находящихся неподалеку от столицы церквей и даже совершил рукоположение в диакона, не испросив на то соизволения местного епископа, как это требовалось каноническими правилами. Принятый с необычайными почестями при дворе со стороны императрицы, Епифаний поселился в частном доме и, не сносясь с Иоанном, порешил сразу при торжественном богослужении в соборной церкви архиепископа совершить великое отлучение над всеми приверженцами Оригена, в том числе прикровенно и над самим Иоанном. Видя все это, св. Иоанн скорбел душой и старался всячески успокоить старца, разъясняя ему, как неблагоразумно совершать столь великое дело, как отлучение, не подвергнув тщательному соборному исследованию самой основательности обвинения. Епифаний действительно заколебался, тем более что от весьма многих он стал слышать совершенно иные отзывы об Иоанне, как человеке глубокой веры, великой добродетели и беспорочной жизни, и недоумевал, что же все это значит.

Тогда на сцену выступила сама императрица и вновь настроила Епифания против неприятного ей Иоанна. Еще раньше недовольная архиепископом за беспощадные обличения светской пустоты, порочности и алчности высших классов столицы, она как раз в это время была особенно раздражена против него по случаю неудавшийся попытки ограбить одну беззащитную вдову. Позавидовав ее винограднику, Евдоксия, подобно нечестивой Иезавели, порешила овладеть им и действительно уже наложила на него руку; но вдова со слезами обратилась к защите архиепископа, и он, подобно Илие, бесстрашно выступил против алчности царицы, лично явился во дворец с ходатайством за обиженную вдовицу, и, когда императрица, не вняв его ходатайству, даже велела грубо удалить его из палаты, святой Иоанн запретил ей доступ в церковь, а сам произнес беседу об Илие и Иезавели. Эта беседа произвела громадное впечатление на народ, который не преминул истолковать ее в том смысле, что под Иезавелъю разумеется не кто иная, как царица Евдоксия, и когда доносчики поспешили довести это до сведения императрицы, ярости ее не было пределов. Она порешила уничтожить ненавистного ей Иоанна. Призвав к себе Епифания, она стала и лестью и угрозами убеждать его, чтобы он принял какие-нибудь меры к осуждению Иоанна как еретика и потому недостойного занимать архиепископский престол. Когда Епифаний стал возражать ей, что не следует давать волю своему гневу и нужно предварительно исследовать дело, то Евдоксия, вне себя от ярости и раздражения, стала даже угрожать тем, что, если он воспрепятствует изгнанию Иоанна, то она сама отречется от христианства, отворит все языческие капища, совратит многих и причинит всевозможные бедствия церкви. Епифаний подивился такой злобе царицы и, опасаясь, как бы она действительно не наделала бед, счел за лучшее уклониться от этого дела и без дальнейшего расследования предмета отправился в свою епархию, на пути в которую и скончался.

За всеми этими событиями зорко следил Феофил александрийский, а его агенты подкупом и наговорами усиливали и раздували вражду против Иоанна. С особенным торжеством он видел, что во главе этой вражды стала сама императрица, которая для достижения своих целей не пренебрегала никакими средствами. Дворец ее сделался открытым для всех врагов и клеветников на святителя, и в ее палатах собирались все те великосветские Иезавели, которые считали себя оскорбленными Иоанном, так беспощадно изобличавшим их низкое лицемерие, наглую хищность, безумную роскошь и нравственную распущенность, и в их тайных совещаниях строились козни против святителя и сочинялись самая оскорбительная для него клевета и грязные наветы.

Обо всем этом знал и император Аркадий. Лично он уважал и любил великого святителя и в душе горевал о вздымавшейся против него злобе. Но он был слаб и нерешителен, и, зная злой, неукротимый нрав царицы, предпочитал молчать, как будто ничего не ведая. Все это было на руку Феофилу, и он, наконец убедившись в том, что почва подготовлена, порешил отправиться в Константинополь, но уже не как подсудимый, а как судия, порешивший так или иначе погубить ненавистного ему архиепископа.

В этом убеждении он окончательно утвердился, когда получил от самой Евдоксии письмо, в котором она просила его немедленно прибыть в Константинополь и ничего не бояться.

«Я, — писала она, — упрошу и царя о тебе, и всем твоим противникам загражду уста, только немедленно приходи, собери возможно больше епископов, чтобы изгнать врага моего Иоанна».

Теперь Феофил мог уже быть вполне спокоен за успех своего дела, и он отправился в столицу с целой флотилией, нагруженной разными драгоценностями: индийскими ароматами, великолепными плодами и овощами, дорогими египетскими материями — шелковыми и златотканными, — и все это для того, чтобы блеснуть своим богатством в столице и подарками подкупить в свою пользу возможно больше влиятельных лиц. Со своей флотилией Феофил прибыл в Константинополь в августе 403 года и на пристани был восторженно встречен большой сворой своих агентов и подкупленного ими разного уличного сброда. Император, узнав о его прибытии, не хотел принять его, смотря на него как на подсудимого; зато Евдоксия рассыпалась пред ним в знаках уважения и, принимая его тайно в своих палатах, торопила поскорее приступить к делу. По ее настоянию Феофил порешил созвать собор для суда над Иоанном, и так как в столице этот беззаконный суд чинить было неудобно и небезопасно, то местом его был избран Халкидон, находившийся по другую сторону пролива, на азиатском берегу, тем более что и епископом Халкидона был некий Кирин, египтянин, соумышленник и даже родственник Феофила. Так как у Феофила наготове был и необходимый для собора запас епископов, отчасти привезенных им из Египта, а отчасти захваченных по пути и прельщенных подарками и, во всяком случае, послушных и преданных ему, то действительно и открыт был собор в загородном помещении, в предместье Халкидона, известном под названием «При дубе».

Собор составился из 23 епископов, и это незаконное сборище, открывшее двери всем клеветникам и недоброжелателям Иоанна, начало производить суд над святейшим архиепископом, златословесным учителем вселенной! Выслушав показания разных проходимцев, отрешенных от должности диаконов и расстриженных монахов, изливавших свою злобу на подвергшего их заслуженной каре святителя, собор составил обвинительный акт в 29 пунктов и потребовал от Иоанна, чтобы он явился для ответа.

Иоанн с горечью видел, что злоба его врагов начала увенчиваться успехом, и простодушно удивлялся, как все это могло случиться и как Феофил, сам вызванный в качестве обвиняемого, успел так скоро изменить положение дела и сам выступал обвинителем и судьей. Собрав вокруг себя преданных ему епископов в числе сорока, он обратился к ним с трогательной речью: «Молите Бога о мне, братие, — говорил он, — и если любите Христа, не отходите от церквей ваших; для меня уже приблизилось время бед, и, приняв много скорбей, я должен отойти из жизни сей. Вижу, что сатана, не вынося моего учения, созвал уже против меня соборище. Но вы не скорбите обо мне, но поминайте меня в молитвах ваших». Эта глубоко трогательная речь привела всех в ужас, и они заплакали.

Утешив их, Иоанн выработал план действия и, полный сознания своей правоты, порешил не признавать законности и правоспособности придубского собора и, несмотря на неоднократный вызов его на этот собор в качестве обвиняемого, отказался явиться на него. Разъяренные этим отказом, члены придубского собора даже избили посланных им с ответом епископов и пресвитеров, ввергнув одного из них в железные кандалы, уже заготовленные для Иоанна, и затем, подкрепив себя новыми лжесвидетелями, продолжали заочно судить ни в чем не повинного и чистого сердцем святителя.