Одним из главных требований католических князей являлось возвращение секуляризованных в 1555 г. церковных имуществ. В свою очередь протестанты заявляли о недопустимости нарушений Аугсбургского мира. В такой накаленной атмосфере в начале 1608 г. в Регенсбурге собрался рейхстаг. Проблема религиозного мира вообще и вопрос о Донауверте в частности сразу же оказались в центре внимания. На рейхстаге обозначились полярные позиции Пфальца и его кальвинистских союзников и Баварии во главе с Максимилианом, который стал общепринятым лидером католицизма. Все попытки посредничества оказались тщетными. В итоге принятие решений сделалось невозможным, и рейхстаг был распущен. Так распался последний конституционный и авторитетный орган Империи, исчез последний инструмент к достижению стабильности и согласия. В свою очередь католики и протестанты были обречены на создание собственных альтернативных структур. В 16081609 гг. возникли Евангелическая Уния и Католическая Лига. Они представляли собой военно-политические союзы. Попытка императора Матфея (1612–1619) в 1613 г. реанимировать рейхстаг закончилась провалом, поскольку натолкнулась на клубок непримиримых противоречий.

В происхождении войны немалую роль сыграли также материальные и политические расчеты, когда во имя территориальных приращений немецкие князья шли, например, на смену вероисповедания. Так случилось во время дележа «при-рейнского наследства» (так называемый спор из-за герцогства Юлих-Клеве-Берг). При этом его поделили при участии Англии и Франции, а курфюршество Бранденбург сумело в 1614 г. в качестве польского лена присоединить герцогство Пруссия. Таким образом, назревающее военное столкновение предвещало выйти за рамки территории Империи и стать международной войной. Но главное противоречие состояло в борьбе за европейское лидерство, которая происходила прежде всего в форме противоборства между коалицией испанских и австрийских Габсбургов, хранивших несмотря ни на что верность династическому принципу, и Францией. Другими участниками этого конфликта были Республика Соединенных провинций, Дания и Швеция, для которых Евангелическая Уния была естественным союзником. Голландия продолжала борьбу с Испанией, а протестантские королевства севера опасались усиления роли Габсбургов на северных морских путях и в Северной Германии. Кроме того, датский король был герцогом Шлезвига и Гольштейна, входивших в Империю, и не желал укрепления власти императора.

В годы правления императора Матфея авторитет короны не был восстановлен. Рейхстаг был парализован конфессиональным конфликтом. Лидеры высшего дворянства могли бы решать вопросы на княжеских и курфюршеских съездах, но они оказались не готовы к компромиссам. Эскалацию кризиса отчасти сдерживали внутренние противоречия в союзах. Уния, расширяя контакты с иноземными дружественными державами, становилась все более рыхлой. Она была охвачена спорами вокруг финансирования армии и борьбой за лидерство, на которое все настойчивее претендовал Пфальц. Слабая финансовая и военная стороны Унии серьезно снижали ее вес во внутриимперской борьбе.

Католическая Лига, защищая интересы своих субъектов, подтачивала компромисс Аугсбургской системы. Так же как и Уния, она страдала серьезными внутренними противоречиями: ее ослабляло соперничество Габсбургов и Виттельсбахов (Бавария) по вопросу руководства союзом. В конце концов, Габсбурги уступили Виттельсбахам. К серьезной эрозии союзной структуры эти разногласия не привели, так как большинство католических правителей и прелатов рассматривали ее как защитницу их религиозных и территориальных интересов. Прочная финансовая и военная организация Лиги позволяла ей быть эффективной величиной.

Рост напряженности отразился и на общественном сознании, следствием чего стал общий дух конфронтации, религиозной нетерпимости, повышенной конфликтности. Это ярко проявилось в литературной полемике, которая достигла пика в 1617 г. в столетнюю годовщину Реформации Лютера. Наиболее известными полемистами были дрезденец Гоэ фон Гоэннег и иезуит Адам Концен, которые спорили по вопросу о значении Реформации.

Поводом к войне стали события в Богемии. Именно здесь столкнулись консолидированные силы протестантов в лице «богемских братьев», утраквистов и лютеран с католиками, чья активность возросла после поддержки в 1617 г. испанскими Габсбургами воспитанника иезуитов Фердинанда Штирийского на троны Чехии, Венгрии и Империи. Фердинанд II (1613–1637) как законный государь Богемии имел право на определение конфессиональной принадлежности своих подданных, поэтому его наместники распорядились о сносе и закрытии там двух протестантских церквей. С другой стороны, это находилось в противоречии с «грамотой величества» 1609 г., гарантировавшей религиозные и политические права чехов. Столкновение двух норм создавало безвыходную ситуацию.

23 мая 1618 г. в Праге вспыхнуло восстание, положившее начало Тридцатилетней войне. Вооруженная толпа, ворвавшись в королевский дворец Пражского города, выбросила из окна двух членов назначенного Габсбургами правительства и их секретаря. Этот акт «дефенестрации» был воспринят в Чехии как знак разрыва с Австрией. Вся полнота власти перешла к тридцати директорам («богемская директория»). Ключевой фигурой среди них стал Генрих Матфей Турн. Армия восставших провела ряд успешных военных операций в северной Австрии и под Веной. Чешский сейм отказался признать права Фердинанда на чешскую корону и избрал королем главу Евангелической Унии курфюрста-кальвиниста Фридриха Пфальцского. В 1619 г. он был коронован и поселился в Праге. Пражское восстание приобрело характер общеимперского кризиса. Однако Фридрих Пфальцский не предоставил в распоряжение восставших ни больших денег, ни войск. То, что они смогли продержаться до 1620 г., объясняется прежде всего слабостью императора Фердинанда.

К середине 1620 г. католики получили достаточно денежных средств и добились единства действий. В ноябре 1620 г. армия восставших чехов была разбита на Белой Горе. Потеряв Прагу, Фридрих бежал в Голландию. Его генералы вынуждены были самостоятельно защищаться в Пфальце, сдав вскоре все крупные крепости на реке Неккар, включая Гейдельберг и Маннгейм. Весной 1623 г. весь Пфальц находился в руках сил Католической Лиги и помогавших ей испанцев.

Победа над Пфальцем значительно усилила военную и политическую мощь Католической Лиги. Фердинанд был вынужден все в большей степени считаться с мнением ее лидеров. Богемия подверглась рекатолизации. Несколько позже в 1627 г. была отменена и «Грамота величества», после чего Чехия лишилась всех прежних имперских привилегий. В феврале 1623 г. Фердинанд распространил имперскую инвеституру Максимилиана Баварского на Верхний Пфальц и позволил католическим силам во главе с Тилли занять часть нижненемецких протестантских территорий. Угроза католического реванша в рамках всей Империи привела к консолидаци протестантских сил в Северной Германии и вызвала обеспокоенность Дании, Англии и Республики Соединенных провинций.

С 1625 г. начался второй этап Тридцатилетней войны, получивший название «датского». Король Дании Кристиан IV, пользующийся поддержкой Англии и Республики Соединенных провинций, возглавил коалицию северо-германских князей. Ему противостояла имперская армия во главе с талантливым стратегом, организатором и одновременно ловким, изворотливым и циничным человеком, владельцем большей части земель в северо-восточной Чехии Альбрехтом Валленштейном (1583–1634). Валленштейн помог императору Фердинанду и в решении финансовых проблем, предложив содержать огромную армию за счет высоких контрибуций, взимаемых с населения. К 1630 г. численность имперской армии превысила 90 тыс. человек. Валленштейн нанес датчанам ряд сокрушительных поражений на севере Германии, установив контроль над всей Северной Германией, Померанией и Мекленбургом.