Рейд Валенштейна на Ютландский полуостров в 1627 г. заставил датского короля просить мира. Мирный договор был подписан в 1629 г. в Любеке.

Однако блистательные победы умножали противоречия в лагере католиков. После распада рейхстага единственным представительным органом сословий стали поощряемые императором съезды курфюрстов. Однако и этот орган быстро утратил эффективность. Валленштейн за свои военные успехи получил целое княжество – герцогство Мекленбургское, став имперским князем. В его лице создавалась новая фракция имперских князей. Максимилиан Баварский, возглавлявший Католическую Лигу, очень ревниво относился к усилению политического влияния императора. Он не скрывал нетерпимого отношения к наличию у императора собственных вооруженных сил, а в даровании Валленштейну мекленбургских земель без созыва рейхстага видел угрозу вековому правопорядку Империи.

В этих условиях император Фердинанд стал поддерживать наиболее радикальные католические круги, требующие возвращения всех земель, отнятых протестантами после 1552 г. В 1629 г. был принят Реституционный эдикт, фактически вернувший Германию к ситуации Аугсбургского мира 1555 г. Это вызвало возмущение протестантов, так как они в результате реализации эдикта потеряли бы земли двух архиепископств, двенадцати епископств, ряда монастырей и аббатств. Обеспокоенность просматривалась и в габсбургском лагере. Программа реставрации католицизма при решающей поддержке короны вызвала острое столкновение сословий. На курфюршеский съезд в Регенсбурге (1630) не явились курфюрсты Саксонии и Бранденбурга – традиционные партнеры Габсбургов, что было прямым вызовом политике Фердинанда. Главную роль на съезде играл баварский герцог, объединивший оппозиционных князей. Под их натиском император пошел на уступки, отправив в отставку Валленштейна, упразднив как самостоятельную единицу имперскую армию и распустив ее на три четверти. Мир внутри Империи был спасен, но ценой почти полной ликвидации всех завоеваний.

Третий этап Тридцатилетней войны (1630–1635) вошел в историю как «шведский». В условиях непримиримого конфликта радикалов из католического и протестантского лагерей Империя стала открытой для вмешательства иностранных держав, в первую очередь Швеции. Король Густав Адольф стремился укрепить военное присутствие Швеции на южном побережье Балтийского моря исходя из геополитических и экономических интересов, а также испытывая тревогу за судьбы евангелического вероисповедания в Германии. Армия Густава Адольфа выгодно отличалась организованностью, высоким боевым и моральным духом, к тому же она не была наемной: в ней служили в основном лично свободные крестьяне – военнообязанные. Шведский король серьезно улучшил вооружение своей армии (широко применялось огнестрельное оружие, скорострельные пушки) и организацию пехоты и конницы.

После разрушения Магдебурга в мае 1631 г. армией Католической Лиги и вторжения Тилли в Саксонию бранденбургский и саксонский курфюрсты заключили союз со шведской короной. Распалось единство сословной элиты. Лидером анти-протестантского блока стал Максимилиан Баварский, а император, лишенный собственной армии, оказался в полуизоляции.

17 сентября 1631 г. протестанты одержали блестящую победу у Брейтенфельда, которая привела к решительным переменам. Армия Лиги во главе с Тилли была уничтожена, шведы и союзные им войска вторглись в Центральную Германию, заняв Тюрингию, Франконию, Франкфурт-на-Майне, и в Богемию, оккупировав Прагу и дойдя до берегов Дуная. В мае 1632 г. они захватили Мюнхен. Армия Лиги потерпела полную катастрофу. К тому времени Германия была уже полностью разорена войной.

В этих условиях император вновь взял инициативу в свои руки, приступив к созданию новой имперской армии во главе с Валленштейном. В августе 1632 г. генералиссимус Валленштейн с успехом отбил наступление шведской армии под Нюрнбергом. 16 ноября 1632 г. произошла генеральная встреча шведских и имперских сил близ Лютцена (к юго-западу от Лейпцига). Шведы одержали победу и заставили Валленштейна отойти в Чехию. Но победа была омрачена гибелью шведского короля.

Наступила неизбежная пауза, необходимая для реорганизации протестантских сил, которые возглавил преемник Густава Адольфа шведский канцлер Аксель Оксенштирн. При его активном участии в 1633 г. был организован Гейльброннский военный союз, объединивший евангелические и реформатские чины Империи со Швецией. Швеция теперь рассматривалась не только как гарант интересов протестантов, но и как своеобразный суверен над союзными имперскими чинами. Швеция приступила к демонтажу базовых ленно-правовых основ на подконтрольных ей территориях. Гейльброннский союз начал угрожать целостности Империи, а война окончательно приобрела общеевропейский характер.

Император Фердинанд попытался восстановить свой авторитет с помощью решающей военной победы. С этой целью он предпринял кадровые перестановки, отстранив от командования Валленштейна, который, по его мнению, стал проявлять излишнюю самостоятельность, ведя подозрительные переговоры со Швецией, Францией и Саксонией. В начале 1634 г. Валленштейн был убит в крепости Эгер. Армию возглавили итальянские дворяне Матфей Галлас и Оттавио Пикколомини. Для укрепления своих позиций император предпринял шаги по сближению с Испанией.

Среди участников Гейльброннского союза, напротив, наметился разлад. Саксонский и бранденбургский курфюрсты были недовольны наметившейся гегемонией Швеции и стремились дистанцироваться от нее, проявив готовность к союзу с императором. В сентябре 1634 г. протестанты потерпели поражение под Нордлингеном. Имперские войска быстро захватили Швабию, Франконию, и районы на правом берегу Рейна. Гейльброннский союз окончательно распался. Новую политическую ситуацию закрепил Пражский мир (1635). Император отказался от проведения в жизнь Реституционного эдикта в Саксонии в течение 40 лет (это правило должно было распространиться и на другие княжества, присоединившиеся к Пражскому миру). Предусматривался роспуск всех союзов на территории Империи. Все участники Пражского соглашения обязывались объединить свои воинские контингенты с союзной армией. Создавалось единое командование во главе с Максимилианом Баварским и саксонским курфюрстом. Таким образом, Пражский мир снял противоречия между саксонскими Веттинами, баварскими Виттельсбахами и австрийскими Габсбургами. Но он так и не стал общеимперским, поскольку его условия не распространялись на кальвинистские чины Империи.

Четвертый («франко-шведский») этап войны начался в 1635 г. Вовлечение Франции в конфликт не стало неожиданностью. Союзниками католического Парижа стали Швеция и имперские сословия, не признавшие Пражский мир. Франция стремилась ослабить как австрийских, так и испанских Габсбургов. Для самой Германии все это означало большую трагедию для населения южных и западных земель, ставших главным театром военных действий.

Вплоть до 1640 г. война велась с переменным успехом. Но в конце 30-х годов наметился распад Пражской системы. Ее военные ресурсы были на исходе. Наметился новый расклад политических сил. Новый император Фердинанд III (1637–1657) был чужд агрессивному католицизму, склонен к компромиссам во имя прекращения страшных опустошений в Империи. Недоволен затянувшейся войной был и новый курфюрст Бранденбурга Фридрих Вильгельм (1640–1688), так как большая часть земель Гогенцоллернов была опустошена. В 1640 г. Бранденбург вышел из числа союзников императора.