Поскольку речь шла о полиграфической промышленности, то следователи придумали и использование типографии для печатания документов для правотроцкистской организации по заданию Томского. Эта задача возлагалась на Н.М. Пахнова, директора типографии «Печатный двор».

Был репрессирован и сын Томского М. М. Томский-Ефремов, работавший слесарем на заводе «Геомашина» (ЦА ФСБ России. АСД Р-9869).

Число арестов в Наркомводе возросло сразу после того, как нарком внутренних дел Ежов в начале апреля 1938 г. был назначен по совместительству наркомом водного транспорта СССР. Руководство наркомата обсуждало решения партии и правительства по вопросам, касавшимся их ведомства. По словам бывшего начальника Политуправления Народного комиссариата водного транспорта СССР Старостина, они, в том числе и нарком Пахомов, резко критиковали в своем кругу теорию «предела», т. е. обвинения в недостаточном использовании технических возможностей транспорта. Они считали, что эта теория была придумана высшим руководством страны для объяснения провалов и одновременного усиления эксплуатации работников транспорта. Также, по их мнению, нельзя было сравнивать железнодорожный и водный транспорты, поскольку последний во многом зависит от погодных условий (ЦА ФСБ России. АСД Р-23523. Т. 1. JI. 138–142).

За недостатки в работе водного транспорта должны были ответить руководители отрасли. В августе 1937 г. был арестован заместитель наркома водного транспорта Э.Ф. Розенталь (см. Док. № 13). Его деятельность следователи связали с начальниками Северного и Южного центральных управлений морского флота Л.Ф. Манциводо и Нечупиенко, которые были арестованы в ходе плановой кампании по искоренению «вредительства» в соответствии с решениями февральско-мартовского (1937 г.) Пленума ЦК ВКП(б). Розенталь обвинялся во вредительской работе и недостаточном развитии судоремонтной базы. Для окончания постройки Канонерского завода в Ленинграде требовалось 25 млн рублей, а было выделено 5. Для Дальневосточного завода № 1 вместо 30 млн рублей наркомат перечислил 4,5. Розенталь был причислен и к членам латышской антисоветской организации ЦА (ЦА ФСБ России. АСД Р-4662).

Суда находились в ремонте длительный период. Приводился пример с судами Каспийского пароходства «Багиров» и «Тельман», ремонтировавшимися с 1932 г. Недостаточное развитие портового хозяйства привело к тому, что огромное количество недостаточно грузоподъемных нефтеналивных судов скопилось у Махачкалы и они долго не разгружались. В итоге не было завезено около 500 тыс. тонн нефти для переработки. Такая ситуация объективно объяснялась руководителями Наркомвода ограниченными средствами, выделяемыми на строительство ремзаводов и ремонт судов.

В период активизации преследований бывших троцкистов и членов небольшевистских партий в ноябре 1936 г. был арестован начальник группы эксплуатации НКвода И.А. Сергеев. С 1901 по 1918 г. он был членом меньшевистского крыла социал-демократической партии. Он достаточно критично оценивал советскую действительность, отмечая, что за 17 лет мало сделано для нормальной жизни людей. Процесс 1936 г. он рассматривал в качестве прикрытия негодной политики Сталина, осуждал отсутствие демократии в стране, невозможности высказать свое мнение. В марте 1937 г. под давлением следователей он начал давать показания о якобы участниках заговорщической организации.

Руководство Наркомвода обвиняли и в финансировании Троцкого. В 1935 г. советские суда ремонтировались в 6 зарубежных пароходных агентствах (Стокгольм, Гамбург, Роттердам и др.). Была придумана история о том, что определенные скидки за ремонт в размере 6 тысяч гульденов были переданы заместителем начальника Балтийского морского пароходства А.Ф. Петерсоном представителю Седова. Одновременно Петерсон обвинялся в том, что во время шторма в Балтийском море в 1935 г. затонул пароход «Донец» и погибли 31 человек экипажа.

Став наркомом водного транспорта, Ежов сразу дал указание об аресте заместителя наркомвода Г.Г. Кучерова. Это был профессиональный моряк, окончивший в 1913 г. Александровскую морскую школу по специальности «судоводитель». В 1936 г. он участвовал в морской экспедиции по проводу судов из Балтики через Северный морской путь во Владивосток. Летом 1937 г. по предложению предыдущего наркома водного транспорта Пахомова Кучеров был назначен заместителем наркома водного транспорта. Его обвиняли в неудовлетворительном ремонте судов. На Одесском судоремонтном заводе ждали своей очереди более 40 кораблей. Был затянут с 1933 г. ремонт судов, поднятых со дна Черного моря ЭПРОНОМ.

В феврале 1938 г. из-за невозможности доставить горючее для ОКДВА по железной дороге был использован водный транспорт. Но танкер «Союз водников» из-за плохих винтов, не дойдя до Владивостока, потерял лопасти. Пришлось потратить валютные средства на фрахт судна и доставку горючего из Калифорнии.

При обыске в квартире Кучерова было обнаружено письмо с благодарностью от представителя германской компании, осуществлявшей транзит грузов из Германии в Персию. Этот факт был использован для обвинения Кучерова в шпионаже в пользу Германии (ЦА ФСБ России. АСД Р-23543).

Сотрудники органов госбезопасности представили секретной пятерке одно из ответвлений военно-фашистского заговора, якобы существовавшего в Гражданском воздушном флоте. 29 января 1938 г. Ежов подписал санкцию на арест начальника Главного управления Гражданского воздушного флота комкора И.Ф. Ткачева. К этому времени на Ткачева было получено значительное количество показаний, и его арест завершал процесс практически полной смены высшего руководства Гражданского воздушного флота (см. Док. № 10).