То, что церковь выражала интересы правящей верхушки, сказывалось и на белом населении. В то время как зарождавшаяся аристократия оставалась верной англиканству, многие в низших слоях общества начали обращаться к диссидентским движениям. Против них принимались суровые меры, и они сотнями переселялись в соседний католический Мэриленд, где было больше религиозной свободы. В Виргинии появлялись и квакеры, несмотря на принятые против них законы. Джордж Фокс, посетивший колонию в 1762 году, нашел там множество "друзей" и отметил, что хотя наибольшей популярностью движение пользуется среди низших слоев общества, ему симпатизируют и некоторые аристократы. Позднее благодаря усилиям Эс-бери и его проповедников значительных успехов добились методисты, хотя тогда они еще считали себя англиканами.

К югу от Виргинии создавались и другие колонии. Северная Каролина и Южная Каролина, в 1663 году пожалованные от имени монархии группе аристократов и акционеров, развивались медленно. Для ускорения притока иммигрантов владельцы провозгласили религиозную свободу и тем самым привлекли многих диссидентов из Виргинии. По своей структуре общество в Каролине, особенно в Южной, было таким же, как и в Виргинии. Высшие классы принадлежали к Церкви Англии, а многие в низших классах становились либо квакерами, либо баптистами. Но даже среди белого населения большинство имело очень слабые связи с какой бы то ни было церковью.

Образование Джорджии преследовало две цели. Во-первых, остановить испанцев, продвигавшихся на север из своей базы в Сант-Аугустине. Во-вторых, она должна была служить альтернативой долговым тюрьмам. В начале XVIII века в Англии было много религиозно настроенных людей, стремившихся облегчить судьбу неимущих. Среди прочего это движение обращало внимание на тюрьмы, бесчеловечные условия содержания в которых неоднократно вызывали протесты в парламенте. Одним из лидеров этой кампании был известный своими военными подвигами Джеймс Оглторп, решивший основать в Северной Америке колонию, которая служила бы альтернативой тюремному содержанию должников. В 1732 году было получено королевское одобрение, а в следующем году прибыли первые осужденные. К ним вскоре присоединились другие, а также множество беженцев из разных мест, спасавшихся от религиозных преследований. Официальной религией было англиканство, но оно не пользовалось большим влиянием в колонии. Характерным примером стала неудача служителей, отправленных Вес-ли в качестве англиканских пасторов. Некоторого успеха добились моравские братья, хотя их число всегда было небольшим. Наиболее значительным религиозным движением в ранние годы существования колонии был, пожалуй, массовый ответ на проповедь Джорджа Уайтфилда, как это происходило и в Англии. Ко времени своей смерти в 1770 году он оставил значительный отпечаток на религиозной жизни Джорджии. Впоследствии методисты, баптисты и другие пожали то, что посеял он.

Наибольшего влияния пуританство добилось гораздо севернее. В районе, получившем название Новой Англии, было создано несколько колоний с чисто религиозной изначальной мотивацией. Первой из них стала Плимутская колония, основанная группой диссидентов, переехавших из Англии в Нидерланды, а затем решивших организовать в Новом Свете общину, основанную на их религиозных принципах. Они договорились с Виргинской компанией, которая остро нуждалась в поселенцах и среди членов которой влияние пуританства было очень сильным. В результате поселенцы числом в 101 человек поднялись на борт корабля "Мэйфлауэр" и отправились в Новый Свет. Они пристали к берегу гораздо севернее, чем намеревались, далеко от границ Виргинии. Поэтому, прежде чем высадиться, они решили объединиться в политическую организацию под властью короля Англии, но с самоуправлением. В Мэйфлауэрском соглашении они обязались исполнять "справедливые и равные для всех законы", принятые их органом управления. Затем после попытки высадиться на мысе Кейп-Код они обосновались в Плимуте. Первые месяцы жизни новой колонии были трагичными. Разразилась эпидемия, и выжило всего пятьдесят человек. Однако весной индейцы научили поселенцев выращивать кукурузу, и благодаря полученному урожаю, а также охоте и рыбной ловле они собрали достаточно припасов, чтобы перезимовать. Затем они начали обменивать меха на необходимые им продукты из Европы, и колония выжила.

Вскоре после создания этого первого поселения группа английских пуритан, желавших основать в Новом Свете общину, более соответствующую велениям их совести, основала Компанию Массачусетского залива. Дабы избежать чрезмерного вмешательства английских властей, они решили расположить руководящий центр Компании в Новом Свете. Когда все было готово, свыше тысячи поселенцев основали новую колонию. В отличие от плимутских "пилигримов" они были не сепаратистами, а просто пуританами, принадлежавшими к церкви Англии, но желавшими более неукоснительно следовать учениям Нового Завета. В Англии особых надежд на это они не видели, поэтому эмигрировали в Америку, где рассчитывали воплотить свои идеалы в жизнь. Этот проект стал тем более актуальным из-за суровых мер, принимавшихся архиепископом Лодом против пуритан. Во время проводившихся им гонений в Новую Англию бежало около десяти тысяч пуритан, укрепивших колонию Массачусетского залива и создавших новые колонии Коннектикут и Нью-Хейвен.

Карл I готовился принять меры против этих разраставшихся центров пуританства, но оказался втянутым в гражданскую войну, стоившую ему престола и жизни. Однако эта война и победа в ней пуритан приостановили волну эмиграции, так как появилась надежда на создание святого содружества не на далеких берегах неисследованного континента, а в самой Англии. Симпатии колонистов были явно на стороне пуританских повстанцев, но они оставались нейтральными и направляли усилия на расширение своих территорий и развитие общественных учреждений. Поэтому реставрация Стюартов не стала для них таким тяжелым ударом, как для пуритан в Англии. Некоторое время спустя Яков II попытался объединить несколько северных колоний в "Доминион Новая Англия", но его падение положило проекту конец, и колонии вернули многие прежние привилегии, хотя и с новыми структурами управления. Именно в это время была провозглашена веротерпимость, однако произошло это не по просьбе поселенцев, а по решению короля.

В пуританских колониях Новой Англии, к тому времени объединившихся под названиями Массачусетс и Коннектикут, по некоторым вопросам велись богословские споры. Основная трудность заключалась в том, что многие пуритане, сохраняя обычай крещения детей, одновременно настаивали на необходимости опыта обращения, чтобы стать истинным христианином. В чем же тогда смысл крещения? Не лучше ли подождать, когда человек переживет опыт обращения, и уж затем крестить его, как предлагали баптисты? Многие считали это наилучшим решением. Но оно вступало в противоречие с пуританскими целями создания общества, основанного на библейских принципах. Христианское содружество возможно только в том случае, если, как в Древнем Израиле, человек становится его членом от рождения и если рамки гражданских и религиозных общин совпадают. По этой причине "детей Завета" необходимо крестить, как в Древнем Израиле им делали обрезание еще в младенческом возрасте. Но с другой стороны, если членами Завета становятся все крещеные, как же тогда сохранять чистоту жизни и учения? Более того, если младенцев крестить как "детей Завета", что тогда делать с младенцами, родившимися у крещеных родителей, не испытавших опыта обращения? Исходя из этого многие приходили к выводу о существовании "половинчатого Завета", охватывающего крещеных, но необращенных. Их детей надо крестить, так как они остаются детьми Завета. Но полноправными членами церкви, имеющими полномочия участвовать в процессе принятия решений, можно считать только тех, кто пережил опыт обращения. Эта полемика вызвала острые разногласия, и в результате изначальный оптимизм поселенцев померк. Спорили также относительно методов управления церквами и их взаимоотношений. Наконец большинство приняло нечто вроде общинного устава, рамки которого были ограничены необходимостью признания всеми церквами Исповедания веры, представлявшего собой пересмотренный вариант Вестминстерского исповедания, контроль за соблюдением которого возлагался на гражданские власти.

Одним из самых известных эпизодов тех ранних лет был суд над сейлемскими "ведьмами" в Массачусетсе. Ранее в Массачусетсе за колдовство судили и других, в результате чего троих человек повесили. Но в 1692 году на основании малоубедительных свидетельств нескольких девочек поползли слухи, что в Сейлеме пышным цветом расцветает колдовство, и в конечном счете эти слухи вылились в настоящую истерию. Повесили в общей сложности двадцать человек (четырнадцать женщин и шестерых мужчин), и несколько заключенных умерли в тюрьме. Некоторые из них признались, что занимались колдовством, и в надежде сохранить жизнь обвиняли других в подстрекательстве к этому. Обвинения выдвигались в адрес уважаемых священнослужителей, богатых купцов и даже жены губернатора. На этом этапе власти решили, что пора прекратить расследование. Двадцать лет спустя суд Массачусетса постановил, что все эти обвинения были ложными, и распорядился выплатить компенсацию семьям пострадавших.