Поначалу Екатерина обращалась с Марией как с одной из дочерей, однако по мере того, как власть Марии возрастала, росла и враждебность Екатерины, пока восшествие Марии на престол не сделало эту вражду открытой. Марию, конечно, защищали Гизы, но со смертью короля Франциска II и обретением Екатериной прав регентства все изменилось. Теперь Екатерина не желала иметь дело с Марией и совсем уж не хотела опять заполучить ее в невестки. Список возможных претендентов на руку Марии оставался длинным, а его составление диктовалось необходимостью исключительно династического союза.

Пока Мария оплакивала свою утрату, послы сообщали о различных слухах. В Толедо английский посол Чемберлен услышал толки о браке Марии с наследником Филиппа II доном Карлосом Испанским. Ему было пятнадцать лет, он был уродливым горбуном и уже начал проявлять темперамент убийцы, который в конце концов привел его к пожизненному заточению. В феврале 1561 года де Квадра, посол Филиппа II при дворе Елизаветы, сообщал: «Леди Маргарет Леннокс старается женить своего сына, лорда Дарнли, на шотландской королеве и, как я понимаю, имеет надежду на успех. Шотландский парламент решил рекомендовать королеве выйти замуж за графа Аррана, а если она этого не сделает, лишить ее возможности управлять королевством… Все чрезвычайно запутанно». Дарнли в самом деле появился в Орлеане по настоянию своей амбициозной матери, но он находился в конце списка. Молодой Арран был сыном герцога Шательро, но такой брак дал бы дому Хэмилтонов возможность наследовать престол, а к подобной перспективе шотландский парламент относился очень подозрительно. Более того, один намек на него вызвал бы у Елизаветы один из уже ставших знаменитыми приступов гнева. Ведь ей пришлось бы наблюдать, как самая амбициозная и ненадежная из шотландских династий разрушает ее северные границы.

Список продолжался. Франсуа де Гиз, приор ордена рыцарей-иоаннитов, представлял собой слишком тесный союз с кланом Гизов. Эрик XIV — новый король Швеции, был протестантом, но этой проблемой можно было бы пренебречь, если Мария переехала бы в Швецию. Второй из шотландских кандидатов в мужья также был отделен барьером исповедания. Лорд Джеймс Стюарт был сводным братом Марии, но даже если бы удалось решить эту проблему, он все равно оставался лидером протестантских лордов конгрегации и ожесточенным противником матери Марии.

Следуя примеру своей кузины из дома Тюдоров, Мария тянула время, но если бы возникла необходимость, она, как считали все, вышла бы замуж в соответствии с политическими интересами, и даже отвратительного дона Карлоса исключать было нельзя. Все это было непохоже на жизнь зачарованной принцессы, ожидающей своего прекрасного освободителя. Мария училась у Дианы де Пуатье и понимала, что такие романтические идеи — опасная роскошь, тогда как согласие и затягивание дела позволят ей выбрать наиболее удачное для собственных планов время.

Трокмортон отметил, что испанский посол проводил с Марией больше времени, чем это требовали его дипломатические обязанности. Он также счел двор «сильно изменившимся… здесь нет никого из Гизов и очень мало их друзей». Однако за сценой братья Гизы маневрировали, чтобы получить доступ к Екатерине. Она же, слишком мудрая для того, чтобы вызвать их откровенную вражду, держала братьев на расстоянии вытянутой руки. Мария теперь была лишена возможности влиять на двор.

Одной из наиболее очевидных и насущных потребностей Марии было информировать о происходящем и, если возможно, замирить шотландских лордов. В январе 1561 года она отправила в Шотландию посольство, обещая вернуться и предлагая амнистию за все преступления, совершенные в ее отсутствие. Она не связывала себя определенными временными рамками, употребив освященную веками формулу: «Когда дела позволят». Тем временем она, как казалось Трокмортону, была «рада править, подчиняясь доброму совету и мудрым людям, что является великой добродетелью в государе или государыне и показывает, что она обладает разумом и великой мудростью». К несчастью, Мария не могла положиться ни на мудрых людей, ни на добрый совет; все вокруг нее действовали в собственных интересах, так что она покинула французский двор и перебралась к своим родственникам — Гизам.

В марте 1561 года Сесил, предполагая, что Мария может вернуться в Шотландию и тогда его северным соседом станет католическое королевство, отправил Томаса Рэндолфа в Эдинбург, с тем чтобы он «выведал у протестантских лордов их намерения относительно дружбы и доброй воли». Его инструкции послу содержали завуалированную угрозу — Шотландию могли принудить к «дружбе», но предполагалось также, что, пока их королева находится во Франции, лорды могли бы заключить формальный союз с Англией. Шотландским лордам также рекомендовали «убедить свою государыню выйти замуж дома или вообще не выходить замуж без серьезных гарантий». Эту рекомендацию в ближайшем будущем повторит Елизавета.

Папа Пий IV, несколько приукрашивая действительность, обратился к Марии как к правящей королеве в своем письме от 6 марта 1561 года — первом из многих, — в котором просил ее поддержать Тридентский собор, отправив на него своих послов. Это означало бы молчаливую поддержку Контрреформации, и Мария избежала данной проблемы, ничего не предприняв. Девять месяцев спустя, 3 декабря, Пий IV написал снова, напоминая ей о долге католички и обещая оказать духовную поддержку и послать к ней легата Николаса де Гауду, чтобы укрепить ее решимость. И опять Мария не ответила.

В конце марта 1561 года Мария находилась в Реймсе у своей тетки Рене де Гиз, аббатисы монастыря Сен-Пьер де Дам, где была похоронена ее мать. Она ненадолго остановилась в Париже, где составила опись личных драгоценностей и предметов гардероба, так что она явно планировала покинуть двор.

Тому обстоятельству, что Мария была фактически изгнана от двора Екатериной, придавалось слишком большое значение. Пятнадцать лет спустя испанский посол Дельбена «долго перечислял прошлые события, чтобы показать, что королева-мать никогда не любила шотландскую королеву». Молодой шотландский дворянин Джеймс Мелвилл из Халхилла, паж коннетабля Монморанси, сообщал: «Королева-мать рада избавиться от правления дома Гизов и из-за них самих, и потому, что терпеть не может нашу королеву». Правда, однако, была куда проще. Мария была восемнадцатилетней вдовой, не имевшей при дворе близких родственников. При ней все еще находились ее четыре Марии, но они представляли собой нечто среднее между личными слугами и друзьями детства. Марии же, попросту говоря, нужен был кто-то, кому можно поплакаться, и Рене подходила на эту роль идеально. В монастыре Мария могла обрести покой до тех пор, пока не высохнут ее слезы, — по крайней мере, на первое время.