Королевский кортеж прибыл, наконец, в Болтон 15 июля, когда уже стемнело. Мария была «тихой, сговорчивой и не создавала никаких неприятностей». Ее свита выросла до 51 человека, 21 из которых были «простолюдинами». Их было больше, чем ожидал Ноллис, поэтому ему «пришлось нанять 4 маленькие повозки, 20 тяжеловозов и 23 верховых лошади для ее слуг — все это к большому ее удовлетворению». Марию поселили на третьем этаже северо-западной башни, в просторной комнате с камином и прекрасным видом на долины Йоркшира. Рядом была ее спальня, так что здесь королева располагала большими удобствами, нежели в Карлайле.

Строительство замка Болтон было завершено в 1399 году, он представлял собой великолепный пример соединения дворца и крепости. Ноллис сообщал: «Этот дом хорошо укреплен, красив и величествен. Он выдержан в старинном стиле и является самым высоким укрепленным дворцом, какой я видел; у него всего один вход. Его можно защищать с половиной солдат карлайлского гарнизона… Там [в Карлайле] покои королевы выходили в сторону Шотландии, и если подпилить оконную решетку, она смогла бы выбраться, а между замком и Шотландией лежит равнина».

Теперь Шотландия находилась на расстоянии 150 миль, и Мария была вне досягаемости шотландских налетчиков, которых так опасались в Карлайле. Более того, были предприняты особые меры по усилению защиты Болтона. Пять дней спустя после прибытия Марии из Лохл и вена доставили «5 небольших повозок и 4 тюка одежды». Сэр Джордж Боуэс прислал Марии ковры и гобелены, а граф Нортумберленд регулярно поставлял к ее столу дичь. Наконец прибыли и ее парчовые занавеси. Теперь двор Марии обустроился на новом месте; кроме того, определился ее статус в Англии — хотя Мария и не хотела этого признавать, но она была здесь пленницей.

Через несколько дней, 24 июля, к Марии явился Херрис с предложением от Елизаветы. Та не должна была председательствовать на суде над Марией, поскольку Марию, как помазанную королеву, нельзя было предать суду. Вместо этого Елизавета вызвала бы Морея, чтобы он объяснил свои действия. Если бы его объяснение оказалось удовлетворительным, в чем Елизавета сомневалась, Мария вернулась бы в Шотландию, но ее статус еще следовало определить, а лорды сохранили бы свои привилегии. Однако если бы объяснения оказались неудовлетворительными, Елизавета восстановила бы Марию на престоле силой, но на определенных условиях: Мария должна отказаться от всяких претензий на английский престол, от союза с Францией, отречься от мессы и принять Книгу общих молитв. Это предложение на самом деле было не чем иным, как способом заставить Марию согласиться на судебный процесс. Более того, от нее требовали отречься от своей религии и стать отступницей. Мария ни в коем случае не приняла бы это предложение, но, вместо того чтобы впасть в ярость, услышав это, королева, по сообщению Ноллиса, «отправилась на охоту и приятно провела время».

Елизавета оказалась в состоянии сделать Марии такое предложение потому, что неделей ранее Миддлмор вернулся со встречи с Мореем и сообщил, что лорды шотландского Тайного совета имеют в своем распоряжении письма, «убедительно, по нашему мнению, доказывающие, что она [Мария] выразила согласие на убийство короля, ее законного мужа». Механизм подготовки к судебному процессу был уже запущен, и Сесил с Елизаветой уверились, что смогут доказать вину Марии. Мария не знала, что Морей уже уверил Елизавету: «шотландские лорды не стали бы обвинять Марию без веских на то оснований».

К удивлению Ноллиса, Мария согласилась на все предложения Елизаветы, в том числе на принятие Книги общих молитв. Мария даже включила в состав своей свиты капеллана, принадлежавшего англиканской церкви, и посещала службы, хотя Ноллис сомневался в ее искренности. Он завершил свой доклад Сесилу очередной просьбой о деньгах, но Сесил обычно игнорировал такие просьбы.

Всего три недели спустя, 16 августа, Морей созвал парламент. Пока тот заседал, он продал часть драгоценностей Марии, чтобы расплатиться с армией. Парламент также объявил всю семью Хэмилтонов вне закона. Несмотря на это, Мария не отдала приказ о возмездии, к ярости Херриса: его земли также были конфискованы вместе с имуществом других сторонников королевы. Он обвинял Елизавету в том, что та задерживала восстановление Марии на престоле, тем самым запутывая шотландские дела.

Пока Сесил с помощью исполненного энтузиазма Морея готовил обвинительное заключение против Марии, в Болтоне жизнь текла спокойно. Мария убедила себя в том, что увещевания Елизаветы были на самом деле написаны не ею, а одним из ее «влиятельнейших подданных» — она явно имела в виду Сесила, — и выразила пожелание, чтобы ее дело слушалось в Вестминстер-холле. Из ее корреспонденции исчезла просьба о личной встрече с Елизаветой, и она прилагала больше усилий к тому, чтобы задобрить своих хозяев в Йоркшире. Мария даже посещала церковные службы. Стоит вспомнить, что сама Елизавета в свое время спрашивала сестру, католическую королеву Марию, может ли она получить наставления в католической вере, и даже посещала мессу — все это ради выживания. Мария Стюарт вряд ли была столь искусна в обмане, но, подобно многим заключенным, стремилась к разнообразию. Мария никогда, даже на мгновение, не сомневалась в своей вере. Единственная жалоба Ноллиса состояла в том, что численность ее свиты продолжала расти: теперь даже ее пажи имели слуг. Ноллис подпал под чары Марии и, когда ему сообщили о возможности побега, устроенного неким Джорджем Хероном, просто отказался поверить, что она предпримет «такую опасную авантюру».

В конце августа Мария высказала Ноллису свое особое расположение, написав ему по-английски и обещая подарить его жене памятный подарок. То была первая попытка Марии писать по-английски. Обычно Мария говорила по-французски, а когда возникала необходимость, употребляла вариант шотландского наречия с сильным французским акцентом. Современный ученый, доктор Чарлз Маккин, назвал ее речь «франко-шотландской». Мария, несомненно, чувствовала себя комфортно, только говоря по-французски. Написанные по-английски послания Елизаветы переводились для нее на шотландский.