Лонгчен Рабджам обрел совершенство коренной осознанности (Rig-Pa Tshad-Phebs) посредством тайного пути непосредственного подхода (Тходгел, Thod-rGal) — спонтанно совершенного состояния ясности Дзогпа Ченпо.

В возрасте сорока двух лет, в соответствии с пророчеством, данным Вималамитрой в чистом видении, он восстановил храм Жва Пема Вагчен (Zhva Padma dBang-Chen) в Драде (sBral-mDa‘), в районе Вуру (dBu-Ru). Этот храм был построен в девятом веке Ньянгом Тингдзином Зангпо (Nyang Ting-'Dzin bZang-Po) по приказу царя Трисонга Дэуцена для защиты от нашествий иностранных «еретиков». Лонгчен Рабджам признал в нем храм, предсказание о котором содержится в тексте Лангри Лунгтен. (Glang-Ri Lung-bsTan), в каноне Каджур (bKa'-'Gyur), где говорится: «священное присутствие страны Жва». Он нашел золото в количестве одного гуцэ ('Gu-Tse, сосуд для ритуальных действий) в Самье, и им финансировал строительство. Каждый день рабочим, занятым на строительстве, помогал какой-то подросток с бирюзовой серьгой, однако к обеду его никогда не было на месте. Это вызвало у рабочих подозрения, и они стали наблюдать за ним. Прекратив работу, они увидели, как он исчезает в стене, и рассказали об этом Лонгчену Рабджаму. Он объяснил, что им помогает охранитель учения Ваджрасадху (Дордже Легпа, rDo-rJe Legs-Ра). Во время земляных работ было раскопано много изображений, на которые было наложено заклятие, и высвобождены негативные силы, которые принялись летать по округе, что сопровождалось камнепадом и летящими комьями грязи. Люди бежали, спасая свою жизнь. Своей созерцательной силой Лонгчен Рабджам исполнил гневный танец, произнося мантры на санскрите. Он призвал злые силы обратно и чудесным образом снова закопал их в землю на глазах у всех присутствовавших. В это время многие видели его в форме Гневного Гуру Падмасамбхавы. Однажды, когда рабочие не смогли поднять два упавших каменных столба, он взмахнул полами своего одеяния и произнес слова истины (благословения), и рабочие тут же легко подняли столбы. Во время освящения здания многие видели его в различных обликах, в том числе в облике Самантабхадры, и множество будд и бодхисаттв возникали в небесах, посылая вниз благословения в виде цветочного дождя. Будда Майтрея, указывая на Лонгчена Рабджама, изрек пророчество: «Через две жизни ты станешь Буддой, известным по имени Рираб Мармей Гьялцен (Ri-Rab Mar-Ve’i rGyal-mTshan), в чистом измерении Пема Цегпа (Padma brTsegs-Pa)».

Лонгчен Рабджам был отшельником и отказывался заниматься какой-либо бюрократической организацией. Однако его ученость и уровень практики постоянно привлекали к нему тысячи приверженцев, включая ученых, практиков медитации и мирян. Им вдохновлялись величайшие ученые и высочайшие политические деятели того времени. Они оказывали ему знаки почтения из чисто духовной заинтересованности, а не из-за влияния созданной им организации или ради какого бы то ни было политического или общественного интереса.

Гомпа Кунриг (sGom-Pa Кип-Rig) из Дригунга ('Bri-Gung) стал его учеником, и Лонгчен Рабджам, во исполнение пророчества Гуру Падмасамбхавы, отговорил его заниматься ратным делом. В пророчестве Гуру Падмасамбхава сказал:

Кунриг понял, что это пророчество о нем самом, поскольку у него на спине была отметина от удара мечом, и он готовился к войне в тибетских провинциях By (dBus) и Цанг (gTsang). Он поручил ламе по имени Палчогпа (dPal-mCh'og-Pa) найти эманацию Манджушри. В это время в Центральном Тибете не было ни одного человека более ученого, чем Лонгчен Рабджам. В результате поисков лама пришел к выводу, что Лонгчен Рабджам и есть эманация Манджушри. Кунриг получил от Лонгчена Рабджама множество учений и сделал ему подношение — монастырь Трог Огьен (Grogs O-rGyan). Дригунг Кунриг был самым опасным соперником Тая Ситу из Пхагтру (Phag-Gru), правителя Тибета, поэтому Лонгчен Рабджам фактически предотвратил кровопролитную войну в Тибете.

В Тидро (Ti-sGro) он выполнил подношения цог (Tshogs) в течение долгого времени. Он водрузил знамя победы на вершине скалы, куда никто не мог забраться, и умы многих людей пробудились к практике Дхармы. На пути в Лхасу Лонгчена Рабджама окружили враждебно настроенные жители Ярлунга (Yar-Klung), желавшие убить его потому, что считали его учителем Дригунга Кунрига. Однако он силой своей просветленности стал невидимым для них. В Джокханге (Jo-Khang) перед Джово у него были различные видения будд, которые давали ему благословения. Когда он достиг Шугсеба (Shugs-gSeb), силой своего предвидения он понял, что в год земляной свиньи (1359) начнется война. Тогда он отправился в Мон (Бутан). Он давал учения в Бумтханге (Bum-Thang) и Нгалонге (rNga-Long), сея там свет Дхармы, и ввел ограничения на охоту и ловлю рыбы.

В Бумтханге он построил монастырскую обитель, назвав ее Тхар-палинг (Thar-Pa Gling), т. е. Страна Освобождения, поскольку около ста тысяч человек, жаждущих освобождения, собрались там для получения его учений. В Бутане у него родилась дочь, а через пять лет, в год огненной обезьяны (1356) — сын от женщины по имени Кьидпала (sKyid-Pa Lags). В Жулен Сертренге и его сын Тулку Трагпа Одзер (sPrul-sKu Grags-PaA'od-Zer), или Дава Трагпа (Zla-Ba Grags-Pa, 1356–1409?) был признан проявлением Тадрина (rTa-mGrin, Хаягривы). Позже Трагпа Одзер стал великим ученым и держателем линии преемственности Ньинтиг. Остаток жизни Лонгчен Рабджам прожил в безбрачии.

Лонгчена Рабджама пригласили в Лхотраг (Lho-Brag). ВЛа-яг Лхалунге (Ya-Lag Lha-Lung) и Мантханге (Man-Thang) он передал учения Ньинтиг примерно тысяче учеников, главным образом — монахам. Ему оказал знаки почтения лама Дампа Соднам Гьялцен (Bla-Ma Dam-Pa bSod-Nams rGyal-mTshan, 1312–1375) из Сакьи и Трагзанг (Grags-bZang) из Ньепху за его ученые ответы на их Вопросы, которые рассеяли их сомнения по многим основополагающим моментам философских воззрений и практики медитации. Тай Ситу Чангчуб Гьялцен (Na'i Situ Byang-Chub rGyal-mTshan) из Пхагтру, ставший в 1349 году правителем Тибета, сначала питал неприязнь к Лонгчену Рабджаму, поскольку тот был учителем Дригунга Кунрига, его заклятого врага. Но позже, осознав величие учености Лонгчена Рабджама и его природу бодхисаттвы, он стал относиться к лотосовым стопам этого учителя как к драгоценности в своей короне. По просьбе Тая Ситу Лонгчен Рабджам дал ему и примерно двум тысячам приверженцам учения сокровенной сущности (Yang-gSang Bla-Med). Многие высокопоставленные люди (Khri-dPon) того времени, такие как Дордже Гьялцен (rDo-rJe rGyal-mTshan) из Ярдрога (Yar-'Brog) и Ситу Шакья Зангпо (Shakya bZang-Po) из Вуртода (dBur-Stod), стали его приверженцами.

В Лхасе его встретило шествие множества монахов. С трона, установленного между Лхасой и Рамоче (Ra-Mo-Che), он публично давал посвящения обета бодхичитты и различные учения. Многих горделивых ученых он укротил с помощью логических рассуждений и ввел их в истинное понимание Дхармы. В этот период он стал повсеместно известен как Кункьен Чодже (Kun-mKhyen Chos-rJe), т. е. всеведущий владыка Дхармы.

В Ньепху Шугсебе он дал учения Дзогпа Ченпо собранию из более тысячи приверженцев. В скалистых холмах близ монастыря Трог Огьен (Grog O-rGyan) он дал посвящения и учения ясности ваджрного присутствия (A'od-gSal rDo-rJe sNying-Po) примерно трем тысячам человек, включая сорок учителей Дхармы. В конце сессии наставлений они провели ритуал подношений (цог, Tshogs, санскр. ганачакра), и он обратился к присутствующим с такими словами: