Конгрессмен Блэйр и ряд других лиц обвинили генерала Джона Фремонта, командующего Западным военным округом, в смерти Лайона, в поражении при Уилсон-крике и в других неудачах. Генерал Фремонт, который был в 1856 году первым кандидатом от республиканской партии на пост президента, прожил богатую приключениями жизнь. Он руководил многими экспедициями на Запад, проводил топографическую съемку Скалистых гор, Южного перевала, первым совершил восхождение на высшую точку хребта Уинд-ривер, в его честь был назван пик Фремонт. Он принимал участие в борьбе с испанскими хозяевами Калифорнии, в их изгнании и в создании штата Калифорния, который он первым стал представлять в сенате США. Затем пошли золотые рудники, земли, посыпались деньги, появилось знаменитое имение Марипоза в 46 тысяч акров, за которое Фремонт заплатил 3 тысячи долларов (впоследствии оно оценивалось в 10 миллионов долларов).

Когда был захвачен форт Самтер, Фремонт находился в Париже, но он тут же предложил Линкольну свои услуги и был назначен генерал-майором. 25 августа Фремонт прибыл в Сент-Луис и приказал рыть вокруг города укрепления.

Когда к Фремонту прибыл посланец от Лайона с просьбой прислать ему подкрепления, Фремонт ответил, что если Лайон решил сражаться, это будет на его ответственности. Фремонт убеждал Лайона отступить в Ролла, наполовину сократив расстояние, отделявшее Лайона от Сент-Луиса. При этом он послал два полка навстречу Лайону. Однако Лайон так никогда их и не увидел, для него война означала сражение, он искал врага, чтобы сразиться с ним, и погиб в безрезультатной битве у Уилсон-крика.

Беспокойство Линкольна по поводу Фремонта росло по мере того, как почта приносила все новые известия о его экстравагантности, ошибках, фаворитизме, коррупции. Фрэнк Блэйр посетил Фремонта вместе с генералом Джоном Скофилдом, который писал об этом посещении: «К моему величайшему удивлению, он не задал мне ни одного вопроса, даже не упомянул о кровавой битве, о Лайоне, который погиб в ней». Вместо того чтобы постараться выяснить что-нибудь у опытного солдата, Фремонт подвел Скофилда к столу и стал показывать ему на карте пути, которыми его армия совершит свой победоносный марш. Блэйр и Скофилд ушли из штаба Фремонта. «Мы вышли на улицу в молчании. Потом Блэйр обернулся ко мне и спросил: «Ну, что вы о нем думаете?» Я ответил ему в словах, которые вряд ли были годны для печати».

В ночь на 30 августа Фремонт написал прокламацию. В высокопарных словах, прибегая к угрозам, осуществлять которые он не имел никакого права, он объявил весь штат Миссури на чрезвычайном положении. Определив линию союзных войск, которая рассекала штат на две половины, Фремонт заявил, что всякий человек, задержанный севернее этой линии с оружием и руках, будет предан военно-полевому суду и в случае признания его виновным расстрелян. В прокламации говорилось также, что «собственность каждого гражданина штата Миссури, который поднимет оружие против Соединенных Штатов или в отношении которого будет доказано, что он активно сотрудничает с врагом на поле боя, будет конфискована на государственные нужды, а его невольники освобождены».

Линкольн, находившийся на другом конце страны, впервые узнал об этой прокламации из газет. 2 сентября он написал Фремонту: «Если вы в соответствии с прокламацией расстреляете хоть одного человека, конфедераты в отместку расстреляют кого-нибудь из наших лучших людей, находящихся у них в плену, и так пойдет — человек за человека. Поэтому я приказываю вам, чтобы вы не расстреливали ни одного человека в соответствии с этой прокламацией без моего разрешения. Конфискация имущества и освобождение рабов у предателей встревожит наших друзей на Юге и оттолкнет их от нас и, в частности, может разрушить наши довольно благоприятные перспективы в Кентукки».

Решение Линкольна вызвало резкую критику со стороны антирабовладельческих кругов. В прессе, с церковных кафедр — повсюду люди, выступавшие за отмену рабства, выражали свое презрение Линкольну. Даже Билл Герндон писал одному своему другу: «Прокламация Фремонта была правильной. Линкольн был не прав, смягчив ее».

Специальная комиссия расследовала деятельность Фремонта, она обнаружила расточительность, неумение управлять войсками, ошибки, но не нашла никаких фактов, свидетельствующих о крупных хищениях.

2 ноября Фремонт был смещен с поста командующего.

В ноябре 1861 года произошло драматическое столкновение между Соединенными Штатами и Англией. «Трент» — почтовое судно британского королевского флота, вышедшее накануне из Гаваны, спокойно шло мимо Багамских островов. В полдень 8 ноября «Трент» вошел в самую узкую часть пролива, отделяющего Багамские острова от материка, где ширина его достигает всего 15 миль. Здесь его встретил сторожевой корабль американского флота «Сан Джасинто».

На «Тренте» был поднят британский флаг. «Сан Джасинто» поднял флаг Союза и послал снаряд, который упал впереди «Трента». Однако английское судно не замедлило хода, и тогда второй снаряд с «Сан Джасинто» вонзился в воду уже перед самым носом «Трента». Капитан «Трента» Муар поднес ко рту рупор и крикнул: «Что вам нужно от моего судна?» Ответа не последовало.

С «Сан Джасинто» спустили три шлюпки с офицерами и матросами, и уже через несколько минут они были рядом с «Трентом». Лейтенант Фейрфакс от имени командира «Сан Джасинто» потребовал список пассажиров. У него были сведения, что на борту «Трента» находятся Джеймс Мейсон и Джон Слиделл, вновь назначенные представители конфедерации в Англии и Франции.