Его отношение к своему сыну и наследнику Алексею, в некоторых отношениях понятное, подчёркивает его психопатический характер. Алексей был сыном Петра от первого брака на Евдокии, особе, которая Петру быстро надоела и была отправлена в монастырь. Кое-кто предполагал, что у Петра были гомосексуальные наклонности, ибо, очевидно, царь так боялся спать один, что если у него не было женщины, он заставлял ложиться с собой дневального. Такие случаи говорят не столько о гомосексуальных наклонностях, сколько об основном его неврозе. В конце концов он завёл себе постоянную подругу, немецкую служанку Екатерину, которая перед этим была любовницей царского фаворита Александра Меншикова; впоследствии он короновал её как царицу.

Сын Алексей принёс своему отцу глубокое разочарование, так как во многих отношениях был полной противоположностью всему, что так нравилось Петру. Он сравнивал своего сына с рабом из Евангелия, который закопал свои таланты в землю. Алексей отличался традиционной религиозностью и завёл друзей среди монахов и других критиков отцовской политики. У Алексея не было ни таланта, ни склонности к военным свершениям. Отец заставил его жениться на пышной немецкой принцессе Шарлотте Брауншвейгской, но царевич ею пренебрегал. Когда жена его умерла, он страстно привязался к финской служанке Ефросинье.

Пётр пригрозил Алексею, что он или должен исправиться, или его надо отрезать, как гангренозную конечность. Алексей, в страхе перед отцом, пообещал, что откажется от права наследования, если ему позволят стать монахом. Наконец, в августе 1716 г. царь, который был с визитом в Копенгагене, потерял терпение и предъявил Алексею ультиматум, чтобы он либо выехал к нему, либо немедленно уходил в монастырь. В отчаянии Алексей, в сопровождении своей любовницы Ефросиньи, переодетой в мужское платье, бежал в Вену, где он попросил убежища у императора, а в конце концов оказался в Сент-Эльмо около Неаполя, где к нему приехал посланник его отца Пётр Толстой, который уговорил его вернуться в Россию. Алексей несколько наивно поверил, что ему разрешат жениться на своей любовнице и отказаться от своих прав. Его арестовали и предали суду, на котором он выдал, среди других, свою мать, которую отправили в более суровый монастырь; царь приказал, чтобы её любовника Глебова посадили на кол в меховой шубе, чтобы продлить его мучения на морозе русской зимы. Алексей получил 40 ударов кнутом и в результате умер.

Как мы объясняем поведение Петра? Может, оно не нуждается в объяснениях, поскольку талант его бесспорен, а приписываемые ему жестокости ни в коей мере не являются необычными для того века или страны, в которых он жил. И всё же трудно отрицать в характере Петра существование тёмных, стихийных нервных приступов.

Марксистский историк Покровский объясняет психическую неуравновешенность Петра прогрессивным течением сифилиса. В 1706 г., согласно французскому источнику, ему довелось пережить то, что эвфемистически описали как «позор при дворе любви», и, очевидно, ему прописали ртуть. И всё же, как и с Генрихом VIII в Англии, на самом деле доказательства психической болезни недостаточны для предположения, что в заключительные годы его жизни у него была третья стадия сифилиса.

Нет никаких сомнений, что во время серьёзного волнения у Петра появлялся нервный тик различной интенсивности, который затрагивал левую сторону его лица. Может, это был просто спазм, охватывающий половину лица, периодический и непроизвольный, воздействующий скорее на левую, чем на правую часть лица. Обычно вызываемый эмоциональным напряжением или усталостью, в общем он представляется не связанным с неврологической болезнью. Похоже, однако, что бывали случаи, когда у Петра этот нервный тик переходил в конвульсивный приступ и приводил к потере сознания. И действительно, одной из тех особенностей, которые он ценил в своей будущей жене Екатерине, была её способность успокаивать его, когда он чувствовал наступление такого приступа. Он клал голову к ней на колени, пока не засыпал. Когда он просыпался посвежевшим, то не помнил, что произошло раньше, — отличительная черта эпилепсии. «Его левый глаз, левая рука и левая нога, — зловеще писал кардинал Коллониц, примас Венгрии, — пострадали от яда, который ему дали при жизни его брата, но сейчас от этого остаётся только застывший взгляд в глазу и постоянное движение его руки и ноги».

Это даёт веские основания думать, что у Петра случались эпилептические припадки, и даже что психическое расстройство, от которого он страдал, было эпилепсией височной доли. Хотя он был физически силён, он постоянно болел. Он был очень опасно болен между ноябрём 1693 г. и январём 1694 г. и всю жизнь мучился от периодических приступов лихорадки. Если болезнь, во время которой опасались за его жизнь, была энцефалитом, это могло бы также объяснить его предрасположенность к конвульсивным припадкам, дисфункцию его мозга и буйство вызванное ею. В случае с Петром так же, как и с Иваном, при отсутствии более определённых доказательств эти предположения остаются в лучшем случае умозрительными. Несомненно, долгосрочное влияние мучительных детских переживаний и длительное злоупотребление алкоголем также повлияли но его здоровья и мировоззрение.

В конце его жизни были некоторые признаки того, что царь терял свою хватку в результате угасания его умственных способностей. «Никакие слова, — докладывал прусский министр своему королю, — не являются достаточно выразительными, чтобы дать вашему величеству верное представление о той невыносимой нерадивости и неразберихе, с которыми тут ведутся самые важные дела». Сама царица тоже стала жертвой гневных подозрений её мужа, ибо неосторожно завела себе любовника, Вильгельма Монса, брата одной из брошенных любовниц Петра. Монса казнили 14 ноября 1724 г., а его заспиртованная голова была помещена в спальню Екатерины в качестве напоминания о супружеской неверности.

Общее состояние здоровья Петра ухудшалось, даже хотя в последние годы у него хватило вкуса к жизни, чтобы председательствовать на выборах нового потешного патриарха пьяного синода и ринуться в холодную осеннюю воду, чтобы помочь спасти попавшую в беду лодку. Но в 1722 г. врачи определили затруднения в мочеиспускании и камень; была также закупорка уретры и мочевого пузыря, вызываемая спазмами мышц, что причиняло ему жестокую боль. Летом 1724 г. английский хирург доктор Горн вставил катетер, и в конце концов камень вышел. Но к середине января 1725 г. тучи сгустились и умирающий царь искал прощения за всё зло, которое он причинил. Ранним утром 28 января 1725 г. он умер от сильной боли в мочевом пузыре и от цирроза печени, естественного последствия его злоупотребления алкогольными напитками. Ему закрыла глаза его жена Екатерина, которая стала его преемницей в качестве царицы всея Руси.