Как это неоднократно случалось с Торжком в его истории, он восстал из пепла и снова стал «рубленой» крепостью. С середины XIII столетия он не раз отражал набеги новых врагов Руси — воинственных литовцев. Они осаждали новгородскую крепость в 1245 и 1258 годах, но взять ее не смогли. Однако «литвины» в те годы «много зла учинили» Торжку.

После этого крепость стала не раз ареной междоусобиц на Руси. Торжок занимали войска князей Михаила Ярославича Тверского, Дмитрия Ивановича Донского, Бориса Александровича Тверского, Ивана III Васильевича. Особенно страшным для Торжка стало нападение в 1372 году войска тверского князя Михаила Александровича, который был «во гневе» на новгородцев..

31 мая под стенами Торжка состоялась битва новгородского ополчения, в котором участвовали и жители крепости, с тверичами. Последние одержали верх и осадили крепость. Не решаясь брать город штурмом, князь Михаил Александрович приказал поджечь деревянные крепостные стены. За несколько часов Торжок выгорел дотла, в огне погибли тысячи людей, многие утонули в Тверце. Когда победители ворвались в город, они никому не дали пощады.

Погром Торжка войском тверского князя летописцы сравнивали только с «истреблением» города-крепости полчищами хана Батыя. Такова была не раз цена междоусобиц на Руси.

Торжок потерял свое значение как крепость после вхождения Новгородской Руси в состав Великого княжества Московского в 1468 году. Но перед этим событием, в 1569 году, город был разорен опричным войском царя Ивана Грозного, выступившего в поход против Новгорода.

В лютую годину Смуты Торжок был захвачен поляками. Освобожден же город от них был в мае 1609 года, когда подошли полки воеводы князя Михаила Скопина-Шуйского.

В 1618 году во время страшного пожара крепость сгорела, но была отстроена заново. Но после не менее испепеляющего пожара 1742 года деревянные крепостные стены и башни восстанавливать уже не стали.

Сохранилось описание торжокского кремля, относящееся к середине XVII столетия, дающее представление об этой крепости:

 «Это высокий деревянный сруб, состоящий из двух этажей: нижнего с высокой внутренней лестницей и верхнего с бойницами, против которых стояли пушки на лафетах: башни имели четырехскатную крышу, увенчанную флагом».

Сама крепость тогда имела в окружности длину стен в 1200 сажен, высота которых достигала более четырех метров. Приблизительно на одинаковом расстоянии стояло одиннадцать башен. Проездными из них были четыре: Спасская, Водяная, Михайловская и Угловая, остальные — глухими.

...Первым городом-крепостью на Руси, который пришлось штурмовать монголам хана Батыя, была Рязань (Старая Рязань), стольный град одноименного княжества. Этому событию в отечественной истории посвящены известные «Повести о разорении Рязани Батыем», замечательное произведение древнерусского литературного творчества.

Первое упоминание о Рязани относится к 1096 году. Лаврентьевская летопись рассказывает о междоусобной войне изгнанного из Чернигова князя Олега Святославовича с князем Владимиром Мономахом. Но, вне всякого сомнения, город появился на возвышенном правом берегу Оки гораздо раньше.

Старая Рязань являлась одной из самых значительных крепостей Древней Руси. Ее фортификационные сооружения и по сей день удивляют специалистов. К концу XII столетия городские стены протянулись на 1500 метров. Наружный вал достигал высоты в 9—10 метров, у основания имел ширину в 23—24 метра, в верхней — 3 метра. Не менее впечатлял и крепостной ров: его глубина доходила до 8 метров, ширина по низу — 7 метров, ширина по верху — 20 метров.

В восточной части внешнего вала имелось трое городских ворот: Старые Пронские, Новые Пронские и Исадские. Вал отделялся от рва бермой шириной в 1,5—2 метра, что не позволяло неприятелю устанавливать штурмовые лестницы.

Внутри Старой Рязани шел еще один вал со рвом длиной в 235 метров, огораживавший самый древний ее участок — Северное городище. Его высота составляла 3,5 метра. Во внутреннем валу, возведенном в X веке, имелся пролом для въезда — Северные ворота.

На валу стояли рубленые стены, мощи которых мог позавидовать любой город Древней Руси. Это были деревянные конструкции, внутри засыпанные глиной и землей, и уходившие нижней частью в насыпь вала. Считается, что деревянная ограда возвышалась над валом примерно на 2 метра. С внешней стороны к ограде примыкал частокол из двух рядов бревен. В бревнах были прорезаны бойницы. На вал изнутри вели ступени, вырубленные в насыпи. На стены поднимались по приставным лестницам.

В итоге получалось, что высота крепостной ограды Старой Рязани от дна рва равнялась 20 метрам. Башен имелось немного: угловые и надвратные. Через рвы, вероятно, были устроены подъемные мосты, которые с наступлением темноты или опасности поднимались.

До нашествия татаро-монгол на Русь укрепления Рязани горели по случаю военного времени только раз. В 1207 году владимиро-суздальский князь Всеволод III приступом взял град, разграбил его и сжег. Рязанцам пришлось восстанавливать городские укрепления, вернее, их деревянную часть.