«Я занимался в лаборатории поздно ночью. Так часто бывало. Энгельгардт был дома, на покое, квартира его была! рядом с лабораторией. Ничего не ведая, вдруг вижу, как открылась дверь в лабораторию и идут ко мне какие-то чины; думаю, что-то неладно, полиция, какие-то офицеры, другие вроде генералов, впереди директор института и между ними Энгельгардт. Энгельгардт провел их к своим столам; они осмотрели бумаги и пошли в другие помещения, а один из них подошел ко мне и спросил: «Ты кто?» — «Я, — говорю, — служитель лаборатории». — «Как твоя фамилия?» — «Лосев». Он тогда достал книжечку и на ходу что-то записал. Через некоторое время я вышел из лаборатории. Смотрю, стоят кареты, а вскоре вижу — ведут арестованных: Энгельгардта и каких-то студентов, не помню уж, боюсь сказать наверное, четырех или пять. Я — к карете, а Энгельгардт протянул мне руку и говорит: «Прощай, Петр». Он меня звал Петром. Так я и задрожал. Несколько ночей потом не спал. Один остался, и Лачинова также арестовали. Скоро узнаю, что их в Петропавловскую крепость поместили; ну, а Энгельгардта потом выслали в свое имение в Смоленскую губернию, на всю жизнь, без права выезда».

И действительно, продержав Энгельгардта полтора года в одиночном заключении в знаменитом Алексеевском равелине, царское правительство выслало передового ученого в Смоленскую губернию «под гласный надзор полиции».

Однако ближайшие друзья и сослуживцы по институту сумели организовать прощальный обед в честь Энгельгардта. Последний раз, перед долгой разлукой, видел Костычев своего дорогого учителя. Много он хотел сказать теплых слов Александру Николаевичу, но открытое выражение чувств не было у друзей в привычке. Энгельгардт не унывал, не советовал он и Костычеву падать духом.

— Только работайте больше. Науку не оставляйте, — говорил он своему ученику, — а я и в Смоленской губернии буду продолжать свои опыты, только уж не в лаборатории, а прямо на полях. Так что, видите, нет худа без добра.

Твердость, с которой сносил крупный ученый свое несчастье, поражала всех, а он потихоньку чему-то подучивал своего маленького сына. В конце обеда Энгельгардт поставил мальчика на стол и спросил у него:

— Коля, скажи, за что ссылают твоего отца?

— За распространение между студентами безнравственности и демократических идей!

Вот в чем был обвинен Энгельгардт и за что он был сослан.

Как Костычев жил на рубеже шестидесятых и семидесятых годов? На этот вопрос трудно ответить точно. Архивы не сохранили нам почти никаких документальных свидетельств об этом периоде жизни Костычева. Но многое легко можно себе представить: снова голод, безработица, мучительное сознание невозможности применения своих знаний для облегчения участи народной. И при воем том твердое понимание своих творческих возможностей, обилие научных планов, смелых идей.

Тяжелые времена наступили для Костычева сразу же после ареста Энгельгардта. Директор института предупредил Костычева о том, чтобы он не надеялся ни на какие работы в химической лаборатории. Пришлось не только расстаться с любимым делом, но и искать средств к существованию. В таком же положении очутился и другой ближайший сотрудник Энгельгардта — П. А. Лачинов, освобожденный из-под ареста. Костычев и Лачинов особенно близко сошлись после высылки из Петербурга их учителя. Друзья совместно начинают искать выхода из того бедственного положения, в котором они теперь оказались.

Неутомимо путешествуют они по Петербургу в поисках «казенного» места. Лачинов и Костычев побывали в университете и других высших учебных заведениях, где могли быть нужны лаборанты, в Академии наук, в разных департаментах. Но везде они, как «политически неблагонадежные», получали отказ. Наконец Лачинову, уже очень известному исследователю-экспериментатору в области органической химии, предложили скромное место лаборанта на химическом заводе.

В 1870 году друзья поселились в одном из домов, принадлежавших владельцам этого завода, за Невской заставой на Шлиссельбургском тракте. Это была рабочая окраина столицы. Жить здесь было небезопасно. Полиция усиленно следила за Лачиновым и Костычевым. Спустя год Лачинову удалось снова получить место в Земледельческом институте, а Костычев занял его должность в заводской лаборатории.

Лаборатория эта едва ли могла быть сколько-нибудь хорошей, работа в ней не удовлетворяла молодого ученого, но все же она давала ему кусок хлеба. Завод изготовлял квасцы, серную и соляную кислоты и еще некоторые химические продукты. Рабочие трудились здесь по четырнадцать часов в сутки, подвергаясь неслыханной эксплуатации со стороны капиталистов-заводчиков. В цехах не существовало никакой вентиляции, и люди вынуждены были дышать удушливыми парами серной кислоты. Костычеву приходилось целыми часами находиться в этих цехах и проверять качество и чистоту получаемых продуктов. Он очень тяготился этой работой и считал, что ему косвенно приходится помогать заводчикам эксплуатировать рабочих.

Костычев с его прямым и резким характером не мог мириться с заводскими порядками и нередко вступал в споры с управляющим и даже с самими хозяевами. Дело кончилось тем, что ему отказали от места и предложили немедленно освободить квартиру в заводском доме. Он опять остался без заработка.

Лачинов при поддержке известного ботаника профессора И. П. Бородина, занявшего в Земледельческом институте место покойного Карельщикова, добивался возвращения Костычева в институт, но из этого ничего не получилось. Сыну крепостного дворового человека Павлу Костычеву было трудно пробивать себе дорогу. Три года продолжались его мучения. Это были мучения не только нравственные, но и физические: почти все это время он вел полуголодное существование.