В свой второй поход «Л-3» вышла из Таллина днем 15 июля. До мыса Ристна ее и «С-8» сопровождали тральщик и пять катеров. Переход на позицию в Данцигскую бухту осуществлялся днем в подводном положении и только ночь — над водой. Это позволило сохранить скрытность, хотя и заняло три дня. Утром 19-го Грищенко приступил к своей первой задаче — постановке мин. Для этого он в подводном положении пошел к мысу Брюстерорт, справедливо рассудив, что курсирующие между Данцигской бухтой и Мемелем суда будут проходить в непосредственной близости от него. Его предположения блестяще подтвердились в 07:50, когда на горизонте показались дымы, а затем два судна, принятые командиром за тральщики. Корабли дошли до мыса, после чего развернулись на обратный курс. «Л-3» последовала за ними, выставив за 4,5 часа весь свой минный магазин. В 18:50 был зафиксирован сильный взрыв, вслед за чем в перископ в направлении минной банки наблюдался «столб воды и дыма». Между 19:30 и 23:00 акустик зафиксировал серию взрывов, которую Грищенко расценил как бомбометание эскортных кораблей, пытающихся контратаковать подлодку, только что «потопившую» транспорт. Поскольку взрывы слышались и на следующий день, командир решил отойти из опасного района к маяку Риксхефт, где он спокойно провел последующие шесть дней. Периодически подлодка получала приказы из штаба действовать на маршруте Пиллау — Мемель, приближаясь к берегу, но Грищенко их игнорировал. В ночь на 27-е он посчитал, что топлива у него осталось только на возвращение в базу, и потому своим решением покинул позицию. Справедливости ради надо сказать, что курс отхода он решил расположить на расстоянии 5–6 миль от береговой черты, совместив его с поиском судов противника. Однако, как показали последующие события, к такому поиску он не был подготовлен ни тактически, ни морально. Утром подлодка достигла района мыса Акменрагс, где в перископ были замечены тральщик и четыре катера. Спустя 10 минут акустик услышал взрывы, которые Грищенко принял за начало преследования. С перерывами взрывы продолжались на протяжении

23 часов, что стоило подводникам немало нервов. Как показывает знакомство с немецкими документами, опасения были напрасными — противник не обнаружил субмарину, а все взрывы имели непосредственное отношение к нашим действиям — летавшие волнами с небольшими интервалами бомбардировщики ВВС КБФ атаковали немецкие тральщики в гавани и на подступах к Виндавскому порту. Тем временем «Л-3» ушла к шведскому острову Форэ, где уточнила счисление и обнаружила крупный боевой корабль, идентифицированный Грищенко как крейсер «Готланд». Наконец, днем 29-го командир передал радиограмму, что через сутки он планирует прийти в район мыса Ристна, и просил обеспечить встречу. Эскорт своевременно прибыл в точку рандеву и, поскольку ранее разведка неоднократно докладывала об обнаружении тут немецких подлодок, начал сбрасывать глубинные бомбы. После всплытия Грищенко отругал за это командира эскорта, указав, что «своя лодка всегда может ошибиться в счислении и попасть не в указанное место, а под свои бомбы». Возможно, он не был бы столь категоричен, если бы знал, что за его прибытием наблюдают немецкие субмарины «U144» и «U142» — радиограмма с «Фрунзевца», где указывались место и время рандеву, была перехвачена немецкой радиоразведкой. В этих условиях только профилактическое бомбометание тральщиков «Фугас», «Заряд» и двух «малых охотников» и следование противолодочным зигзагом помешали немецким командирам занять выгодные позиции для атаки. К сожалению, без потерь все-таки не обошлось. Находившийся в дозоре на входе в пролив Соэлавяйн тральщик «Змей» вышел за пределы безопасного района и погиб на донных минах, поставленных немецкими торпедными катерами, а сама «Л-3» на входе в пролив села на мель и повредила рули. Снявшись, она в тот же день прибыла в Триги на северном побережье острова Сарема, 31 июля в Таллин, а спустя двое суток в Кронштадт, где стала в доковый ремонт.

Интересна история выставленного 19 июля минного заграждения, которое, как считалось в советское время, стало причиной гибели двух судов противника. Реально, согласно немецким документам, события развивались следующим образом: во-первых, никаких тральщиков в районе мыса Брюстерот «Л-3» встретить не могла, поскольку их там не было. Ближайшее по срокам траление проходившего тут отрезка «фарватера № 80» имело место 24 июля, и оно показало полное отсутствие мин. Скорее всего Грищенко обнаружил рыболовные траулеры, занимавшиеся ловлей в открытом море, и выставил мины у них за кормой в нескольких милях западнее оси фарватера. В ночь на 30 июля, за несколько часов до прихода к мысу Ристна, командир по собственной инициативе решил донести в штаб флота координаты загражденного минами района, которые сразу же были расшифрованы противником. Утром того же дня «фарватер № 80» между точками «блау 09» и «блау 11» был закрыт для плавания судов. Его контрольное траление в тот же день выполнили шесть тральщиков 18-й флотилии, причем оно снова показало отсутствие мин. После этого немецкое командование на некоторое время забыло про минное поле «Л-3», сосредоточившись на решении более насущных задач. Вновь о нем вспомнили 24 октября, когда на берегу между поселками Кранц (ныне Рыбачий) и Саккау была обнаружена целая мина ПЛТ. Получив материальное доказательство постановки и опасаясь, что под влиянием течений и штормов мины могут сместиться на фарватер (так произошло у Либавы с минами тральщика «Фугас»), немецкое командование решило уничтожить заграждение. Для этой цели 20 ноября оно выделило 17 и 18-ю флотилии тральщиков. Последним пришлось работать шесть дней, прежде чем они смогли найти первую ПЛТ. Еще две мины были вытралены 28 и одна 30 ноября. На этом успехи кончились, хотя работы продолжались до конца декабря и были прерваны только в связи с появлением плавучих льдин. Не удовлетворившись результатом, немецкое командование приказало продолжить траление с началом кампании 1942 года. Между 30 апреля и 11 мая восемь тральщиков вновь прочесали весь район, но так и не смогли найти ни одного «подарка» — поле самоликвидировалось окончательно. Что же касается взрывов, услышанных на «Л-3» вечером 19 июля, то они действительно принадлежали глубинным бомбам, но те сбрасывались не у мыса Брюстерорт, а на соседней позиции у Мемеля, где наша подлодка «С-11» около 17:30 безуспешно атаковала немецкий конвой и подверглась столь же безрезультатному преследованию. Ну а на счет «столба воды и дыма», то его придется оставить на совести Грищенко — ведь если верить командиру «Л-3», получается, что ему удалось поднять перископ и осмотреть горизонт быстрей, чем успела осесть поднятая взрывом вода!

В течение двух последующих месяцев подлодка находилась в Кронштадте в готовности к выходу. Несмотря на то что потребность в подводных минных заградителях была острой, у командования флотом просто не нашлось эскортных кораблей, чтобы обеспечить переход подлодки в Таллин. Вскоре это и вовсе было признано нецелесообразным — флот готовился оставить эту базу. 29–30 августа вырвавшиеся оттуда корабли Балтфлота прибыли в Кронштадт, и тут же критическое положение сложилось непосредственно на ближних подступах к Ленинграду. В связи с тем что падение города могло произойти со дня на день, 5 сентября корабли Балтфлота, включая «Л-3», были подготовлены к подрыву. В этой ситуации возник дерзкий, граничивший с авантюрой план прорыва подлодок на Север через Балтийские проливы. В качестве первого эшелона готовились «С-7», «С-9» и «Л-3». Автором плана являлся комбриг объединенной БПЛ Н.П. Египко, в то время как экипажи кораблей смотрели на него без энтузиазма, предпочитая погибнуть в сухопутных боях за город, а не подорвавшись на минах или запутавшись в сетях в непреодолимом, как считалось, проливе Эресунд. Тем не менее план был доложен на самый верх и утвержден Сталиным. Пока готовились к его реализации, сухопутная обстановка стабилизировалась и нужда в столь экстремальном способе спасения отпала. Теперь Египко стремился к отмене операции, в то время как командующий флотом вице-адмирал Трибуц собирался выполнить разрешенное вождем. Это привело к конфликту между военачальниками, который стоил Египко его поста. Тем не менее операцию отменили, и «Л-3» осталась стоять в Кронштадте. Здесь она была свидетелем массированных авианалетов на корабли Балтфлота, в ходе которых за 14 боев с самолетами выпустила 16 100-мм и 170 45-мм снарядов.

В конце сентября британская разведка передала нашей стороне сведения о концентрации немецкого флота во главе с линкором «Тирпиц» в устье Финского залива. Вывод наших штабов был однозначен — враг готовит прорыв главных сил флота к Кронштадту и Ленинграду. Спешно был сформирован так называемый передовой отряд КБФ, куда включили и «Л-3». По замыслу она должна была находиться в бухте острова Гогланд до момента получения сигнала «Альбатрос», означавшего, что корабли противника начали прорыв. Затем субмарине предстояло выйти им навстречу и атаковать не только торпедами, но и минами, которые ставились бы непосредственно по курсу. В ранние часы 1 октября подлодка перешла в бухту острова.

Скопление тут советских кораблей не осталось незамеченным финской авиаразведкой. Вечером в море вышли торпедные катера «Сису» и «Нуоли», имевшие задачу нанести внезапный торпедный удар по кораблям на стоянке. Этот замысел блестяще удался, но финнов подвело торпедное оружие. Под покровом темноты, при видимости, не превышавшей 2–2,5 кб, «Сису» последовательно выпустил обе своих торпеды по «тральщику», которым оказалась «Л-3». Одна из рыбин прошла мимо и взорвалась на берегу, но вторая, шедшая точно в борт, внезапно сделала «мешок» и взорвалась при ударе о каменистое дно на расстоянии 15 м от борта субмарины. С лодки катер заметили перед самой атакой, но из-за неудовлетворительной организации выходов и возвращений своих катеров начали запрашивать опознавательный сигнал. Артиллерийский огонь (выпущено 12 100-мм и 20 45-м снарядов) был открыт уже в момент отхода противника и результатов не имел. От близкого взрыва появились течи в топливно-балластных цистернах № 3, № 4 и № 7, вышла из строя часть приборов и механизмов в 6-м отсеке. После этого эпизода «Фрунзевцу» пришлось проводить на грунте не только дневное, но и ночное время, лишь раз в сутки всплывая для вентиляции отсеков. Так продолжалось до вечера 15 октября, когда «Л-3» вошла в бухту острова, чтобы зарядить батарею. Разыгравшийся свежий ветер начал бить ее кормовой частью в районе ЦГБ № 9 о корму «Щ-310». Поскольку Грищенко в этой ситуации никаких мер не принял, действовать пришлось командиру «щуки» капитан-лейтенанту Д.К. Ярошевичу. Он попытался, подтягиваясь на швартовых, подойти ближе к берегу, а затем отдал кормовые концы и развернулся параллельно «Л-3». Увы, это не спасло ситуацию: минный заградитель навалило на южную оконечность мола, а в довершение ко всему на нее сдрейфовал находившийся в аварийном положении тральщик «Шпиль», которого шторм сорвал с якоря. Его ударом помяло обшивку ЦГБ № 8, и теперь, когда половина цистерн главного балласта потеряла свою герметичность, командиру не оставалось ничего другого, как вернуться в Кронштадт на ремонт. Хотя Грищенко пытался переложить вину за аварию на командира «Щ-310», который якобы слишком слабо закрепил свой корабль, расследование пришло к противоположным выводам, указав, что «Фрунзевцу» следовало сразу после начала шторма выйти в море и либо дрейфовать за пределами гавани, либо лечь на грунт. За вывод подлодки из строя на 15 суток приказом № 049 нового комбрига Трипольского командиру «Л-3» был объявлен строгий выговор с предупреждением, что в следующий раз за подобное отношение он будет предан суду военного трибунала. Тем не менее 27 ноября, через 9 дней после выхода вышеуказанного документа приказом командующего КБФ Грищенко был награжден орденом Красной Звезды. На том кампания 1941 года и закончилась.

Поскольку еще в конце осени корабль успел пройти доковый ремонт, зимний судоремонт 1941/42 года не отнял у экипажа слишком много сил. За окончание его на месяц раньше срока командир подлодки получил второй орден Красной Звезды, а инженер-механик М.А. Крастелев — орден Красного Знамени. До вскрытия Невы ото льда лодка стояла у борта плавбазы «Иртыш» у набережной Летнего сада, а со вскрытием перешла на временную стоянку за Финляндским мостом, где отрабатывались погружения. Гораздо большую проблему, нежели техника, создавал личный конфликт между Грищенко и военкомом подлодки батальонным комиссаром А.И. Бакановым. Последний, проанализировав походы подлодки в 1941 году, пришел к выводу, что командир корабля на самом деле трус, но скрывает свою трусость за очковтирательскими докладами. Кроме того, он узнал о присвоении командиром 4 тысяч рублей из корабельной кассы. Жаловаться он не стал, но после безрезультатных бесед всякое общение с Грищенко прекратил, а в нескольких случаях пользовался своим правом отмены командирских решений, в частности в вопросах расстановки кадров на корабле и увольнения личного состава на берег. Этого командир подлодки, ставший к тому времени капитаном 2-го ранга, стерпеть не смог и пошел жаловаться в политотдел. Он обвинил Баканова в пьянстве, развале партийно-политической работы и желании списаться с подлодки на берег. Комиссар привел свои контраргументы, которые отчасти подтвердились и только запутали дело. В конечном итоге командование приняло «соломоново» решение: Грищенко остался командиром «Л-3», его дело замяли, а Баканова перевели служить на «Щ-310». Вместо него на должность военкома 15 июня был назначен инструктор политотдела старший политрук М.Ф. Долматов.

С 8 июля подлодка находилась в готовности к походу и в ночь на 14-е перешла в Кронштадт. Здесь ее задержало командование флота, которое решило дождаться результатов развертывания подлодок 1-го эшелона. Зато в составе 2-го эшелона она была первой. По замыслу командования подлодка должна была действовать на самой дальней позиции, в районе острова Борнхольм, и там же поставить свои мины. В ночь на 10 августа подлодка перешла из Кронштадта к Лавенсари, а в ночь на 12-е начала свой поход. На первом этапе Грищенко ровно за трое суток скрытно форсировал Финский залив, сумев пересечь 24 линии мин без единого задевания за минреп. Интересно отметить, что на закате жизни в беседах с писателем О.В. Стрижаком он утверждал, что командование требовало, чтобы он форсировал Финский залив за сутки в надводном положении! Любому, кто мало-мальски знаком с организацией форсирования залива в кампанию 1942 года, понятно, что это совершенная чепуха, попытка выставить командование намного более глупым, чем оно на самом деле являлось. Двое суток ушло на тренировку экипажа в районе маяка Богшер, после чего «Л-3» пошла на позицию вдоль побережья Швеции. При этом командир рассчитывал обнаружить достойные атаки цели и не ошибся. Вечером 18-го у северного входа в пролив Кальмарзунд он заметил крупный караван, включавший 16 немецких, финских и шведских торговых судов в сопровождении трех шведских эсминцев и сторожевого корабля. Торпедная атака прошла как по нотам, ив 17:10 подлодка с дистанции 9—10 кб выпустила две торпеды по второму в колонне судну водоизмещением 15 тысяч тонн. Обе торпеды попали в цель, буквально сметя с поверхности воды шведский сухогруз «Ц.Ф. Лильевальх» (5513 брт), перевозивший 6 тысяч тонн железной руды для экономики рейха. Судно затонуло за 30–35 секунд, унеся в пучину 33 из 40 членов экипажа. Грищенко результатов атаки пронаблюдать не смог, поскольку сразу после залпа лодка начала всплывать на поверхность, а после приема воды в цистерну быстрого погружения и уравнительную — проваливаться на глубину. Шведские эсминцы «Норденшельд» и «Норчепинг» сбросили в течение 45 минут 38 глубинных бомб, но так и не смогли нанести «Фрунзевцу», уже ушедшему на глубину 35 метров, каких-либо значимых повреждений. И все-таки попадание под первый с начала войны серьезный удар противника имело для экипажа и особенно командира серьезные последствия. Разумная агрессивность вновь сменилась в его решениях крайней осторожностью, граничившей с трусостью. Об этом наглядно говорят последующие действия Грищенко: вместо движения к Борнхольму подлодка отошла на северо-восток, к северной оконечности Готланда, обогнула его с востока, где никаких торговых маршрутов, по данным разведки не было, и только оттуда легла на прежний курс. Зная, что конвои ходят вдоль самого берега в пределах 6-мильной полосы территориальных вод, она обошла южную оконечность Эланда на расстоянии 35 миль. Когда днем 22-го акустик доложил об обнаружении в районе Карлскроны шумов конвоя, Грищенко отказался от атаки, мотивируя это тем, что «после первой атаки, приняв на лодку 40 глубинных бомб, был не уверен в минах и минном устройстве, почему решил, пока не освобожусь от мин, никаких ТР не атаковать». Намек на возможность детонации мин тут сделан впустую — печальный опыт «систершипа», подлодки «Л-2», погибшей в ноябре 1941-го в составе конвоя на Ханко после трех подрывов на минах, — свидетельствовал об обратном. По этой же надуманной причине вечером 24-го командир отказался от атаки немецкой подлодки, шедшей в надводном положении, хотя она в случае срыва атаки уж точно не могла забросать «Л-3» глубинными бомбами. Одновременно командиру постоянно мерещились «преследующие» его корабли и субмарины, от которых он лишь «благодаря своему мастерству» мог уклоняться. На самом же деле, забегая вперед, отметим, что все крейсерство субмарины в южной части Балтики так и осталось незамеченным противником.