В последующие годы война против Испании свелась к приватирским операциям, главной целью которых был грабеж испанских и португальских торговых судов и прибрежных поселений (как в метрополии, так и в колониях). Дрейк не участвовал в них, занявшись делами на берегу. В начале мая 1590 года он отправился в Плимут, имея приказ усилить его защиту. Сэр Фрэнсис организовал сбор горючих материалов и судов, чтобы можно было снарядить брандеры и уничтожить испанский флот, если тот попытается угрожать городу. Позже он возглавил эскадру из сорока судов, которая крейсировала на входе в Ла-Манш и провела разведку у берегов Бретани. Осенью несколько испанских отрядов высадились на указанном побережье, и Елизавета хотела иметь ясную картину, чем они там занимаются и смогут ли французы самостоятельно справиться с ними. В ноябре Дрейк написал письмо принцу Генриху Бурбону, в котором объяснил цель своего визита в воды Бретани и попросил принца обрисовать ситуацию в провинции. Принц прислал адмиралу учтивый ответ, сообщив, что их общий враг занял Аннебон и укрепился в соседнем порту Блаве (в устье одноименной реки, возле современного Лорьяна).

Вернувшись на родину из упомянутой экспедиции, Дрейк несколько лет не выходил в море. Он поселился в своем поместье Бакленд-Эбби и время от времени наведывался по служебным делам в Плимут. Там он занимался укреплением оборонительных сооружений, а также вложил часть собственных денег в строительство водовода, главным подрядчиком которого он был. Канал рыли с декабря 1590 года по апрель 1591-го усилиями тридцати пяти рабочих, причем Дрейк принял личное участие в церемонии, посвященной началу строительства. Водовод представлял собой канаву шириной шесть футов и глубиной два фута. Русло его было извилистым и имело небольшой наклон — так, чтобы вода в нем текла не слишком быстро и не размывала берега. 24 апреля 1591 года ректор Миви благословил введение водовода в эксплуатацию. Легенда рассказывает, что Дрейк скакал впереди водного потока на белом коне, «указывая ему путь в город».

Сэр Фрэнсис должен был заплатить строителям водовода 200 фунтов стерлингов и еще 100 фунтов стерлингов выплатить в виде компенсации собственникам земель, по которым проложили эту водную артерию. В реальности, однако, он заплатил за строительство лишь 100 фунтов, а собственникам земель — 60 фунтов, сэкономив, таким образом, 140 фунтов стерлингов.

Старую мельницу, через которую прошел водный поток, Дрейк предусмотрительно взял в аренду. Кроме того, судя по записям в плимутских архивах, «до дня Михаила Архангела он построил еще шесть мельниц: две — в Уайди и четыре — в этом городе, а также различные водопроводы». Все упомянутые мельницы сэр Фрэнсис тоже взял в аренду сроком на 67 лет. Таким образом, «общественный» водовод фактически использовался для обслуживания мельничного бизнеса предприимчивого адмирала.

В ноябре 1592 года Дрейка неожиданно вызвали в Лондон, чтобы обсудить с ним какой-то новый заморский проект. Речь, вероятно, шла об организации экспедиции в Номбре-де-Дьос и Панаму. Кроме того, Дрейк вместе с Робертом Сесилом (сыном лорда Берли), Уолтером Рэли, Ричардом Хокинсом, Томасом Миддлтоном и Ричардом Киллигрю был включен в состав комиссии по расследованию дела о захвате английскими приватирами богатого португальского каррака «Мадри ди Диуш». В трюмах этого семипалубного 37-пушечного корабля находилось 900 тонн груза из Индии, в том числе 537 тонн перца, корицы, мускатного ореха, амбры, шелка, слоновой кости, алмазов, жемчуга, рубинов, золота и серебра. Такой фантастической добычи, взятой после почти суточного кровавого сражения, еще никому из корсаров не удавалось захватить. В штурме и грабеже каррака участвовали команды сразу шести кораблей. Из различных документов известно, что это были «Голден драгой» капитана Кристофера Ньюпорта, «Пруденс» капитана Хью Меррика, «Тайгер» капитана Джона Нортона, «Сэмпсон» капитана Абрахама Кока, «Форсайт» капитана Роберта Кросса и «Дэнти» капитана Томпсона. Джон Барэ, командовавший кораблем сэра Уолтера Рэли «Роубак», осуществлял общее руководство операцией. Вместе с призом они должны были вернуться в Дартмут, но фактически в порт назначения 7 сентября 1592 года прибыли лишь «Мадри ди Диуш» и адмиральское судно; корабли графа Камберленда «Тайгер» и «Сэмпсон» пришли с добычей в Плимут.

Пайщики экспедиции были крайне недовольны тем, что экипажи самовольно разграбили каррак. Королева Елизавета, вложившая в предприятие три тысячи фунтов стерлингов, уполномочила вышеупомянутую комиссию проверить положение дел на месте, определить подлинную ценность добычи и дивиденды пайщиков. Комиссионеры, проведя расследование, установили, что большая часть награбленного осела на кораблях графа Камберленда. Общая стоимость захваченного была оценена ими в 150 тысяч фунтов стерлингов, хотя сэр Джон Хокинс полагал, что в действительности добыча стоила 500 тысяч фунтов стерлингов. Елизавета, получив дивиденды в размере 90 тысяч фунтов стерлингов, удовлетворилась этой «кругленькой» суммой и не стала докапываться до истины.

Вернув былое расположение королевы, Дрейк в день Нового года презентовал ей отчет о своей экспедиции в Номбре-де-Дьос в 1572 году и захвате «серебряного каравана» на Панамском перешейке. Одновременно он намекнул Елизавете, что с гораздо большим рвением готов служить ей на море, чем предаваться воспоминаниям о своих былых подвигах.

В феврале 1593 года открылось заседание парламента, на котором обсуждались перспективы войны с Испанией и рассматривалась вероятность испанского вторжения в Англию. Сэр Фрэнсис участвовал в его работе, будучи депутатом от Плимута. Парламентариев особенно волновала активность испанских войск в Бретани, откуда их легко было перебросить на побережье туманного Альбиона. В конце концов был принят билль о субсидировании морской экспедиции, которую должен был возглавить Дрейк, но проект так и остался на бумаге.

Между тем захват испанскими войсками позиций в районе Бреста не на шутку встревожил Елизавету. Весной было решено отправить туда армию под командованием сэра Джона Норриса. Командование кораблями экспедиции передали сэру Мартину Фробишеру, уже находившемуся в море. До июля Фробишер крейсировал у берегов Бретани с эскадрой из шести королевских галеонов, препятствуя подвозу испанским войскам подкреплений. Затем, получив под свое командование флот из восьмидесяти судов, он обеспечил высадку армии Норриса в Пэмполе и отправился блокировать испанцев в Крозоне — крепости, находившейся на одноименном полуострове к югу от Бреста. В ноябре туда подошли также сухопутные отряды англичан. Гарнизон крепости, насчитывавший несколько сотен солдат, отчаянно защищался; англичане несли огромные потери. В конце концов, потеряв полторы тысячи человек, Норрис и Фробишер взяли это укрепление. Во время решающего штурма Фробишер получил серьезное ранение и вскоре после возвращения в Плимут скончался.

Угроза испанского вторжения в Англию с территории Бретани заставила правительство и власти приморских городов Девона и Корнуолла предпринять дополнительные меры по укреплению береговой обороны. Так, в одном из писем Дрейка, датированном 20 января 1594 года, упоминается о строительстве в Плимуте новых фортификаций.

Когда опасность испанского нападения на юго-западное побережье туманного Альбиона была устранена, при дворе Елизаветы снова начали подумывать о том, чтобы атаковать испанцев на их собственных берегах. Королева «подбросила» эту идею парламенту, и тот охотно поддержал ее. Дрейк взялся за подготовку новой экспедиции, главной целью которой была Панама. К несчастью, Елизавета больше не верила в счастливую звезду сэра Фрэнсиса и быстро подыскала ему напарника в лице уже немолодого сэра Джона Хокинса.