На невнимание царя и его требование не зваться «Великим Государем», Никон ответил сложением с себя патриаршего облачения после литургии в Успенском соборе 10 июля 1658 г. Царскому посланцу он сказал, что оставляет патриаршество не из-за обид, а по обету не быть патриархом больше трех лет. Никон переехал в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, расположенный в 50 верстах от Москвы. Очевидно, он ожидал, что царь начнет умолять его вернуться. Этого не случилось, и Московская церковь на восемь лет осталась без действующего патриарха. В 1666—1667 гг. состоялся Большой собор под председательством антиохийского и александрийского патриархов. Собор подтвердил реформы Никона, но его самого осудил. Никона лишили патриаршего сана и сослали в Ферапонтов Белозерский монастырь. По смерти Алексея Михайловича его перевели в Кирилло-Белозерский монастырь. Царь Фёдор Алексеевич, почитатель Никона, разрешил ему вернуться в Воскресенский монастырь. По дороге тяжело больной Никон скончался (17 августа 1681 г.). Царь Фёдор настоял на отпевании Никона как патриарха и достал у восточных патриархов разрешительные грамоты, причисляющие его к лику патриархов.

Неудавшаяся симфония. Историки часто пишут о вспыльчивости Никона, приведшей к разрыву с царем. В этом можно усомниться: его отказ от патриаршества имел более глубинные причины, чем задетое самолюбие. Никон действительно допустил просчёт, переоценив свое влияние на Алексея Михайловича, но двигали им принципиальные соображения. В отличие от реформы богослужения, где патриарх являлся орудием Алексея Михайловича, Никон вполне самостоятельно пришёл к убеждению о необходимости повышения авторитета Русской церкви и её главы — Московского патриарха. Бороться за возвышение Церкви он начал ещё при избрании патриархом, когда пред всем народом в Успенском соборе заставил царя обещать повиноваться его пастырскому слову. Никон желал достичь симфонии, которая, по крайней мере теоретически, являлась идеалом согласия императоров и церкви в Византийской империи.

В Византии симфония властей — гармония и сотрудничество священства и царства, — являлась догматом со времен императора Юстиниана (VI в.), но на практике светская и церковная власть принадлежала императорам. Лишь при императорах Македонской династии (IX—XI вв.) отношение властей приближалось к идеалу двоевластия симфонии, когда ««мирская власть и священство относятся между собою... как тело и душа в живом человеке». На Руси идея симфонии оставалась достоянием духовенства. В Московском государстве, где изначально была сильна княжеская власть, для симфонии не было места. Попытка митрополита Филиппа увещевать Грозного закончилась его гибелью. Огромная власть патриарха Филарета не имела отношения к симфонии: Филарет правил как отец царя вместо слабовольного сына. Никон стал первым патриархом, открыто выступившим за симфонию светской и духовной власти в Московском государстве.

Никон проиграл: восточные патриархи Макарий Антиохийский и Паисий Александрийский, участвовавшие в разбирательстве «дела Никона» на соборе 1666—1667 гг., приняли сторону московского царя. В декабре 1666 г. патриарх Никон был низложен. Патриархом был избран послушный царю архимандрит Иоасаф. Восточные патриархи стремились угодить Алексею Михайловичу во всем, что не касалось их личных интересов. Они указали на подчинённость патриарха царю: «Патриарху же быти послушлива царю, яко же поставленному на высочайшем достоинстве и отмстителю Божию» и на право царя смещать неугодного патриарха. Царь объявлялся «своею властию подобен Богу». Привыкшие к абсолютной власти султана, греки выработали «правила», освобождавшие царя от влияния церкви. Сама идея симфонии была отброшена.

 Несбывшиеся надежды староверов. После ухода Никона с патриаршей кафедры очень многие ожидали, что его нововведения развеются как дурной сон. Недруги патриарха верили, что виновником новшеств был Никон, сумевший одурманить царя. Теперь туман рассеялся и остается лишь раскрыть глаза Алексею Михайловичу и прочим заблуждавшимся. Широко распространилась антиниконовская литература. В «Словах на Еретики» архимандрит Покровского монастыря Спиридон Потёмкин писал, что церковные обряды «не требуют никакого исправления того ради, что она (церковь) погрешити не может». Они же, отступники от веры, провели справу по книгам, «полным злых догматов из Рима, Парией и Венеции». Ради «грамматики, риторики и философии» «еллинских учителей возлюбиша паче апостолов Христовых». Спиридон предвидит, что еретики «дадут славу зверю пёстрому», «устелют путь гладок своему Антихристу сыну погибели».

В письмах на имя царя ревнители старины объясняли, почему никоновская реформа ложна и губительна для церкви. По их мнению, русским нечего заимствовать у греков, ибо русское благочестие истинное, а греки его утеряли, допустив латинские новшества. Старообрядцы превосходно знали русскую духовную литературу, но имели самое общее представление о сложной истории византийской церкви и канонов её богослужения. Они не отделяли обряды от вероучения. Не использовали и грамоту константинопольского патриарха и его митрополитов, писавших в 1655 г., что единство Церкви не повреждается различиями в обрядах. Между тем, по сути, они были правы — Русь при св. Владимире крестилась по признанным тогда в Византии церковным канонам. Были они правы и с позиций интересов русской церкви: признание ошибочности русского богослужения наносило удар по идее Святой Руси и Москвы — Третьего Рима. Химера господства над православным миром заслонила Алексею Михайловичу реальность утраты ведущего положения Русской церкви.

«Боголюбцы» оказались не единственными противниками реформ Никона. После его ухода с кафедры некоторые иерархи выступили против него, уже не боясь последствий. Вятский архиепископ Александр написал трактат против никоновских книжных исправлений. Он же от лица архиереев написал челобитную царю «Обличение па Никона патриарха». Против нововведений в богослужении было настроено рядовое духовенство и простой народ. Казалось, должны сбыться слова Ивана Неронова, сказанные ещё всесильному патриарху Никону: «что ты един де затеваешь, то дело некрепко; по тебе иной патриарх будет, всё твое дело переделывать будет»; казалось, должно было вернуться старое богослужение. Но этого не произошло, и решающим препятствием стал Алексей Михайлович, истинный вдохновитель церковной реформы.

Восемь лет в России не было действующего патриарха. Пришлось Алексею Михайловичу самому заняться церковными делами. Царю предстояло решить две задачи — удалить с патриаршества Никона, заменив новым патриархом, и умиротворить недовольных реформой богослужения. Смена патриарха, главная забота царя, вполне удалась. Замирение сторонников старого обряда, казавшееся царю делом менее сложным, закончилось расколом, казнями и тысячами самосожженцев. Алексей Михайлович хотел действовать без жестокостей, но непонимание своего народа и преклонение перед греческой (и киевской) ученостью привели его к ошибкам, стбящим по последствиям злодеяний тирана. Впрочем, начало умиротворения староверов не предвещало трагедии.