Следующим шагом Софьи стал отъезд из Москвы (13 июля); теперь она оказалась вне досягаемости стрельцов. Тем временем в Москве многие приходы перешли на богослужение по старому уставу. В августе в Коломенское выехало все царское семейство; в сентябре цари перебрались под защиту стен Троице-Сергиева монастыря. Разрыва не было, но Софья начала собирать дворянское ополчение. В сентябре она издала указ направить стрелецкие полки на службу к западной границе. Хованский отказался выполнить указ. Тогда Софья решила выманить его из Москвы. Под предлогом участия во встрече сына украинского гетмана Самойловича Хованского вызвали из Москвы. Князь вместе с сыновьями и стрелецкими выборными выехал в ставку Софьи. По дороге их схватили солдаты Софьи. Боярская дума загодя приговорила Ивана Хованского и сына Андрея к смерти по подметному доносу, что они хотят «царский корень известь» и убить патриарха с боярами. 17 сентября 1682 г. им отсекли головы.

Спасся младший сын Хованского Иван; он бежал в Москву и поведал стрельцам о случившемся. Стрельцы поначалу разгорячились, заняли Кремль и решили сесть в осаду. Софья со своей стороны кольцом дворянского ополчения окружила Москву. Воевать стрельцы не хотели и вступили в переговоры, все больше впадая в просительный тон. Они сами предложили сломать памятный столб, поставленный в их честь. Софья проявила разумею сдержанность и обещала простить стрельцов и солдат при условии, что не будут водиться с раскольниками. Стрельцы сломали столб и подали повинные челобитные. Великие государи, Иван и Пётр, видя их слезы, простили им преступление, запретили называть бунтовщиками и изменниками и приказали выдавать годовые оклады сполна. Приняв повинную, царский двор возвратился в Москву 6 ноября 1682 г.

Новые преследования староверов. Простив стрельцов, Софья Алексеевна и патриарх Иоаким вовсе не были склонны прощать раскольников [258] . Смута 1682 г. ещё больше укрепила решимость светской и церковной власти искоренить раскол. В ноябре 1682 г. были разосланы грамоты ко всем архиереям о повсеместном сыске и предании суду раскольников. В 1685 г. Софья Алексеевна после обсуждения с патриархом издала 12 статей против раскольников. Тех, кто тайно держится старой веры, приказано нещадно бить кнутом и ссылать в отдаленные места. Упорных «хулителей» церкви пытать, жечь в срубах и пепел рассеять, так же казнить проповедников самосожжения и перекрещивания в старую веру. Бить кнутом и ссылать тех, у кого раскольники приютились. Имущество «расколыциков», их укрывателей и поручителей отбирать и отписывать на «великих государей».

Староверам оставалось только бежать, и они побежали: на Север, в леса Поволжья и Приуралья, на Дон, в Сибирь, за границу. Прежде староверческая Москва опустела, а по России запылали костры. Человеческие костры горели, подожженные с двух концов, — государевы палачи жгли в срубах осуждённых «расколыциков», а в лесных скитах люди древней веры сами сжигали себя, чтобы избавиться от слуг антихристовых. Во многих местах, где ждали приход царских войск, староверы для самосожжений заранее строили срубы или готовили избы, часовни, церкви, просмоленные и обложенные соломой. Как только приходило известие, что идут солдаты, староверы запирались в приготовленном доме, а завидев солдат кричали: «Оставьте нас, или мы сгорим». Иногда солдаты уходили, и тогда гари не было. Но чаще люди сжигали себя.

Сопротивление казаков. В казачьих землях обращение в новую веру встретило отпор: все имели оружие, а борьба за веру сливалась с борьбой за независимость. В 1686 г. атаманом Войска Донского был выбран Самойло Лаврентьев — покровитель старой веры. В 1687 г. на войсковом кругу постановили: «Сверх старых книг ничего не прибавливать и не убавливать, и новых книг не держать», а несогласных «побивати до смерти». В этом же году атаман Фрол Минаев, сторонник Москвы, совершил переворот. Минаев выдал Москве проповедника Козьму Косого, атаманов Лаврентьева и Чюрносова, нескольких попов и казаков. Атаманов и Косого казнили, а остальных «по их винам» сослали «в далные сибирские городы».

Всё же донские староверы не сдались: одни основала крепость на притоке Дона Медведице, другие ушли к «Хвалынскому морю» на реку Куму, с ними ушёл и старец Досифей. Те, что остались на Медведице, продержались до 1699 г., когда крепость взяли верные Москве казаки. Староверы, ушедшие на Куму, покинули реку после смерти Досифея (начало 1690-х). Часть ушла на Терек к гребенским казакам, тоже староверам. Другие вернулись на Дон. Самые непримиримые, взяв с собой прах Досифея, ушли на Кубань, в подданство к Крымскому хану. Многие селились на Яике (Урале), где из них составилось Яицкое казачье войско.

Начало церковных реформ Петра. После прихода к власти (1689) Пётр не проявлял открыто своего отношения к Русской церкви. Все изменилось после смерти авторитетного патриарха Иоакима (1690), а затем матери (1694). С патриархом Адрианом (1690—1700) Пётр мало считался. Никем не сдерживаемый, юный царь кощунствовал — устроил пародию на конклав — «всеплутейший, сумасброднейший и всепьянейший собор князя Иоанникиты, патриарха Пресбургского, Яузского и всего Кукуя», где участников благословляли скрещенными табачными чубуками, а сам царь играл роль дьякона. Пётр отказался участвовать в шествии па осляти в Вербное воскресенье, когда патриарх въезжает в город на осле, которого под узду ведет царь. Мистерию о въезде Христа в Иерусалим он посчитал умалением царского достоинства. Огромное значение для Петра имела поездка в Европу в 1697—1698 гг. Пётр увидел, что в протестантских странах церковь подчиняется светской власти. Он беседовал с королем Георгом и с Вильгельмом Оранским, последний, ссылаясь на пример родной ему Голландии и той же Англии, советовал Петру, оставаясь царем, сделаться «главой религии» Московского государства.

Тогда у Петра сложилось убеждение в необходимости полного подчинения церкви царю. Впрочем, действовал он осторожно, ограничиваясь поначалу повторением законов Уложения. Указом от января 1701 г. был восстановлен Монастырский приказ со светскими судами. Управление церковными людьми и землями, печатание духовных книг, руководство духовными школами поступило в ведение Монастырского приказа. Указом от декабря 1701 г. царь отнял у монастырей право распоряжаться доходами, поручив их сбор Монастырскому приказу. Пётр стремился ограничить численность духовенства, в первую очередь монахов. Велено было устроить их перепись, запретить переходы из одной обители в другую и не совершать новых пострижений без разрешения государя.