Организация и структура специализированных прокуратур соответствует принципам, общим для всей системы прокуратуры Российской Федерации. Их деятельность регулируется теми же законодательными актами, что и деятельность территориальных прокуратур. Цели и задачи деятельности специализированных прокуратур также, в соответствии с принципами единства, законности и др., совпадают с целями и задачами всех прочих органов и учреждений российской прокуратуры. В распоряжении прокуроров специализированных прокуратур находятся единые для всех прокурорских работников средства прокурорского реагирования.

Но есть и особенности структурной организации, объектов и предмета прокурорского надзора, характерные исключительно для каждого из видов специализированных прокуратур, определяющиеся ведущим направлением и сферой их деятельности.

Изданный Генеральным прокурором в 1996 г. приказ «О разграничении компетенции территориальных прокуроров и прокуроров специализированных прокуратур» урегулировал деятельность специализированных прокуратур, устранив нередкую прежде ситуацию, когда специализированные и территориальные прокуратуры действовали параллельно, во многом дублируя деятельность друг друга, и в то же время оставалось немало таких сфер, требующих надзора, которые выпадали из поля внимания и тех, и других прокуратур.

Военная прокуратура – один из видов специализированных прокуратур РФ; военные прокуроры осуществляют свои полномочия в Вооруженных силах РФ, а также всех прочих войсках, воинских формированиях и органах, которые созданы в соответствии с федеральными законами и другими нормативными актами.

Система военной прокуратуры включает в себя:

1. Главную военную прокуратуру.

2. Военные прокуратуры военных округов.

3. Военные прокуратуры флотов.

4. Военные прокуратуры ракетных войск стратегического назначения.

5. Военные прокуратуры Федеральной пограничной службы РФ.

6. Военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам субъектов РФ.

7. Военные прокуратуры объединений, соединений, гарнизонов и прочие военные прокуратуры, приравненные к городским и районным.

Военные прокуратуры полностью берут на себя функции прокуратуры РФ в войсках, по международным договорам находящихся за пределами Российской Федерации, а также в пределах страны в тех местностях, где по каким-либо исключительным обстоятельствам не действуют территориальные органы прокуратуры. Во всех этих ситуациях соответствующие полномочия возлагаются на военную прокуратуру приказом Генерального прокурора РФ. Организационно-штатные аспекты деятельности военной прокуратуры определяются решениями Генерального прокурора РФ (образования, реорганизация и ликвидация органов и учреждений военной прокуратуры, регулирование их структуры, компетенции, статуса) или совместными решениями Генпрокурора и Генерального штаба ВС РФ, командования Федеральной пограничной службы РФ и других войск и формирований. Главный военный прокурор РФ является заместителем Генерального прокурора РФ; он исполняет обязанности по руководству органами военной прокуратуры, с обязательным исполнением его приказов и указаний всеми военными прокурорами, решает вопросы кадрового обеспечения органов военной прокуратуры, аттестации военных прокуроров и т. д. Структура и организация Главной военной прокуратуры РФ аналогична структуре и организации Главной прокуратуры РФ.

ФЗ «О прокуратуре РФ» наделяет Главного военного прокурора РФ и его подчиненных полномочиями, которые прокуроры реализуют независимо от органов военного управления и которые необходимы им для осуществления основной функции – прокурорского надзора. Подчиненность и подотчетность военных прокуроров строго определена: они подчиняются вышестоящим прокурорам и Генеральному прокурору РФ.

На должности военных прокуроров и следователей могут быть назначены лица, отвечающие некоторым дополнительным требованиям кроме тех, что изложены в ФЗ «О прокуратуре РФ» и обязательны для всех прокурорских должностей: они должны быть годными к военной службе по состоянию здоровья, поступившими на военную службу и имеющими звание офицера. (В некоторых случаях решением Генерального прокурора или с его разрешения на должности военных прокуроров назначаются гражданские лица.)

Полномочия военных прокуроров:

– назначение вневедомственных ревизий и проверок; по постановлению прокурора затраты на проведение таких проверок возмещаются органами того военного управления, в котором состоят на довольствии воинские части и учреждения, подвергшиеся проверке;

– беспрепятственный (по предъявлении служебного удостоверения) доступ на территорию воинских частей, учреждений, организаций, предприятия, штабов и к имеющимся там документам и другим материалам, вне зависимости от того, какой режим там установлен;

– участие в совещаниях и заседаниях военных советов, коллегий, иных органов военного управления;

– проверка законности задержания и содержания под стражей на гауптвахтах, в дисциплинарных частях всех задержанных, арестованных и осужденных военнослужащих; при обнаружении незаконности задержания военный прокурор полномочен оформлять немедленное освобождение этих лиц.

Офицеры, находящиеся на службе в органах военной прокуратуры, имеют статус военнослужащих и соответствующие ему права и льготы, определенные Федеральными законами «О статусе военнослужащих» и «О прокуратуре РФ».

Федеральный закон «О прокуратуре РФ» регулирует кадровую политику военной прокуратуры РФ (ст. 48):

«1. Военными прокурорами и следователями назначаются граждане Российской Федерации, годные по состоянию здоровья к военной службе, поступившие на военную службу, имеющие офицерское звание. <…>

2. По решению Генерального прокурора Российской Федерации или с его согласия на должности военных прокуроров и следователей могут быть назначены гражданские лица.