Высадка войск привела к их стычкам с защитниками Мальты и острова Гоцо. Три француза были убиты.

Главнокомандующий не хотел применять силу и проливать кровь. Чтобы достичь соглашения с фон Гомпешом, Бонапарт использовал неожиданный ресурс. Одним из членов экспедиции был видный геолог и минералог Доломье, чьим именем названы доломиты. В юности он стал мальтийским рыцарем, но затем был заключен в тюрьму за убийство на дуэли другого рыцаря. Наполеон пригласил Доломье для беседы и предложил ему стать парламентером. Доломье выразил крайнее нежелание участвовать в опасном деле. Во-первых, у нет не было опыта ведения подобных переговоров. Во-вторых, он знал, что рыцари могут схватить его и отдать под суд, — ведь он не имел нрава появляться на острове: гроссмейстер ордена помиловал его при условии, что он никогда не вернется на Мальту. Наполеон усугублял ситуацию тем, что предложил Посселгуэ присоединиться к Доломье, — увидев первого, рыцари сразу бы поняли, что имели дело со шпионом.

Опасения оказались верными: узнав обоих, фон Гомпеш пришел в замешательство.

Мучительное состояние неопределенности длилось еще сутки. Гомпеш совещался с рыцарями. Одни высказывались за оборону: имея мощные укрепления и запасы продовольствия па три года, крепость мота держаться. Другие не желали воевать с французами.

«Предателей» отправили в тюрьму. Ночью ситуация вышла из-под контроля руководства ордена: группы ополченцев ринулись на улицы города и начали нападать на рыцарей, встречавшихся на их пути. Очевидно, что население ненавидело своих хозяев и в массе своей сделало выбор в пользу французов.

На следующий день фон Гомпеш капитулировал, выторговав себе ежегодную пенсию в размере трехсот тысяч франков, которую должно было выплачивать французское правительство. Акт о капитуляции был подписан на борту флагманского корабля «Ориент» в 2 часа утра 12 июня. Он предусматривал сохранение за рыцарями их имущества на островах Мальта и Гоцо на правах частной собственности.

«Город Ла-Валетта, основанный в 1566 году, несколько раз осаждался турками, — писал Наполеон. — Он располагает наилучшим портом Средиземного моря, имеет 30 тысяч жителей, красивые дома, прекрасные набережные, великолепные склады для ржи, изящные фонтаны. Укрепления отличаются большой протяженностью, построены из тесаного камня, все склады — вне пределов досягаемости бомб. Различные фортификационные сооружения, батареи и форты многочисленны и нагромождены друг на друга. Генерал Каффарелли сказал в шутку, осматривая их на следующий день после сдачи: "Хорошо, что в них были люди, чтобы открыть нам ворота". Он намекал на множество рвов, эскарпов и контрэскарпов, которые пришлось бы преодолеть, если бы ворота остались запертыми».

Бонапарт перенес свою штаб-квартиру на сушу и быстро провел реформу управления островом. Для этого он создал комиссию из девяти местных нотаблей и французского комиссара. Главными целями работы этого органа стали сбор налогов и решение вопросов снабжения.

Энергия генерала потрясала всех свидетелей его дел: за семь дней он выпустил 168 рапортов, приказов и депеш. Были отменены феодальные привилегии рыцарства, реформированы монастыри, гарантированы равные права всех жителей острова — христиан, евреев и мусульман. Свобода культов предполагала, что и православные, и иудеи могли открывать свои храмы.

Наполеон освободил 2000 турецких и мавританских рабов, закованных в кандалы и томившихся «на отвратительных галерах». Среди них было много египтян.

Этот шаг имел пропагандистское значение: Бонапарт направил послания французским консулам в Алжире, Тунисе и Триполи и посоветовал им рассказать мусульманским беям о покорении Мальты и освобождении рабов. В ответ власти мусульманских стран могли отпустить на свободу христиан, которых истязали на галерах.

Он модернизировал систему образования, учредив пятнадцать школ, в которых детей должны были учить «принципам морали и французской конституции». Наполеон решил, что шестьдесят способных учеников (дети нотаблей) отправятся во Францию, где будут обучаться бесплатно. В этом он следовал примеру римлян.

Он использовал Монжа и Бертолле для того, чтобы конфисковать богатства и ценности монастырей, церквей, рыцарских резиденций и местного казначейства. Ранее эти ученые выполняли подобную работу в Италии по заданию Директории.

На Мальте они действовали по той же схеме и в течение недели изъяли в пользу республики ценностей примерно на семь миллионов франков. В основном это были золотые слитки, серебро и бриллианты. Изрядная доля наличности была отослана Директории, а другая часть была помещена в трюмы флагманского корабля «Ориент». В качестве утешения рыцарям оставили обломок Истинного креста.

Генерал Бонапарт вновь проявил себя и как завоеватель, и как государственный деятель. Модернизируя систему управления Мальты, он чувствовал себя очень уверенно. Более того, он получал удовольствие от этой работы и оценивал ее в некоторой степени как подготовку к созданию своей империи на Востоке.

Были учреждены муниципальные органы и отряды Национальной гвардии, которыми командовали французские офицеры. Остров был разделен на кантоны и округа. Лояльным к Французской республике жителям острова было позволено носить трехцветные кокарды.

В то время как Наполеон, ряд ученых и администраторов занимались вопросами экономики, политики, права и образования, другие участники экспедиции наслаждались прелестями острова. Офицеры были приняты в домах рыцарей французского происхождения, многие из которых решили присоединиться к армии генерала Бонапарта. Те рыцари, которые не сделали этого, в течение недели были высланы с острова. Каждый из них получил скромную пенсию в зависимости от срока его службы. Рыцарям старше шестидесяти лет было позволено остаться на острове.