Пример Мехмеда Али указывал на то, что централизация власти укрепляет государство. Реструктуризация финансовой системы Османской империи, начало которой в конце XVII века положило введение института пожизненных откупщиков налогов, способствовала увеличению численности крупных финансистов, причем как в Стамбуле, так и в провинциях. Провинциальные магнаты, через которых государство надеялось осуществлять снабжение и оснащение своих войск, в особенности начиная с конца XVIII столетия, когда оно вступило в период войн с Россией, слишком часто игнорировали центральную власть и действовали по собственному усмотрению, что имело непредсказуемые последствия для политики Стамбула. Еще султан Селим предпринял первые неуверенные шаги, направленные на восстановление центральной власти, но султан Махмуд предложил еще более решительные меры по изъятию у магнатов тех ресурсов, которые давали им власть. Он хотел облегчить то тяжкое бремя, которое возложили на крестьян откупщики налогов, и в то же самое время укрепить финансовые основы государства, перенаправив в центральную казну доходы провинций, которые прежде оседали в карманах представителей местных династий. Поэтому с 1813 года налоговые округи, которые выставлялись на продажу, могли купить только старшие администраторы той области, в которой они находились. Одним из аристократических семейств, которых удалось обуздать с помощью таких мер, была династия Чапаногуллары из центральной Анатолии: когда в 1813 году умер глава этой династии Сулейман-бей, его владения были переданы государственным чиновникам. Хотя в то время таким способом удалось покорить и некоторых других аристократов, в целом первая попытка лишить могущественных провинциалов источников средств оказалась не слишком успешной. Египетская модель была явно непригодна для империи с ее огромными территориями.

Мехмед Али укрепил свои позиции в Египте, и Махмуд был бессилен его сместить. Пост губернатора Фессалоник, предложенный ему в 1806 году, оказался недостаточно привлекательным, хотя в действительности Мехмед Али был просто необходим для того, чтобы восстановить поруганную честь Османской империи в Хиджазе, где экспансия ваххабитов была в равной степени нежелательна и для Мехмеда Али, и для центрального правительства. В 1811 году началась военная кампания, всю ответственность за проведение которой возложили на Мехмеда Али, хотя имелись некоторые сомнения в отношении того, насколько можно ему доверять, и не присоединит ли он к своим владениям Мекку и Медину. Кампания продолжалась до 1813 года, и к этому времени Мекку и Медину удалось отвоевать у ваххабитов. Сын Мехмеда Али, Ибрагим-паша, был назначен главнокомандующим вооруженными силами в Хиджазе. К 1818 году он захватил столицу саудитов Аль-Дирайя (ныне пригород Эр-Рияда) и сровнял ее с землей, а эмира саудитов отправил в Стамбул, где тот был обезглавлен. В качестве вознаграждения Ибрагима назначили губернатором Хиджаза.

В работах по истории Османской империи XIX века слишком часто говорится о возникновении национальных движений на Балканах как о неизбежном результате «плохого правления» турок в этом регионе и утверждается, что балканские христиане якобы столетиями оказывали героическое сопротивление османским завоевателям, ожидая, когда наступит подходящий момент, чтобы окончательно освободиться. Но такое мнение обходит стороной и сложные исторические процессы, которые привели к расчленению империи, и события, имевшие прямое отношение к формированию каждого из государств, появившихся на ее территории в XIX веке и в начале XX столетия. В данном случае важнее история того времени в целом, а не история сепаратистских националистических движений, участниками которых были христианские подданные, жившие на Балканах, входивших в состав Османской империи. Однако в исторических работах, появившихся в этих государствах, роль националистических движений настолько преувеличена, что мешает пониманию позднего периода империи.

Так, путь, который привел к созданию современного греческого государства, весьма отличался от той прерывистой череды событий, в результате которой появилась независимая Сербия. Жители Пелопоннеса, несомненно, помнили антитурецкое восстание 1770 года, но в начале XIX века у России были другие заботы, и теперь она уже не провоцировала волнения среди своих православных единоверцев, живших в этом отдаленном и отсталом регионе Османской империи, а оказывала помощь только сербам. Тепеделени Али-паша, который с конца 80-х годов XVIII века властвовал в Янине, обладал почти полной независимостью на подконтрольных ему территориях, которые в момент его наивысшего могущества включали в себя значительную часть сегодняшней континентальной Греции и Албании. Эти территории отличались здоровой экономикой, а такие социально опасные явления, как пиратство и бандитизм, находились под постоянным контролем. И хотя он преследовал свои собственные цели и часто проводил независимую экономическую и внешнюю политику, в целом он занимал примирительную позицию в отношениях со Стамбулом. Поэтому, вопреки проводимой султаном Махмудом политике подавления провинциальных аристократов, правительство, проявляя осмотрительность, не спешило на него набрасываться: когда в 1819 году османские политики обсуждали этот вопрос, некоторые из них, обнаружив признаки надвигающегося восстания на Пелопоннесе и Эвбее, опасались, что в такой ситуации вступление в борьбу с Тепеделени Али грозит непредсказуемыми последствиями. Однако в 1820 году после долгих обсуждений в государственном совете султан объявил Тепеделени Али мятежником и направил против него войска, что побудило его поднять антитурецкое восстание в Греции и Албании. Стремившаяся подавить сопротивление Тепеделени Али султанская армия стала испытывать большие трудности, но оставив без внимания советы главнокомандующего войсками в этом районе, Ахмеда Хуршид-паши, правительство настояло на том, чтобы он выполнял только поставленную перед ним задачу, а не посылал войска для подавления беспорядков на Пелопоннесе. Эти беспорядки приобрели форму нападений на мусульманские общины и на символы власти Османской империи. Помимо этого в регионе усилился бандитизм.

Принято считать, что 1821 год знаменует начало движения за независимость Греции от Османской империи. Верное своей политике подавления балканских аристократов, правительство в Стамбуле, похоже, не понимало, какими опасностями грозит вакуум власти на местном уровне. Не понимало оно и того, что, бросив все свои силы на подавление Тепеделени Али, оно оставляет в своем распоряжении лишь немногочисленные войска, которые могло использовать для подавления волнений в других местах. Теперь 25 марта греки ежегодно отмечают свою независимость в память о том дне 1821 года, когда в знак открытого неповиновения османским властям митрополит Старых Патр Герман поднял крест в расположенном на севере Пелопоннеса Калаврите. Неудовлетворенный реакцией своих министров на этот бунт Махмуд в конце марта отправил в отставку великого визиря и шейх-уль-ислама. Правительство призвало православного патриарха Григория V отлучить мятежников от церкви и использовать ее влияние для восстановления порядка. Однако как только масштабы беспорядков на Пелопоннесе стали ясны, его незамедлительно повесили (в пасхальную среду, 22 апреля 1821 года) у ворот патриархата в Стамбуле. Считалось, что он лишился доверия, которое султан оказал ему как лидеру православных подданных империи. Это стало нарушением договоренности между султанами и патриархами, восходившей к эпохе правления Мехмеда Завоевателя.

В марте 1821 года Тепеделени Али-паша оказывал сопротивление османским войскам на западе Балканского полуострова, и адъютант русского царя, генерал и князь Александр Ипсиланти, который заявлял, что его предками были представители благородного византийского рода Комнинов, возглавил небольшую армию, которая перешла Прут и двигалась на юг в надежде получить поддержку со стороны антитурецких элементов в Молдавии и Валахии. Когда известие об этом дерзком походе достигло Стамбула, патриарх предал анафеме и самого Ипсиланти, и его сподвижников, объявив их «безбожными командирами, безрассудными перебежчиками и вредоносными изменниками». Но его все равно повесили. Османское правительство было обескуражено и приняло меры, направленные на то, чтобы разоружить православных греков, которые составляли немалую часть населения Стамбула и Эдирне, а также других крупных городов. Впрочем, в то же самое время султан издал указ, направленный на то, чтобы оградить греков от нападений мусульман. Ипсиланти удалось ненадолго взять в свои руки управление Молдавией, но Валахия находилась в состоянии хаоса (вызванного антибоярским восстанием под предводительством командира ополчения Тудора Владимиреску), а в конце июня его малочисленные войска были разбиты османской армией. Русское правительство не оказало ему поддержку, а сербский князь Милош Обренович (преемник Карагеоргия) не смог ответить на предложение о совместном противодействии туркам. На самом деле неизвестно, была ли экспедиция Ипсиланти скоординирована с беспорядками на Пелопоннесе, или же это был донкихотский поступок человека, мечтавшего о воссоздании на территории османских Балкан Византийской империи, в которой на смену исламу придет православное христианство.

В феврале 1822 года был убит Тепеделени Али-паша. До сих пор идут споры о том, какую роль он играл в начале греческого восстания, но когда его отрубленная голова на блюде была выставлена напоказ в первом дворе султанского дворца Топкапы, эта демонстрация сопровождалась подробным изложением его преступлений и обвинением его в том, что он был «отступником от нашей веры… который направил огромные суммы денег неверным Морей [то есть Пелопоннеса]… чтобы подтолкнуть их к мятежу против мусульман». Его палач визирь Халет-эфенди, настойчивые требования которого считать Тепеделени Али бунтовщиком привели к тому, что в 1820 году против него были направлены войска, нарушил обязательство главнокомандующего Ахмеда Хуршид-паши, согласно которому Тепеделени Али должен был остаться в живых в том случае, если он сдастся. По горькой иронии, Халет-эфенди ожидала такая же судьба: согласно надписи на листке рядом с его отрубленной головой, преступлением, которое вменялось ему в вину, была склонность к интригам и раздорам. Халет-эфенди был фаворитом Махмуда, заслужившим доверие в ранние годы его царствования, во время борьбы с провинциальными магнатами. Используя свое влияние, он сколотил огромное состояние и косвенно препятствовал проведению предложенных Махмудом реформ корпуса янычар, предупреждая султана, что эти реформы могут спровоцировать беспорядки, и переключая его внимание на другие государственные дела. Халет-эфенди обладал таким влиянием, что в 1821 году государственные власти приняли его дерзкое предложение выдать янычарам еще больше оружия. Однако спустя год широкое недовольство, вызванное неудачами Османской империи на Пелопоннесе заставило султана задуматься о том, стоит ли ему доверять. Постепенно стала открываться система продажи должностей, с помощью которой этот визирь долгое время получал поддержку со стороны янычар. Когда командиры янычар попросили Махмуда снять Халета-эфенди с должности, он со всей серьезностью отнесся к их просьбе и сместил своего фаворита, а потом распорядился его казнить.

Даже если считать, что восстание на Пелопоннесе 1770 года и та роль, которую в нем сыграла Россия, не оказали прямого воздействия на дальнейшие антитурецкие выступления греков, то начиная с Кучук-Кайнарджийского договора, подписанного в 1774 году, Россия считала себя защитницей православных христиан, находившихся под властью Османской империи, а Крым (который после 1774 года стал полунезависимым государством под протекторатом России, а в 1783 году был ею аннексирован) являлся базой для дальнейшего сопротивления османскому правлению. По воле России греки переселялись в Крым как беженцы, потерпевшие поражение на Пелопоннесе. За их доставку туда отвечал генерал Екатерины граф Орлов, который укомплектовывал ими гарнизоны крепостей, расположенных на выходе из Азовского моря. В последней четверти XVIII века увеличилось количество греческих купцов на Черном море, а также в портах Эгейского моря и Адриатики. Образованные греки оказались восприимчивы к революционным веяниям, которые распространялись из Америки и Франции в 70-е и 90-е годы XVIII столетия, и с пониманием относились к идеям либерализма и национальной независимости, которые циркулировали по Европе во время и после Наполеоновских войн. Процветали многочисленные торговые колонии, которые финансировали настоятелей церквей, руководителей школ, библиотек и издательств, делая их более свободными, чем соответствующие учреждения Османской империи. Первые волны освободительного движения греческих интеллектуалов исходили из Одессы, где в 1814 году было создано тайное общество «Филики Этерия», или «Общество взаимопомощи», целью которого было воспитание греческого патриотизма. На его деятельность оказали влияние работы ученого, родившегося в Измире, но прожившего большую часть своей жизни во Франции, Адамантиоса Кораиса, и эллинизированного валаха Ригаса Велестин-лиса. Сделанные Кораисом переводы на более современный язык греческой классики заставляли читателей испытывать чувство гордости за греческое прошлое. Что касается Ригаса, то государственные учреждения республиканской Франции вдохновляли его на идею создания модели новой Византии.