Как и многие недовольные провинциалы до него, Мустафа-паша изъявил желание лично засвидетельствовать свое почтение султану. Даже если бы великий визирь и хотел этому воспрепятствовать, он не смог бы ничего сделать. Поэтому он написал письмо одному из ближайших доверенных лиц султана Мустафы, черному евнуху, в котором поведал о намерениях Байракдара Мустафы, но эти намерения уже стали свершившимся фактом. Пытаясь каким-либо способом задержать прибытие Байракдара Мустафы в Стамбул, шейх-уль-ислам Атаулла-эфенди и заместитель великого визиря предложили султану написать великому визирю письмо с напоминанием о том, какие традиционные обряды следует соблюдать, когда священное знамя вместе с армией возвращается в Стамбул. Независимо от своих личных мнений, они твердо решили не провоцировать конфронтацию, единственным результатом которой стало бы кровопролитие. Из ответа великому визирю стало ясно, что Байракдар Мустафа получил от султана разрешение вернуться в город.

Как раз когда Байракдар Мустафа подходил к Стамбулу, был пойман и убит Кабакчи Мустафа (неясно, кто отдал приказ его казнить: то ли Байракдар Мустафа, то ли султан Мустафа). 19 июля 1808 года шейх-уль-ислам и заместитель великого визиря вместе со свитой выехали из Стамбула, чтобы сыграть свою роль в церемонии приема священного знамени у возвращающейся армии. Султан Мустафа направился к традиционному месту проведения церемонии, расположенному западнее Стамбула, неподалеку от плаца Дауд-паши, и официально принял знамя от великого визиря Челеби Мустафа-паши. Передав его знаменосцу, он вернулся во дворец, прежде чем там появился Челеби Мустафа. Хотя Байракдар Мустафа тоже прибыл к этому месту, он оставался в своем шатре и не наблюдал за ходом церемонии.

Несмотря на задержку, случившуюся благодаря церемонии приема священного знамени у возвращавшейся армии, султану и его советникам все же не хватило времени выработать план противостояния Байракдару Мустафе-паше. Спустя два дня Байракдар Мустафа вошел в город, жители которого с замиранием сердца ожидали, что же произойдет. Сначала он направился в канцелярию великого визиря и там отстранил от должности Челеби Мустафа-пашу за то, что он нарушил пакт, который они заключили в Эдирне с целью восстановления на троне султана Селима. Байракдар Мустафа все время умело использовал Челеби Мустафу в своих целях, и в конце концов он его перехитрил. По приказу Байракдара Мустафы шейх-уль-ислам Атуалла-эфенди и другие священнослужители высокого сана были смещены и отправлены в ссылку. Затем Байракдар Мустафа направился со своими солдатами во дворец и потребовал предъявить бывшего султана. Придворные султана Мустафы хорошо понимали, чем это может закончиться, и сообщили своему владыке то, о чем он уже знал: пока Селим жив, его собственное положение будет шатким. Желая заставить Селима предстать перед султаном Мустафой, его люди проникли в покои смещенного султана, и, когда тот отказался выйти, они его убили. Войдя во дворец, Байракдар Мустафа понял, что он опаздал. Он спросил нового шейх-уль-ислама, можно ли по-прежнему считать законным правителем султана Мустафу, который является убийцей невинного. Получив вполне предсказуемый ответ, он привел брата Мустафы, находившегося в своих покоях Махмуда. Байракдар Мустафа и все высшие государственные деятели принесли клятву верности новому султану, Махмуду И, который предложил Байракдару Мустафе забрать у Челеби Мустафы-паши должностную печать великого визиря. После некоторых колебаний тот согласился принять награду. Чиновников, которые несли ответственность за убийство Селима, казнили, а их головы выставили у наружных ворот дворца, причем у каждой из этих голов находилась табличка, уведомляющая о том, что это «вероотступники и государственные изменники, посмевшие замучить султана Селима». Еще одной жертвой восхождения Байракдара Мустафы стал Тайяр Махмуд-паша. Его стремительный взлет во время правления Мустафы оказался непродолжительным. Султан Мустафа отправил его в ссылку во Фракию, но вскоре назначил комендантом крепости Варна, расположенной на берегу Черного моря, южнее Дуная. Его казнили после того, как султан был низвергнут.

Всех удивило внезапное смещение Мустафы IV и восхождение на трон двадцатитрехлетнего принца Махмуда, который стал султаном 28 июля 1808 года. Он не располагал естественными союзниками и был лишь пешкой в руках Байракдара Мустафа-паши, который прибыл в Стамбул, чтобы вновь сделать Селима султаном. Через два месяца после того, как Махмуд вступил на престол, Байракдар Мустафа председательствовал на необычном собрании, участниками которого стали члены правительства, в том числе командиры султанских полков и шейх-уль-ислам, а также некоторые из влиятельных провинциальных аристократов, каким некогда был и сам Байракдар Мустафа. Всего на этом собрании присутствовало 25 человек.

Соглашение, достигнутое в результате обсуждений, состояло из семи пунктов, которые накладывали на участников собрания ряд обязательств. Они заверили в своей преданности новому султану и признали великого визиря Байракдара Мустафа-пашу его представителем, которому они обещали повиноваться до тех пор, пока он действует по справедливости. Они предложили подавлять янычарские и прочие беспорядки в Стамбуле, согласились обеспечивать армию войсками, а также удовлетворять финансовые потребности государства. Участники собрания дали зарок решать все вопросы по справедливости и, предоставив гарантии того, что их отсутствующие товарищи будут соблюдать эти обязательства, поклялись, что в противном случае они будут действовать против них. В качестве компенсации за эти торжественные обещания аристократы вознаградили себя вечным правом передавать по наследству свои владения. Это было явной попыткой оформить независимость от Стамбула, за которую они так упорно боролись. Все это было представлено султану Махмуду как свершившийся факт. Лишь четверо из двадцати пяти человек, подписавших это соглашение, были правителями провинций, теми, кто считался частью системы государственного управления и распределения власти. Другие были чиновниками центрального аппарата. Махмуд был не в силах оказывать им сопротивление. Империя все еще находилась в состоянии войны с Россией, а политики, которые могли оказать ему поддержку в борьбе с аристократами, сами подписали данное соглашение. Поэтому ему оставалось лишь поставить собственную подпись под этим документом. Подлинник скрепленного подписями соглашения не сохранился, и похоже на то, что султан Махмуд уничтожил его, как только ему представилась такая возможность.

Содержание этого документа сохранилось только в работах историков того времени. Двое из четырех подписавших соглашение провинциальных правителей были представителями династий Кеббарзаде (Чапаногуллары) и Караосманогуллары, и оба были сторонниками предложенного Селимом «нового порядка». Среди тех правителей, подписи которых отсутствовали, был Тепеделени Али-паша из Янины, который долго выступал в качестве противника центральной власти и не одобрил предложенных Байракдаром Мустафа-пашой условий их будущих взаимоотношений с султаном и друт с другом. Но это соглашение так и не вступило в действие. Не прошло и нескольких недель, как 15 ноября Байракдар Мустафа был убит во время кровопролитного мятежа янычар, который был поднят в ответ на его планы создания нового рода войск и одновременной реорганизации корпуса янычар, предполагавшей сокращение их привилегий. Попытки янычар добиться реставрации Мустафы IV оказались безрезультатными: Махмуд убил соперника, когда янычары направились во дворец после того, как подожгли особняки ведущих политических деятелей. Таким образом, Махмуд остался единственным представителем мужского пола из всех членов османской династии.

Стамбул снова стал ареной кровопролитной борьбы, и даже после гибели Байракдара Мустафа-паши потребовалось несколько дней, чтобы, предприняв решительные действия, взять янычар под контроль. Нападению подверглась даже мечеть Айя София, а дворец был лишен водоснабжения. Едва способные себя сдерживать, преданные Махмуду войска повсюду преследовали взбунтовавшихся янычар. Сообщалось, что всего во время этих событий погибло пять тысяч янычар и шестьсот верных султану военнослужащих. Стоявшие в бухте Золотой Рог военные корабли обстреляли казармы янычар, что вызвало значительные разрушения, а возникшие пожары уничтожили обширные районы города. Ценой подчинения янычар стал роспуск новых воинских подразделений, сформированных Байракдаром Мустафой как явное подобие созданных Селимом войск «нового порядка» и убийство тех близких сподвижников Байракдара Мустафы, которых удалось найти. Многих других отправили в ссылку. Несмотря на значительные потери, корпус янычар все же уцелел: его ликвидация, считавшаяся главным событием царствования Махмуда, была предпринята только в 1826 году. Но проведенные перед этим реформы законодательства и бюрократического аппарата, логическим результатом и продолжением которых стала так называемая танзимат, или «реорганизация» османской общественной жизни, произвели гораздо более глубокое воздействие, чем реформы Селима III, которые главным образом были направлены на улучшение боеспособности вооруженных сил Османской империи.

Частичное принятие вооружений и методов военной подготовки неверных, которое имело место в начале правления Селима III и до него, само по себе не помогло туркам одержать победы, которые им были так нужны. Более радикальные новшества «нового порядка», которые сам Селим рассматривал как первый шаг в направлении создания современной, дисциплинированной армии, так и не были введены, поскольку они покушались на самые основы национального самосознания турок. Одной из таких основ было представление о том, что армия, и в особенности янычары, имеют решающее значение для дальнейшего существования государства, поскольку на протяжении столетий военные были тем инструментом, который превращал разобщенные и несопоставимые друг с другом территории в единое суннитское целое. Создание новых, параллельных вооруженных сил, которые бы пользовались большей благосклонностью, чем традиционные гвардейцы османского государства, угрожало лишить их привилегированного положения в обществе и принизить ту важную роль, которую играли эти многочисленные и строптивые войска, а также ополченцы, стремившиеся разделить с ними престиж и награды. Их неприязнь к реформам Селима усугублялась их неспособностью зарабатывать на жизнь, поскольку имевший место в тот период экономический спад оказал на них такое же глубокое воздействие, как и на все остальное население.