Борьба, которая шла на Пелопоннесе в последующие годы, оказалась кровопролитной и, в территориальном отношении, незавершенной. Первая республиканская конституция была провозглашена в Эпидавре, в январе 1822 года. Однако уже в следующем году после того, как был обнародован ее исправленный вариант, в стране разразилась гражданская война, так как лидеры восстания, не поделив между собой власть, устроили еще более жестокую междоусобную резню, чем та, которая уже имела место на Пелопоннесе и островах. Против тех, кто мечтал о статусе государства, выступали люди, считавшие, что сохранение существующего положения более всею отвечает их интересам. Такой позиции можно было ожидать от представителей высшего духовенства греческой церкви, которые во время османского правления обладали особым положением и пользовались привилегиями, а также от греков, ставших заметными фигурами в Стамбуле и провинциях, но не от рядовых, необразованных православных. Россия занимала осторожную позицию в отношении греческого восстания, а от желания поддержать своих единоверцев в их борьбе с турками ее, возможно, удерживало понимание того, что подобная поддержка может послужить примером для ее собственных ущемленных в правах подданных-мусульман. Другие европейские державы, вынужденные наблюдать за тем, как Россия получает преимущества на Балканах, проявили твердость в своем нежелании принимать участие в планах, которые могли привести к разделу Османской империи. Что касается самих турок, то их ответной реакции мешали военные действия на восточных рубежах, где периодические нарушения границы со стороны Ирана династией Каджаров привели к войне, которая шла в период между 1820 и 1823 годами и еще больше ограничила численность войск, имевшихся в распоряжении для подавления греческого восстания. В 1824 году Махмуд решился на отчаянный шаг и пригласил Мехмеда Али из Египта оказать содействие и прислать свою модернизированную армию и флот. В обмен на это Ибрагим-паша должен был получить пост губернатора Пелопоннеса. В июле Ибрагим-паша отплыл из Александрии, но по причине превосходства греков на море смог высадиться в бухте Метонии только в феврале 1825 года. Захватив несколько ключевых прибрежных укреплений, египетский экспедиционный корпус вскоре взял под контроль значительную часть Пелопоннеса. На материковой территории Греции 26 апреля, после пятнадцатимесячной осады, пала расположенная на входе в Коринфский залив крепость Месолонгион, а спустя год и Афины. В руках повстанцев оставалась лишь незначительная часть греческой территории. Но успехи Ибрагим-паши привлекли к этому региону внимание европейских держав. Британия, Франция и Россия на время забыли о своих разногласиях, а продолжавшиеся два года сложные дипломатические переговоры закончились тем, что султан отказался заключать перемирие с помощью посредников, а упомянутые державы решили блокировать Пелопоннес. 20 октября 1827 года турецко-египетская эскадра была разгромлена в ходе Наваринского морского сражения силами объединенной англо-франко-русской эскадры в районе Пилоса, на юго-западе Пелопоннеса, а сухопутные силы Ибрагим-паши были эвакуированы. После этого поражения стала неизбежной интервенция европейских держав на территорию едва появившегося на свет греческого государства.

В мае 1826 года султан Махмуд издал указ о создании нового воинского соединения, первоначальной численностью свыше 7500 человек. Формирование этого соединения надлежало произвести путем перевода в него военнослужащих из янычарских подразделений (по 150 человек из каждого), расквартированных в Стамбуле. Всего в городе находилось пятьдесят одно подразделение, общая численность которых составляла приблизительно одну пятую от общей численности янычар, находившихся на действительной военной службе. В отличие от созданных Селимом войск «нового порядка», эти подразделения не предназначались для того, чтобы стать альтернативной армией. Скорее таким образом надеялись реформировать корпус янычар изнутри, путем реструктуризации, введения строевой подготовки и обучения другим воинским навыкам, которые были бы им крайне необходимы в том случае, если бы пришлось столкнуться с военной мощью России. Как раз перед обнародованием указа от представителей высшего духовенства, офицеров янычар, и других высокопоставленных лиц, служивших как при дворе, так и в подразделениях вспомогательных сил, потребовали подписать обязательство, согласно которому они полностью соглашались с предложенным Махмудом планом реформ и никоим образом не должны мешать его успешному выполнению.

Страсти, вызванные созданием армии «нового порядка», и ужасные последствия провала реформ Селима стали полезным уроком для султана Махмуда, который понял, что прежде чем начинать собственные реформы, он должен подготовить для этого почву. После того как в 1822 году был смещен Халет-эфенди, Махмуд стал собирать вокруг верных людей и склонять на свою сторону тех, кто мог представлять угрозу для задуманных им реформ вооруженных сил. Но потребовалось еще четыре года, прежде чем он обезопасил себя настолько, что смог приступить к проведению реформ. Поскольку казалось, что одержанная в апреле 1826 года победа Ибрагим-паши при Месолонгионе указывает на перелом в пользу турок, эта победа стала тем необходимым стимулом, который укрепил уверенность Махмуда в своих силах.

Твердо решив добиться успеха там, где этого не смог сделать Селим, Махмуд продолжил введенную его предшественниками традицию и потребовал, чтобы высшее духовенство обсуждало вопросы религии в его присутствии, и тем самым держало его в курсе тех умонастроений, которые имеют место за пределами дворца. В целом высшее духовенство чаще всего поддерживало реформы, которые предлагались в конце XVIII столетия, но их подчиненные проявляли больший консерватизм и оказывали большее влияние на простых людей. Так, противодействие, которое янычары оказывали реформам, часто подкреплялось традиционализмом низшего духовенства. Поэтому султану нужно было расположить к себе эти низшие эшелоны священнослужителей и простолюдинов, наглядно показав им свою искреннюю приверженность религии и свое мнение о ней как об основе государства, которое он вовсе не намерен подвергать опасности, осуществляя задуманные им реформы. С этой целью он посещал религиозные собрания, предписывал соблюдать молитвы, делал вклады в благотворительные фонды и строил мечети в Стамбуле и провинциях. Осуществление указа о реорганизации янычар было объявлено религиозным долгом, и в каждую вновь сформированную роту назначался имам, который проводил среди военнослужащих религиозные обряды.

Но легче было склонить на свою сторону духовенство, чем самих янычар. Имперские соседи Османской империи, Россия и Австрия, использовали религиозную символику для того, чтобы поднять моральный дух своих солдат (царь Александр I пытался уговорить свое пушечное мясо поверить в религиозную утопию, а на австро-турецком фронте и католики, и православные шли на войну под знаменем Девы Марии), и Махмуд попытался использовать мусульманскую символику в тех же целях. Годом ранее имперская типография выпустила переведенный на турецкий язык известный арабский трактат IX века об исламских законах и обычаях ведения войн. Это был первый случай, когда примеры из жизни пророка Мухаммеда использовались для того, чтобы убедить янычар сражаться с большей самоотверженностью. Это встретило сопротивление с их стороны. Между тем Махмуд продолжал искать способы прикрытия своих реформ, используя для этого известные всем аргументы: для того, чтобы реформированная янычарская армия по духу считалась скорее мусульманской, а не западной, строевая подготовка в ней должна проводиться исключительно на основе применявшихся в армии Мехмеда Али методов, которые оправдали себя и в Хиджазе, и на Пелопоннесе. (Любопытно, что в 1822 году Мехмед Али приказал Ибрагиму-паше взять за образец армию «нового порядка» Селима III.) Преднамеренно обращаясь к традициям, Махмуд назвал новый корпус эшкинки в честь корпуса, сыгравшего важную роль во время правления султана Мехмеда II.

Роптание среди несогласных рядовых янычар стало явным с момента обнародования указа о реформе: они не испытывали восторга от предложений султана создать из них новый корпус. И все же 12 июня 1826 года состоялись первые занятия корпуса эшкинки по строевой подготовке, которые прошли без особых затруднений, хотя и в атмосфере мрачных предчувствий. Нехватка обмундирования и снаряжения стала причиной того, что испытанию подверглись только несколько сотен человек из пяти тысяч уже внесенных в списки личного состава. На следующий день подготовка также прошла без каких-либо инцидентов.

Вечером следующего дня, спустя почти две недели после того, как султан Махмуд объявил о реформе корпуса янычар, они подняли мятеж. В ночь на 14 июня небольшие группы янычар стали собираться на плацу. Некоторые из них бродили по улицам Стамбула, стреляли из пистолетов, занимались поджогами и пытались найти своего главнокомандующего, который, как они считали, их продал. Ему удалось от них ускользнуть, но на рассвете многие сотни янычар, которые к тому времени собрались на плацу (один очевидец тех событий назвал их «попусту лающими дворнягами»), перевернули свои котлы, по традиции выказав этим свое неповиновение. И снова они шли по улицам города, занимаясь грабежами. Одна группа разграбила особняк великого визиря Селима Мехмед-паши, а его женщинам удалось спастись только благодаря тому, что они спрятались в подземной пещере в саду. Когда вспыхнул мятеж, султан находился в своем дворце в Бешикташе. Некоторые из его предшественников, имевших склонность прятаться при первых же признаках янычарского бунта, оставались гам, где они находились, но Махмуд сел в шлюпку и поплыл по Босфору на юг, к дворцу Топкапы. Поскольку мятеж янычар против реформ был неизбежен, а меры по обеспечению их успешного проведения потребовали от султана больших усилий, он заранее подготовил план на случай непредвиденных обстоятельств. Государственные деятели собрались во дворце и провели экстренное заседание совета, не дожидаясь, когда ситуация выйдет из под контроля. Когда они попытались выяснить у главарей взбунтовавшихся янычар причины их недовольства, те ответили им следующим образом:

Из источников того времени известно, что во дворце вместе с государственными деятелями и чиновниками находились верные правительству войска численностью свыше 13 000 человек. Некоторые из этих источников называют цифру 23 000 и даже 60 000. Прибыв во дворец, султан выступил с воодушевляющей речью, а фетва шейх-уль-ислама подтверждала, что исламский закон разрешает подавить такой мятеж силой. Затем Махмуд отправился в сокровищницу и принес оттуда священное знамя Пророка. В подходящее время знамя было вынесено из дворца и повешено над кафедрой мечети султана Ахмеда, находившейся на Ипподроме. Оно проявило свои чудодейственные свойства, и, когда глашатаи ходили по городу, призывая всех правоверных мусульман собраться под его сенью, горожане без промедлений ответили на этот призыв. Государственные чиновники, собравшиеся в мечети, чтобы обсудить дальнейшие действия, решили не вступать с мятежниками в переговоры. Отряд верных правительству войск (артиллеристы и саперы) направился в казармы янычар, но забаррикадировавшиеся внутри янычары успели закрыть ворота. Имперские канониры открыли огонь, и вскоре казармы охватило пламя. Сумевшие выбежать из казарм янычары вступили в рукопашную схватку с ожидавшими их снаружи правительственными войсками. Остальные сгорели.