В поисках компромисса Верховный правитель решился на переговоры. После первой неудачно закончившейся попытки 12 декабря 1918 года в Читу прибыла Чрезвычайная комиссия, предложившая атаману принять командование одним из фронтовых корпусов. Но в это время Г.М. Семенов узнал о закулисных действиях членов комиссии, которые пытались найти союзников среди сил, оппозиционных атаману. На это предложение отозвался полковник Н. Комаровский, уведший 2-й казачий полк в Иркутск. В ответ атаман выслал комиссию из Читы. Незамедлительно последовало недвусмысленное заявление японского генерала Такиуки: «Атамана Семенова — этого истого самурая мы никому не выдадим и будем защищать его всеми силами» [458] .

Для разрешения «семеновского вопроса» руководители спецслужб в докладной на имя Верховного правителя предлагали либо удалить Г.М. Семенова из Забайкалья, подчинив сформированные атаманом войска начальнику, назначенному правительством, либо создать в Забайкалье правительственные части. С учетом неудачного опыта власти предпочли второй вариант. Исходя из того, что на территории Забайкалья, по предположению омских властей, находились лица, недовольные политикой атамана, предлагалось направить туда агентуру для вербовки оставшихся не у дел офицеров и через их посредничество приступить к формированию казачьих отрядов [459] .

Поскольку конфликт между Верховным правителем и атаманом Забайкальского казачьего войска ослаблял белый лагерь на Востоке России, колчаковским властям вместе, с союзниками пришлось его улаживать. А.В. Колчак был вынужден отменить свой приказ, расценив конфликт как временное недоразумение. Одновременно он назначил Г.М. Семенова командиром 6-го Восточно-Сибирского армейского корпуса. В ответ атаман признал сибирское правительство.

Поддерживаемый японцами атаман Г.М. Семенов вел активную внешнеполитическую деятельность. В начале февраля 1919 года он прибыл в Даурию на конференцию, где шла речь о создании независимого монгольского государства, в состав которого он, помимо части Забайкалья, намеревался включить Аравию, Афганистан, Маньчжурию, Персию и Туркестан [460] . Один из агентов контрразведки сумел добыть и переслать в Омск материалы этой конференции. Для противодействия планам атамана в Ургу был направлен поручик Б. Волков [461] . Но грандиозный проект Г.М. Семенова разрушился без участия колчаковских спецслужб. Сменились приоритеты в большой политике. Япония в своих захватнических планах сделала ставку на генерал-инспектора Маньчжурии Чжан Цзолина, чьи войска готовились войти во Внутреннюю Монголию, и на китайских генералов из клуба «Аньфу», планировавших завоевать Халху [462] .

Историк Ю.Н. Ципкин, анализируя атаманщину в Сибири и на Дальнем Востоке, пишет, что последняя предпринимала попытки «образовать японский протекторат в виде сепаратного государства, консервировала политический и территориальный раскол России, способствовала ее дезинтеграции. Эта политика угрожала негативными геополитическими изменениями для нашей страны — закрытию выходов в Тихий океан и затруднению связей с государствами Азиатско-Тихоокеанского региона. Но именно в этом заключалась провальная перспектива атаманщины» [463] .

В целом же сибирское казачество являлось надежной социальной опорой власти до конца Гражданской войны. По данным контрразведывательных органов на начало октября 1919 года, воевавшие на фронте казаки настроены были воинственно и желали бороться с красными до победного конца. Остальные казаки не знали, за что борются, поэтому относились к войне индифферентно [464] . Однако осенью 1919 года, когда гибель белогвардейской государственности на Востоке России являлась очевидным фактом, казачьи формирования всеми силами уклонялись от военной службы [465] .

В августе — сентябре 1919 года белое командование при подготовке к проведению Тобольской наступательной операции главную надежду возлагало на сибирских казаков. Но контрразведка своевременно предупредила командование о том, что при проведении мобилизации в ряде станиц казаками были проведены секретные круги, на которых серьезно обсуждался вопрос о переходе на сторону красных. Однако эти сведения Ставка всерьез не рассматривала, считая, что казаки всегда будут верны правительству. Это стало ее роковой ошибкой: в самый неподходящий момент атаман П.П. Иванов-Ринов отказался исполнять директивы белого командования и участвовать со своим корпусом в наступлении [466] .

Подвергнутые разложению казачьи части во время боев в районе Иркутска оказались неспособными оказать сколь-нибудь серьезного сопротивления наступавшим частям Красной армии.

С сепаратизмом казачества вожди Белого движения столкнулись и на Юге России. Изначальная причина разногласий генерала А.И. Деникина и политических деятелей Кубани и Дона заключалась в том, что главком Добровольческой армии являлся бескомпромиссным сторонником единой и неделимой России, а казачьи правительства добивались автономии и федеративного устройства. «Помогать Добровольческой армии — значит готовить вновь поглощение Кубани Россией», — заявлял глава (кубанского) правительства Л. Быч [467] . Разногласия привели к тому, что атаманы вступали в переговоры с интервентами и просили от них политической, финансовой и вооруженной поддержки: сначала у кайзеровских войск, затем у союзников. Даже угроза со стороны Советской России не смогла повлиять на амбиции политических деятелей. По сообщению агента деникинской контрразведки, на состоявшемся 18 октября 1918 года в Новочеркасске совещании войскового атамана и правительства Донской области с представителями Южной, Народной и Астраханской армий рассматривался вопрос о союзе с Добровольческой армией. В ходе прений часть членов Донского правительства высказались против союза, опасаясь главенства А.И. Деникина. Было принято решение начать немедленно переговоры с гетманом П.П. Скоропадским [468] .

В связи с сепаратистскими устремлениями казачьих атаманов и политиков их деятельность стала объектом оперативной разработки деникинских спецслужб как на территории Вооруженных сил на Юге России, так и за рубежом. «Самостийники» находились в поле зрения политических центров Добровольческой армии, шульгинской «Азбуки», военных агентур, Осведомительно-агитационного агентства, которые достаточно полно освещали их устремления и контакты. От контрразведки белогвардейское руководство получало значительно меньше информации. По мнению автора, это связано с тем, что органы безопасности Всевеликого войска Донского действовали несколько обособленно от вышестоящих учреждений ВСЮР.