В 1645 г. Джон собрался жениться во второй раз, теперь на дочери доктора Дэвиса — «весьма прелестной и утонченной благородной особе». И тут его первая жена, Мери, неожиданно вернулась к мужу. Она родила четверых детей (трех дочерей и сына) и в 1652 году умерла при родах. В том же году при загадочных обстоятельствах (предположительно, из-за небрежности няньки) погиб годовалый сын Джон — третий ребенок в семье. У Мильтона остались три дочери. К этому времени Джон Мильтон полностью ослеп, по-видимому, из-за быстро развившейся глаукомы9.

В период с 1645 года и до наступления слепоты активная общественная деятельность Мильтона шла волнообразно. В 1645–1649 гг. Мильтон отошел от общественных дел. Биографы полагают, что он был занят обдумыванием и сбором материалов для «Истории Британии» или работал над обобщающим трактатом «О христианском вероучении».

Но в 1649 г. отшельничество Мильтона было нарушено — в последний день января принародно казнили короля Карла I. Не прошло и двух недель, как Мильтон выступил в печати с памфлетом «Обязанности государей и правительств», который содержал теорию народовластия и оправдывал казнь монарха. Согласно трактату, власть исходит от народа, который поручает ее осуществление отдельным лицам, своим представителям. Злоупотребление властью в ущерб интересам народа дает право на свержение нерадивых правителей.

При всей своей религиозности Мильтон отвергает доктрину о Божественном происхождении власти. В его глазах она — земное установление, созданное людьми для защиты их интересов. Мильтон — один из создателей теории общественного договора как основы государства. Развивая учение о том, что власть призвана только для одной цели — заботы о народе, Мильтон одновременно осуждает насилие правителей.

В сложившейся обстановке это прозвучало необычайно резко и было как нельзя более на руку радикальной партии. В марте 1649 г. Мильтона, одного из сподвижников Оливера Кромвеля, назначили «латинским» секретарем (секретарем для переписки на иностранных языках) при Государственном совете. Ему было определено жалованье в 288 фунтов в год, а кроме того, поручено составить ответ на сочинение «Икона властителя» — книгу, написанную предположительно Карлом I в преддверии собственной казни и изданную его сторонниками. Мильтон справился с поручением, ответив на творение короля памфлетом «Иконоборец».

Такие действия потребовались потому, что к концу 1649 г. возмущенные отклики на казнь Карла звучали в Европе все громче, потребовались убедительные оправдания цареубийства. Мильтон написал на латыни три апологии: «Защита английского народа», «Повторная защита» и «Оправдание для себя». Трактаты служили прямым обоснованием суда и казни английского короля Карла I. В общем, занимая государственный пост, Мильтон одновременно выступал как официальный пропагандист правительства республики.

Впрочем, республикой революционная Англия оставалась недолго — вскоре в стране установилась диктатура Кромвеля. Когда-то, когда Кромвель только возглавил правительство, Мильтон написал в его честь стихотворение, в котором выражал надежду, что тот не станет притеснять народ. Похожие мысли выразил он и во «Второй защите английского народа»: «Испытав столько страданий, пройдя через столь великие опасности в борьбе за свободу, — писал Мильтон, обращаясь к самому Кромвелю, — не соверши насилия над ней и не допусти ущерба ей со стороны кого-либо другого».

Увещевания латинского секретаря не повлияли на лорда-протектора Кромвеля, который к тому моменту стал фактически самодержцем. Революция закончилась тем, против чего боролась, — произволом бесконтрольной власти. В это время Мильтону все труднее справляться со своими обязанностями — в 1652 г. он полностью ослеп.

Джон с детства страдал слабым зрением, но с середины 1640-х гг. оно стало стремительно ухудшаться. На советы врачей меньше работать Мильтон ответил: «Подобно тому, как я пожертвовал поэзией, так теперь я готов принести на алтарь свободы свои глаза». Он продолжал сочинять язвительные памфлеты, но и монархисты были беспощадны, издеваясь над его слепотой.

Даже ослепнув, Мильтон не покинул должность латинского секретаря, испросив разрешение взять в помощь чтецов и переписчиков. Его жалованье уменьшилось до 150 фунтов в год, но зато была назначена пожизненная пенсия.

В 1655 г. Джон Мильтон все же оставил службу и углубился в работу над латинским словарем и греческим лексиконом, вернулся к трактату «О христианском вероучении», начал обдумывать «Потерянный Рай» — произведение, которое станет главным в жизни поэта. В том же году Джон Мильтон женился на Катарине Вудкок; в 1657 г. у него родилась дочь, а зимой 1658 г. жена и дочь скончались от какой-то болезни.

В 1658 г., после смерти Кромвеля, к власти вернулись монархисты, которые теперь видели в Джоне Мильтоне главного врага. А он, когда стало ясно, что революция провалилась, продолжал проповедовать идеалы демократии, опубликовал в 1659 г. два дерзких памфлета «Трактат об участии гражданской власти в делах церковных» и «Соображения касательно уместнейших способов к удалению наемников из Церкви».

На Мильтона началась настоящая охота, и он — слепец, страдающий подагрой, — был вынужден скрываться от сторонников Карла II в доме своего друга в провинции. Там он находился до тех пор, пока не был принят «Акт помилования» (этим актом даровалось прощение всем тем, кто участвовал в осуждении и казни Карла I).

Тем не менее, парламент находился под давлением роялистов, требующих издания указа об аресте Джона Мильтона. Мильтон, опасаясь за свою жизнь, вынужден был покинуть дом и тайно переехать на новое место. Тем не менее, осенью 1659 г. Джон Мильтон был арестован и заключен в тюрьму. 15 декабря его освободили по специальному указу парламента под залог в 150 фунтов.

В феврале 1660 г. увидел свет очередной памфлет Мильтона — «Скорый и легкий путь к установлению свободной республики». После этого Джон Мильтон поселился в уединении, вдали от общества, и жил на скромные средства и небольшие литературные заработки. Как сказал о нем А. С. Пушкин, Мильтон «в злые дни, жертва злых языков, в бедности, в гонении и в слепоте сохранил непреклонность души и продиктовал “Потерянный Рай”».