Шрифт:
Ясно, что ни один организм, даже самый примитивный, не может состоять из одних механизмов экспрессии, так что необходима реконструкция остальной части генного репертуара LUCA. И методы реконструкции, и их подводные камни здесь те же, что были описаны в главах 5 и 7. В контексте эволюции прокариот, которая важна для реконструкции LUCA, следует рассматривать три типа элементарных событий: (1) «рождение» гена – появление нового гена, обычно в процессе генной дупликации, за которой следует радикальная дивергенция; (2) обогащение генами за счет ГПГ; и (3) утрата гена. Напомним, что надежной реконструкции пути эволюции и наборов предковых генов препятствует неточность, связанная с относительными вероятностями событий и скоростями разных процессов, в особенности разница скоростей утраты генов и ГПГ. В принципе даже ген, найденный во всех современных клеточных формах жизни, может не быть унаследован от LUCA: его универсальность может быть последствием многочисленных горизонтальных переносов. Более того, предположения о генном содержании предковых форм, основанные на принципе наибольшей экономии и даже наибольшего правдоподобия, консервативны, и неясно, насколько они недооценивают результат. Вопреки всем сложностям и неточностям эволюционных реконструкций, анализ наибольшей экономии совместно с менее формальными попытками реконструкции далекого прошлого конкретных функциональных систем не оставляет серьезных сомнений в том, что LUCA уже содержал несколько сотен генов (Mirkin et al., 2003; Ouzounis et al., 2006; Snel et al., 2002). В дополнение к вышеупомянутой «золотой сотне» генов, участвующих в экспрессии, этот разнообразный генный комплект состоит из множества метаболических ферментов, включающих как пути основного энергетического обмена и биосинтеза аминокислот, нуклеотидов и коферментов, так и некоторые важные белки мембран, такие как субъединицы частицы узнавания сигналов (SRP) и H+– АТФазы.
Однако в реконструкции генного состава LUCA по-прежнему зияют дыры. Более всего удивляет (1) отсутствие ключевых компонентов механизма репликации ДНК, а именно полимераз, ответственных за инициацию (праймазы) и элонгацию репликации ДНК и заполнение лакун после удаления праймера, а также основных геликаз (Leipe et al., 1999); и (2) отсутствие основных ферментов липидного биосинтеза (Pereto et al., 2004). Эти незаменимые белки не попадают в реконструированный генный репертуар, поскольку данные процессы у бактерий и архей катализируются разными, неродственными ферментами, а в случае мембранных фосфолипидов еще и образуют химически разные мембраны [115] .
115
Мембранные фосфолипиды архей – простые терпеноидные эфиры глицерол-1-фосфата, в то время как бактериальные фосфолипиды – сложные эфиры жирных кислот и глицерол-3-фосфата, таким образом липиды в этих двух царствах различаются не только химическим составом, но и хиральностью.
Таким образом, реконструированный генный набор LUCA исключительно неоднороден: в то время как отдельные системы по своей сложности почти не отличаются от аналогичных систем существующих организмов, другие системы выглядят рудиментарными или вовсе отсутствуют. Столь странная картина напоминает концепцию асинхронной «кристаллизации» различных клеточных систем на ранних стадиях эволюции, которую предложил Карл Вёзе (Woese, 1998), и подсказывает, что нужно взглянуть на проблему LUCA с более общих позиций.
По-видимому, имеет смысл думать о LUCA в двух разных плоскостях (Koonin, 2009c):
• генетическая сложность, которая может быть выражена в числе генов;
• степень структурного и биологического сходства с современными клетками. Для краткости и удобства назовем эти свойства «клеточностью».
Можно ожидать, что эти характеристики коррелируют между собой, но они не связаны жестко. В принципе вполне можно представить, что LUCA был клеточной формой жизни значительно более простой, нежели любая из современных клеток (по крайней мере свободноживущих) в смысле генетического содержания; или же, напротив, что относительная генетическая сложность была свойственна клеткам еще до появления современного типа клеточной организации – для этого сценария мы будем использовать обозначение LUCAS (Last Ancestral Universal Common State – последнее универсальное предковое состояние [всего живого]; см. рис. 11-1).
«Униформистское предположение» о том, что LUCA был более-менее обычной, похожей на современные прокариотической клеткой, негласно принимается в большинстве описаний ранней клеточной эволюции, но редко проговаривается явно. Тем не менее любая реконструкция LUCA должна учитывать и эволюцию тех свойств, которые трудно проследить вглубь до единого предка архей и бактерий, особенно два главных из них: репликацию ДНК и биогенез (и химию) мембран. Униформистские гипотезы, которые скрыто или явно основаны на предположении о «клеточности» LUCA, объясняют несохранение этих ключевых систем (на самом глубоком уровне реконструкции) одним из двух способов:
• каким-то образом LUCA комбинировал разные варианты этих систем, a впоследствии в архейной и бактериальной линиях эволюции был утерян один из вариантов, свой для каждой линии;
• LUCA обладал определенным вариантом каждой из этих систем, впоследствии замененным на неортологичный у архей или бактерий.
Точнее, говоря о биогенезе мембран, предполагают, что LUCA имел смешанную гетерохиральную мембрану, а две хиральные разновидности появились в результате последующей специализации архей и бактерий соответственно (Pereto et al., 2004). Касательно же репликации ДНК была высказана гипотеза о том, что одна из современных систем репликации является предковой, в то время как другая развивалась у вирусов и впоследствии заменила собою исходную либо у архей, либо у бактерий (Forterre, 1999, 2006).
В противоположность этому, более радикальные предположения относительно природы LUCA исходят из положения «что наблюдаемо, то и есть»: LUCA вообще не обладал этими ключевыми чертами, общими для бактерий и архей, по крайней мере не обладал ими в их современной форме (Koonin, 2009c; Koonin and Martin, 2005). Возможность того, что LUCA существенно отличался от всех известных ныне клеток, была впервые высказана в концепции «прогеноты» – гипотетической примитивной формы жизни, в которой связь между генотипом и фенотипом еще не полностью сформировалась (Doolittle and Brown, 1994; Woese and Fox, 1977). В своей первоначальной форме идея прогеноты включает примитивную неточную трансляцию – не слишком жизнеспособное предположение, с учетом обширной диверсификации белков до LUCA, которую однозначно демонстрирует анализ различных белковых семейств (см. гл. 12).
Рис. 11-1. Пространство логических возможностей для LUCA(S): генетически сложный или генетически простой, клеточный или неклеточный. Предполагается, что доклеточный пул молекул РНК генетически проще, чем смешанный пул различных генетических элементов (LUCAS), и что предполагаемая РНК-клетка проще, чем клетки современного типа (LUCA).
Более реалистично предполагать, что развитие основных черт клетки («кристаллизация» в смысле Вёзе) была асинхронной, так что LUCA сильно напоминал современные клетки в одних аспектах, но был исключительно «примитивен» в других. Результаты сравнительной геномики дают подсказки для различения «развитых» и примитивных свойств LUCA. Так, основываясь на основных областях несходства между археями и бактериями, была высказана гипотеза о том, что LUCA