Зато русско-японская война богата и примерами личной и коллективной храбрости офицеров, которые в своём большинстве показывали подчинённым примеры доблести и готовности умереть за Отечество. Гораздо хуже обстояло дело с умением командовать кораблями в боевой обстановке и добиваться победы в столкновениях с противником на море. Мирное цензовое прохождение службы вело к формализму в боевой подготовке, что впоследствии было названо В.И. Семёновым (автор известной «Расплаты») «отбыванием номеров» различных учений.

Формальная отработка боевых упражнений без тактического фона и сложного маневрирования, которое цензовые командиры справедливо полагали опасным, приводила к тому, что командиры кораблей, начиная с эскадренных миноносцев, не имели правильного понятия о действительности оружия и способах его применения. На флоте преобладал тип «миролюбивого» командира, терявшегося в боевой обстановке и мало способного не только к активным действиям, но и неуверенного в простом маневрировании.

Это показали первые же дни войны на море. Один из лучших командиров эскадры Тихого океана капитан 2-го ранга В.А. Степанов («Енисей») повёл заградитель задним ходом к своему же минному заграждению, где тот и подорвался. Сознавая свою вину, Степанов отказался покинуть гибнущий корабль и разделил его трагическую судьбу.

Капитан 2-го ранга В.Ф. Сарычев (Георгиевкий кавалер за бой при Таку в 1900 г.), наоборот, поспешно покинул вместе с командой крейсер «Боярин», оставшийся на плаву после подрыва на мине, и убыл на миноносце в Порт-Артур, даже не убедившись в уничтожении корабля. То же самое сделал и командир миноносца «Сторожевой» капитан 2-го ранга А.П. Киткин, дважды безуспешно стрелявший по неподвижному «Боярину» минами Уайтхеда. Рядом был другой миноносец, но Киткин, будучи старшим, не использовал его, чтобы подорвать крейсер, и оба миноносца ушли в Артур, а «Боярин» выбросило на берег.

Впрочем, и другие командиры миноносцев словно забывали, что их корабли вооружены пушками и минными аппаратами. Также было на дежурных миноносцах «Расторопный» и «Бесстрашный», посланных в дозор для охраны эскадры в роковую ночь нападения японцев. Командир первого из них капитан 2-го ранга Сако позднее в следственной комиссии показал, что у него мины в аппаратах не были приведены в боевой положение, а командир миноносца «Бесстрашный» капитан 2-го ранга Циммерман не помнил, готовились ли минные аппараты к выстрелу. В ночь на 29 января на входе в Порт-Артур «Стерегущий» (командир лейтенант Кузьмин-Караваев 2-й) не смог разойтись с «Боевым» (капитан 2-го ранга Елисеев). В результате столкновения на последнем залило водой машину через пробоину в правом борту, и он вышел из строя для аварийного ремонта.

В этом случае никакого противника рядом не было. Когда же появились японцы, то получилось ещё хуже. Командир миноносца «Внушительный» лейтенант Подушкин 12 февраля 1904 г. вблизи Порт-Артура был застигнут японскими крейсерами адмирала С. Дева. Вместо прорыва в гавань он направил свой миноносец на берег в Голубиной бухте, где тот и был расстрелян противником.

Известно, что вице-адмирал Макаров, прибыв в Порт-Артур и разобравшись в обстановке, был недоволен большинством командиров крупных кораблей и миноносцев. После столкновения двух броненосцев он сместил командира «Севастополя» капитана 1-го ранга Н.К. Чернышева и назначил на его место командира крейсера «Новик» Н.О. Эссена, бывшего 121-м (!) в списке капитанов 1 — го ранга. Макаров же собирался назначить капитана 2-го ранга М.П. Васильева на «Цесаревич» и капитана 2-го ранга Н. А. Кроуна на «Пересвет». Эти офицеры, хотя и были старше Эссена по времени производства, всё же «переходили дорогу» более «достойным» кандидатам. По поводу назначения командира «Цесаревича» между адмиралами Макаровым и Алексеевым возник конфликт, который, однако, не успел разрешиться. И Васильев, и Кроун не успели вступить в командование, они погибли вместе с Макаровым на «Петропавловске».

Командующий флотом планировал и замены командиров миноносцев, из которых он заметно выделял только лейтенанта В.И. Лепко и капитана 2-го ранга М.Ф. Шульца, назначенного вскоре вместо Эссена на «Новик». Макаров успел назначить шесть новых командиров: капитана 2-го ранга Ф.В. Римского-Корсакова (на «Беспощадный»), лейтенантов Н.Н. Азарьева (на «Бурный»), А.С. Максимова (на «Бесшумный»), Лукина (на «Сторожевой»), М.К. Бахирева (на «Смелый») и Тыркова 2-го (на «Разящий»). Он также поставил во главе 2-го отряда миноносцев капитана 2-го ранга М.В. Бубнова, минный транспорт «Амур» поручил капитану 2-го ранга Ф.Н. Иванову, миролюбивого Киткина 1-го списал на разоружённый старый крейсер «Разбойник» и перевёл на берег ряд других цензовых командиров.

Назначенного из Санкт-Петербурга командиром «Страшного» лейтенанта К.К. Юрасовского Макаров знал по лихим учебным атакам ещё в кампании 1898 г. на Балтике, когда тот на своём миноносце ночью врезался в броненосец «Адмирал Ушаков». Но именно Юрасовский (28 марта он стал капитаном 2-го ранга) своими действиями осложнил обстановку, которая привела к гибели «Петропавловска». В ночь на 31 марта 1904 г. командир «Страшного» отстал от своего отряда и пристроился к японцам, которых ошибочно принял за своих. Позднее говорили, что капитан Юрасовский страдал слабостью зрения. Так или иначе, утром 31 марта «Страшный» героически погиб в неравном бою вместе со своим командиром, а поспешивший ему на выручку командующий флотом чуть позже попал на выставленное японцами минное заграждение. На «Петропавловске» в числе 650 погибших моряков были и лучшие флагманские специалисты нашего флота — артиллерист капитан 2-го ранга А.К. Мякишев и минёр — капитан 2-го ранга К.Ф. Шульц, которых Макаров ценил очень высоко.

Гибель Макарова произвела деморализующее впечатление на большинство флагманов и офицеров флота Тихого океана. Минобоязнь и стремление остаться в осаждённой вскоре японцами крепости стали преобладающими «тактическими приёмами» артурских командиров. На совещании флагманов и капитанов у контр-адмирала В.К. Витгефта в мае-июне все командиры больших кораблей, кроме Эссена, почти единогласно высказывались против выхода в море и сражения с японским флотом, чем озадачивали даже самого адмирала, также, впрочем, считавшего невозможной победу над японцами в морском сражении.