Государственный секретарь А. А. Половцов в своих дневниках не раз подчеркивал, что вмешательство Марии Федоровны в решение тех или иных государственных дел было не всегда корректным и отвечающим нормам принятого российского законодательства. Так, во время крестин великого князя Дмитрия Александровича, сына великой княгини Ксении Александровны и великого князя Александра Михайловича, на него была «возложена Андреевская лента», хотя согласно закону — Новому учреждению об Императорской фамилии от 1886 года, принятому в правление Александра III, — Андреевская лента могла быть возложена только в день достижения совершеннолетия.

«Ни для кого из потомков великокняжеских внуков императорских, — пишет Половцов, — сделано сего не было. Очевидно, все это происходило по настоянию Марии Федоровны, охраняющей свою собственную важность в лице своего по дочери внука. Тут является совсем новое начало личного тщеславия и фаворитизма, не оставляющее места идеям Александра III, желавшего установить твердые для положения членов царского семейства правила, исключающие пищу для зависти, ненависти и всякой розни, и без того слишком в среде семейства сего обычной».

А. А. Половцов указывает и на другой факт, связанный с назначением пенсий сестрам милосердия Общества Красного Креста, возглавляемого императрицей Марией Федоровной. По ее требованию на заседании департамента законов пенсии были назначены из средств государственного казначейства. «Я, — пишет Половцов, — тщетно пытаюсь настаивать на мысли, что установленное сводом законов служение государству и служение своим душевным идеалам ничего общего не имеют, и что, вознаграждая последнее податными рублями, мы можем зайти очень далеко. Мне отвечают мои коллеги молчанием, и остается лишь просить, чтобы в журнале было оговорено, что настоящее мероприятие имеет характер исключительности и прецедентом в другом отношении не может быть принято».

Вскоре после вступления Николая II на престол Мария Федоровна в своих письмах родственникам в Данию к имени Ники все чаще стала прибавлять слово «stakkels» (в переводе с датского — «бедный», «бедняга»). Что вкладывала мать в это определение, было понятно лишь ей одной, но создается впечатление, будто она уже тогда хорошо понимала: груз управления государством слишком тяжел для ее сына. Он же, император России, хозяин шестой части Земли, свои письма к матери часто заканчивал словами: «Ты молишься о твоем бедном Ники, Христос с тобой».

Позже Мария Федоровна постоянно сетовала на то, что его окружали люди, которые не были преданны ни ему, ни государству. В дневнике А. А. Половцова, знатока дворцовых интриг, мы читаем следующее: «Чей же голос раздается около Государя? Исключительно министерский; а между тем весьма понятно, что Государю хочется слышать голос, проверить то, что жужжат министры в постоянном концерте самохваления. Он и обращается к втирающимся к нему ничтожествам, думая услышать независимый голос. Все это очень грустно и, скажем более: опасно».

«Бедный мой сын, как мало у него удачи в людях… У моего бедного сына так мало людей, которым он верит, а Вы всегда говорили ему то, что думаете», — неоднократно говорила она министру финансов В. Н. Коковцову. «Все остальные (кроме П. Святополк-Мирского. — Ю. К.)не говорят Государю правду…» — заявляла она Е. Святополк-Мирской. Во время приема у себя А. Оболенского, как свидетельствует Половцов, императрица упрекала его за то, что «он мог бы представлять Государю дела в настоящем их виде, тогда как Д. Сипягин по чрезвычайной ограниченности ума своего не в состоянии того сделать… Оболенский тщетно доказывал ей, что по положению своему „товарища“ он доступа к государю не имел…». Императрица в заключение сказала: «Идите, идите к моему сыну, скажите ему правду» («Allez, allez chez mon fils el dites lui toute la v'erit'e»).

Многие современники высоко оценивали способности молодого императора. С. Ю. Витте писал: «Я должен сказать, что когда наследник стал председателем комитета, то уже через несколько заседаний было заметно, что он овладел положением председателя, что, впрочем, нисколько не удивительно, так как император Николай II — человек, несомненно, очень быстрого ума и быстрых способностей; он вообще все быстро схватывает и все быстро понимает». Такие качества царя, как доброта и отзывчивость, отмечали многие его современники. Передавая мнение о царе Л. Н. Толстого, великий князь Николай Михайлович, историк, дядя царя, писал: «Толстой начал говорить о нынешнем государе Николае II. Очень его жалеет, так бы хотелось ему помочь, он, видимо, добрый, отзывчивый и благонамеренный человек, но окружавшие его люди — вот где беда!»

Когда в конце 1902 года Николай внезапно заболел брюшным тифом и встал вопрос о возможной передаче власти великому князю Михаилу Александровичу, состоялась беседа вдовствующей императрицы и С. Ю. Витте. В своих воспоминаниях последний приводит ее содержание: «Вы хотите сказать, что Государь не имеет характера императора? — Это верно, — отвечает Мария Федоровна, — но ведь в случае чего его должен заменить Миша, а он имеет еще меньше воли и характера». Во время болезни Николая II Александра Федоровна отказала Марии Федоровне в возможности ухаживать за больным, заявив, что она со всем справится сама. Мария Федоровна так и не приехала к ним.